且說林公查明陝西、謂南等四屬的刀匪勾結藏民中的不肖分子劫掠抗拒的症結，馬上傳見各州縣，剖析開導，說地方官為民父母，當為百姓除害，豈可縱匪殃民，置之不問。以後州縣官果能認真緝捕，有犯必獲，不獨往事不問，並當獎敘勞績；若仍見匪卻步，捏詞粉飾，立加參事，決不寬貸。各州縣奉諭而退，各回衙門，嚴限民壯捕快，認真捉拿刀匪，不可輕縱。當時隻有渭南縣知縣餘炳燾，素具膽略，自奉林公麵諭以後，回到衙門，與各師爺商議一番，決定擒賊擒王，從治本著手，便分派精幹快班探明刀匪巢穴，然後不動聲色，親率兵役，在深夜時候，馳赴刀匪巢穴，奮勇搜捕。那些刀匪都從夢中驚醒，不知虛實，都慌亂異常，失卻了聯絡。膽小的嚇得手足無措，無力抵抗，被官兵生擒四五十名，一律捆縛；強悍的匪徒，拚命作困獸之鬥，被官兵當場格殺的，也不計其數。並在匪巢中搜獲火器軍械甚夥，直到東方發白，方才完畢，帶著刀匪回衙門。炳燾就將獲犯親自解省。上撫榷稟報獲犯情形，林公大加獎譽，並替他附片奏明。旋奉朱批，餘炳燾剿匪異常出力，逾格擢升知府。就此各州縣皆知激勵，個個存著升官思想，剿匪異常出力，不到一個月，渭南四屬的刀匪，格殺無算，擒獲解省的也不少，以外都逃得不知去向。刀匪絕跡，地方就此安靖，這也是林公調度有方；才能收此速效。
道光帝因林公平匪有功，次年即調任雲貴總督。原來雲南地方，漢、藏雜處，雙方都各歧視不能相安，十多年以來，時有衝突發生。前任滇督李星沅，也是知兵大員，屢次派兵剿辦，完全治標，專事殺戮，故非但此種風氣未能消弭，並且引得藏民仇視漢人較前更甚。所以道光帝特授林公為雲貴總督，責成他辦理此事。林公奉旨後，趕辦移交，就由西安起程，趕赴新任，接印視事。在省文武屑員，都來轅參見。林公向他們詢問前督辦理藏匪情形，方知漢、藏啟釁，始初不過漢民與藏民互相仇視殘殺，事件極小。自前任李製軍迭次用兵，一味用猛，殺伐太重，連帶安分百姓也被官兵殺死無算，於是人人抱怨，仇視愈深，加以遊匪從中造謠挑釁，以致此剿彼審，連年兵民相殺不已。林公問明前情，一麵出示曉諭，大概說：漢、藏同是朝廷赤子，長官為民父母，應當一體愛護，並無歧視，隻分別誰匪誰民，著爾等安分。漢、藏協力同心，幫助官兵，捉拿遊匪，以靖地方，倘敢窩藏附和，國法決不寬容。
自經出示後，漢、藏都知新改過，安分營生。隻有雲州地方，仍有強悍匪徒，糾眾劫殺。林公見他們冥不畏法，即飛飭順寧文武，嚴拿匪首，從嚴處辦，解散脅從，以安閭閻。順寧知縣楊覲接奉劄飭，親率兵役，及參將劉思禮前往新村訪拿著名藏匪黑臉馬五等要犯。馬匪竟敢糾眾持械拒捕，虧得官兵人人奮勇，當場把匪首馬五、馬滿大二犯格殺，割取首級，並生擒匪黨郭望年等六名解省，按法律嚴辦。又據姚州、右甸等處文武，拿獲董老官、範小黑、張小沅等著名悍匪，解省審實口供，一律梟首示眾。就此全省患悉肅清，漢、藏各安生業。林公正在把上文辦理情形拜折奏達朝廷，卻巧接到軍機大臣字寄，內開雲南藏民丁燦庭等，來京控告香匪合串謀殺多至一萬多人性命，實屬駭人聽聞。上諭林公平心研鞫，以明真相，並將原呈抄寄。林公奉軍機處字寄，馬上檢查案卷，方知藏民丁燦庭等與漢民互相仇殺，積有七八年，漢、藏兩方死傷民命甚夥，案卷重迭如山，一時哪裏分得清皂白，隻好一麵委派幹練道員，赴以前漢、藏互相仇殺所在，密訪始末情形，一麵逐一披閱曆來案卷，推闡研究，以期明澈，專待原告藏民丁燦庭由部谘解到省。待等解到以後，林公即提兩造人證，會同藩、臬兩司，詳加研訊了幾十次，證以委員的查複，方得明了此案的真相。
原來此案起自二十五年四月，當有藏民在板橋地方演唱雜劇，詞句之中，把漢人有心糟蹋。在場漢人，那時聚眾把道真寺打毀。早經賠銀調處，不料藏民張世賢、丁泳年等心中還不甘服，糾眾尋仇，先將漢人張占魁殺斃，焚燒樊家屯、窯門口二寨。官兵去彈壓，反被拒捕受創。是年七月，外藏又聚眾進攻思母東寨，放火焚燒枯柯街、陶家寨、大田街，殺害漢人高朗，並將都司楊朝勳、守備潘惠揚等擄去，這是此案初起時，藏民逞凶的實在情形。丁燦庭京控稟中，亦曾用漢、藏誤罪四字，巧自掩飾。是年藏民又與官兵在小鬆寨接仗，傷害遊擊朱日恭，燒毀漢民村莊無算。二十六年春間，藏子黃巴巴聚眾數千，搶劫客商銀兩，並拒敵官兵，千總趙發元、都司繆誌林等先後陣亡。連年漢民房屋，因被藏民燒毀三千數百間，雲州受害最烈。該地漢人紳耆，皆稱連年藏民殺漢民，前後統算，數倍於漢民殺死藏民。丁燦庭為藏民頭腦，自知闖出了滔天大禍，竟欲想以一手掩盡天下人耳目，捏詞京控，虧得遇著這位林青天，奉旨秉公審理。林公不知花費了多少心思，采探研訊，方得水落石出。但是案情已經鬧到這樣浩大，若再操之過激，隻怕藏民聚眾造反，更加弄得不堪設想。便與巡撫、司道再四熟商，隻有舍剿言撫，三大憲盡表同情。於是由林公親自擬稿，把訊明丁燦庭京控一案的曲直，並擬定的善後辦法，拜折奏聞。旋接奉朱批，如議辦理。當即劄飭永昌、順寧等處的文武官員，出示化導漢、藏，不許互啟猜疑，彈壓遊匪流氓，不準藉端挑撥生事。一麵把漢、藏的絕產逃產，由該管官員一律清理發還，並命漢、藏中的紳衿耆宿，勸令同族居民自相約束。又令各具切結，以藏保漢，以漢保藏，永禁侵淩，各自安分營生，把連年仇殺不已的漢、藏爭執，完全結束。
哪知丁燦庭開了京控的先例，永昌藏民又有兩起京控，奉旨發交原省總督研訊。林公奉諭後，飭提被告人證解省，日久未見解到，很為詫異，飛飭保山鄰境各文武查明。旋據保山知縣官稟報，前月二十八日，會營帶兵押解京控案內被告人證來省，行至官坡地方，被保山七哨居民劫去。次日，哨民又聚眾入城，焚燒縣署及監獄，放出監犯。京控人證周日庠等乘間走失等語。同時又接到該處鎮道府縣會稟前來，情節大相懸殊，南轅北轍，絕不相同，此中情弊，不問可知。林公閱罷來文，不覺赫然震怒！立派得力巡捕分道飛探。次日先後回轅稟稱：保山七哨匪徒不下數萬人，此次劫奪京控人證，都是此輩所為。他們遇見官兵，槍炮亂放，以致外委胡思榮左臂受傷，軍械馬匹被奪一空。次日在城文武正在會商，不料哨匪越城而入，聲稱搜殺藏匪，一百多名藏民逃到縣署中，哭求救命。哪知哨匪跟蹤追到，殺死藏民，焚燒縣署及監獄。他們自知闖了大禍，索性圍困永昌城，拆去瀾滄江板橋，派匪把守。該處適為要道，遇有公文投遞，哨匪即攔截拆看，倘為調兵文書，立時撕去。林公素知七哨民眾約有數萬人，非調重兵難以剿辦。於是劄商提督榮玉材調集重兵，先赴永平駐紮；又調省標六營及昭通、威寧、安義等鎮總兵，各帶本標人馬，由東路前進；又調騰越、龍鄰一鎮一協的兵弁，約共二千名，由西路前進；以期會師夾擊，大約正月底可以到齊。布置既定，然後拜折奏明出巡剿匪，即日由省起程，赴大理駐紮。該處距離永昌六站，自可隨時相度機宜，分別調度。一麵刊印許多告示，遍貼永昌各地，曉諭各村漢民：如不附和哨匪，概不株連；倘然已被脅從，如能悔罪輸誠，亦可免予究辦；如有覺悟自首，須將首要各犯縛獻，自可免罪；所有江橋板片已經修好，如有人再敢拆毀，及攔阻文報等，立拿嚴辦。姑念爾等愚魯無知，不忍不教而誅，若仍冥頑不化，罔知利害，則大兵一到，惟有痛加洗剿。屆時玉石難分，概行誅戮，決不曲予保全，莫謂言之不預也。自經大張曉諭後，一班脅從的哨民，便想保全身家性命，私下逃避了不少。等到東、西兩路會齊，林公傳令仍分兩路進剿。一班哨匪探得林製軍駐紮大理廳，調集雲、貴兩省重兵前來洗剿。保山七哨亂民都嚇得膽戰心驚，毫無鬥誌，望見了官兵旗幟，先自潰散。故爾官兵直入匪巢，格殺了幾百悍匪，生擒二百多名，就此永昌匪患肅清，一麵以匪犯審實口供分別定罪。不料漏網哨匪逃至趙州彌渡，勾結土匪滋事。林公親自督兵進剿，踏破巢穴，斃匪數百。該處安分百姓，擒縛首犯獻至軍前。於是召集該處漢、藏耆老，曉以大義，諭以恩信，諸耆老感激涕零，自願誘捕曆年拒捕戕官諸匪，解送督轅，按律處決。連年漢、藏仇殺的巨案，方告結束。於是把辦理情形，拜折奏聞。