然而，周樹人年少氣盛有時也很任性。有一次，藤野先生又把他叫到研究室裏去，翻出他的講義上的一個圖來，對他和藹地說：“你看，你將這條血管移了一點位置。——自然，這樣一移，的確比較的好看些，然而解剖圖不是美術，實物是那麼樣的，我們沒有辦法改換它。現在我給你改好了，以後你要完全照著黑板上的樣子畫。”對於藤野先生的諄諄教導，周樹人口頭上答應著，心裏卻不服氣地想著：“圖還是我畫的不錯；至於實在的情形，我心裏自然記得的。”其實，周樹人並不是自己滿足或自以為是，他的解剖圖確實畫得很好，班上的同學都很佩服的。這一方麵與他小時候愛畫繡像有關，另一方麵也表現出他認真踏實的學習態度。
第一個學年很快過去了。學年考試完畢，周樹人到東京玩了一個夏天，初秋回到學校時成績已經發表，他在142個同學中名列第68.這對於一個外國留學生來說算是很不錯的成績了。這時，一些懷有偏見的日本學生認為中國留學生單憑自己的實力是不可能取得這樣成績的，懷疑藤野先生偏愛周樹人而事先向他泄露了考題，於是便采取一些極不光彩的手段向周樹人挑釁。
一天，本級的學生會幹事帶著兩個同學闖進周樹人的寓所裏來，要借他的講義看看。他把講義找出來給他們看，他們卻隻是草草地翻了翻，既沒說什麼也沒帶走。但他們一走，郵差就送來一封很厚的信，拆開來一看，第一句話是：
“你改悔吧！”
周樹人知道這是《新約》上的句子。時值日俄在中國東北境內進行重新分割中國東北和朝鮮的戰爭，俄國大作家托爾斯泰便寫了一封給俄國和日本的皇帝的信勸他們結束戰爭，信的開頭便引用了這句話。現在，這位學生會幹事也在信上引用了這句話，不倫不類的，實在可笑。而且，這位學生會幹事在信中還說上年解剖學考試題目，藤野先生在周樹人的講義上做了記號，周樹人早就知道了考試題目所以才考得了好成績，那口氣氣勢洶洶，末尾是匿名。這使周樹人想起了前幾天的一件事，因為要開同級會，這位幹事在黑板上寫了一個通知，末一句是“請全數到會勿漏為要”，而且還在“漏”字旁邊加了一個圈，當時周樹人隻覺得圈得可笑，現在才悟出那個“漏”字原來是有所指的，猶言他得到了教員漏出來的考試題目。
周樹人看罷此信十分氣憤，便將這件事告知了藤野先生；幾個平時和周樹人關係不錯的日本同學也憤憤不平，和周樹人一起去找那位學生會幹事，詰責那位學生會幹事找借口檢查周樹人的講義的無禮，並要求他們將檢查結果向同學們公布出來，以正視聽。流言終於被消滅了。那位學生會幹事自知理虧，不得不承認錯誤，竭力運動要收回那封匿名信。結果倒是那位學生會幹事“改悔”了，周樹人便將那封托爾斯泰式的信退給了他。
藤野先生曾學過漢語，受中國儒教“刺激感化”非淺，對於道德先進國家表示敬意，並不是對於周樹人個別人特別加以照顧。所以，像藤野先生這樣古道可風之人是決不會泄露考試題目的。在小林博士處保存的這一學年升級考試分數單，所列出的周樹人的各項分數為：解剖59.3、組織72.7、生理63.3、倫理83、德文60、物理60、化學60，平均為65.5，在142名學生中間名列第68.
第二學年又開始了。藤野先生所擔任的課程是解剖實習和局部解剖學。解剖實習了一周左右，藤野先生把周樹人叫到他的研究室，很高興地用他那極有抑揚的聲調說：
“我因為聽說中國人是很敬重鬼的，所以很擔心，怕你不肯解剖屍體。現在總算放心了，沒有這回事。”
實際上，最初動手解剖屍體時，周樹人心裏頗有些惴惴不安，尤其看見那年青女子和嬰幼兒的屍體，常產生一種不忍心破壞的情緒，非特別鼓起勇氣是不敢下刀的。他倒不是敬重鬼，而是那些男女老幼的屍體在他眼裏都是完整的人，實在是不忍心去破壞那些軀體。一節又一節的解剖課，一次又一次地解剖屍體，他心中的不安漸漸地淡化了。可是，當手術刀下出現的是胎兒在母體中、墨黑的礦工炭肺的時候，他的心中便產生一種痛惜不安而目不忍睹的思想感情。
當然，藤野先生也偶爾有使周樹人覺得為難的時候。一次，他說，聽說中國女人是裹腳的，但不知道詳細情況，問周樹人那是怎麼裹法，足骨變成了怎麼樣的畸形。他還歎息道：“總要看一看才知道。究竟是怎麼一回事呢！”