清順治十七年（一六六〇年），距崇禎煤山自縊已經十六個春秋了。盡管南明永曆帝的流亡政權還存在於西南的崇山峻嶺中，但大多數士民相信：大明朝是真的亡了。
顧炎武的傷感
這年秋天，大儒顧炎武在江寧（南京）城，寫下了一首風格淒涼的詩《重謁孝陵》：
舊識中官及老僧，
相看多怪往來曾。
問君何事三千裏，
春謁長陵秋孝陵。
明亡後，以遺民自居的亭林先生數次拜謁明朝開國皇帝朱元璋在南京郊外的陵寢孝陵。這一年他更不同尋常，春天在北京城北郊的昌平拜謁埋葬明成祖的長陵，秋天又趕到南京孝陵來謁太祖。
孝陵和長陵，對南京和北京而言，極具象征意味。這兩座大明的都城，可以說分別是屬於太祖朱元璋和成祖朱棣。
不知道顧炎武在孝陵前，會不會回憶起春天在北京城看到的人與事。皇都尚在，衣冠已非，紫禁城裏住著的已經是來自關外的滿人愛新覺羅氏。而江寧府城南京，雖然仍是東南膏腴之地的中心城池，但已非前明時的留都地位。它與北京不再是分據南北要津的兩大都城，在政治地位上，和其他的名城如杭州、蘇州、成都一樣，必須仰視北京。
清朝和元朝一樣，都是北方的遊牧民族征服了南麵文化更發達、人口更多的漢族而入主中原。對中華的士民來說，清朝皇帝是征服者，清朝是外來政權。而對清朝統治者來說，和蒙古人一樣，他們把整個中國看做自己的戰利品，無論對關隴、幽燕、齊魯、河洛，還是江南、巴蜀、嶺南，一視同仁皆是其新占的地盤，他們重視的是自己發家的關外或漠北，那裏才是他們的“老營盤”，是留後路的地方。
明朝則不一樣，這是趙宋滅亡近一百年後，一個將“韃虜”驅逐出去光複中華的漢族政權，這也是中國曆史上很少見的北伐而非南下統一中國的政權。江南，才是他們的根本重地，是朱明王朝的發祥地。而且，當明朝的大軍在徐達、常遇春率領下攻占元大都、光複幽燕之地時，這塊土地從後晉石敬瑭割燕雲十六州開始，經遼、金、元，已被異族統治了四百餘年。可以說，這是一塊高度“胡化”的土地。
明朝的“兩京製”，在這樣曆史背景下產生。盡管，其直接的原因乃是朱明王室的一場內訌——燕王朱棣取代了侄子建文帝登上皇位。
定都南京是權宜之計
在元末群雄並起時，朱元璋從自己的老家淮河流域一帶經營，一點點向南擴充，取應天（南京），占浙西，“高築牆、廣積糧、緩稱王”。南京附近的州縣是其取得天下的根據地。他建都南京後，紮穩基本盤，進而揮師北上是明智的選擇。
南京對朱元璋而言，在其削平南方群雄後建立政權的初期是最合適的政治中心。一旦北伐成功，將元朝皇帝逐到漠北，從西北嘉峪關一帶，到關東白山黑水之地，都屬於大明朝時，處於長江下遊的南京城便不是合適的都城。
從朱溫滅唐，經五代十國大亂後，中國的政治格局從東、西競爭變成了南、北競爭。朱溫滅唐前，無論是周武王東征滅商，秦始皇滅六國一統天下，還是劉邦以漢中為根據地取得天下，或是隋、唐兩朝依據關隴集團統一中國，關中一直是統治者的根本重地，他們針對西北要重點防範的是遊牧民族，依靠函穀關進可謀東部富饒之地，退可“一丸泥封”，保持根本之地。長安、洛陽的兩京關係便是在這樣的背景下形成的。
從趙宋開始，東西關係轉為南北關係，南麵的漢族政權麵對的最大威脅是北部的遊牧民族，因此渤海之濱、燕山之麓的北京成為了“南北競爭”中最重要的據點。漢族政權失去它，必然隻能偏安南方；遊牧民族占有它，則可揮鞭南下。