全漢昇在《唐宋帝國與運河》中曾論述道，中央政府是否能夠成功地統治全國，依賴於是否能夠有效地利用長江下遊的經濟資源，是否能夠將這一地區的物資迅速通過運河運輸到首都通常所在的華北地區。
大運河的重要性，到了明清時期更為突出。
大運河曾是明帝國的臍帶
明正德十五年（一五二〇年）九月十五日，京杭大運河上一個重要的港口——淮安府清江浦。
一群人正在水麵上劃船打魚，這些人衣著華貴，舉止優雅，岸邊旌旗蔽日，侍衛如林，顯然這不是普通漁民為了謀生的漁業活動。誰知道樂極生悲，船突然翻了，一個三十左右的青年人掉進水中。旁邊船上的人立刻像炸了鍋似的，叫聲震天，許多人不顧一切地跳進水裏，把青年人救上岸。青年雖然保住了一條命，但受到了極大的驚嚇，染上了重病。這個人就是當時大明朝第一人正德皇帝朱厚照。
第二年三月，正德帝駕崩，年僅三十一歲，他沒有留下一個子嗣，也沒有親弟弟。群臣商議，將正德帝一位堂弟朱厚熜從封地湖北鍾祥請到北京，作為朱厚照老爸孝宗的過繼兒子繼承大統，是為嘉靖帝。最後鬧出了把整個大明朝廷折騰得天翻地覆的“大禮議”事件，帝國元氣大傷。
正德帝在大運河上落水，可視為明朝一個轉折性事件，從此大明不可逆轉地走向衰落。此後的明朝皇帝，幾乎都是“宅男”，享國累加達九十三年的嘉靖、萬曆兩祖孫，更是數年隱居深宮，不樂接見臣工。
明朝自成祖朱棣遷都北京後，南京成為“留都”。但南直隸和浙江，無論從政治層麵還是經濟層麵而言，都是遠在北京的朝廷必須依賴的重要地區。從政治層麵來說，此地是太祖高皇帝朱元璋發跡之地，朱元璋在此慢慢經營積蓄力量而遂有天下。從經濟層麵來說，朝廷差不多一半的賦稅出於這些地區，北京城內的皇帝和大小官員靠這一地區的錢糧供養。在交通以水運為王的時代，大運河的價值怎麼估計都不過分，大運河成為大明帝國的“生命線”。甚至可以說，成為大明皇帝與“母體”緊緊相連的“臍帶”。
明朝初期由於首都在南京，需要運到北方的糧食並不多，主要是供養北部地區將士的軍糧，因此多采取海運的方式。自首都遷到北京後，需要從南方調撥的糧食和其他物資實在數量太大，而海運風險大、成本高，遠遠不能滿足，於是，通過京杭大運河的漕運是糧食與其他物資北運的主要方式。朝廷開始對大運河進行了大規模的整治，擴大從杭州通往北京的漕河運輸能力——疏浚會通河，造漕船三千餘艘，用於轉運；同時在大運河沿岸淮安、徐州、臨清、德州和天津五處建置漕糧倉庫，即水次倉。
明朝中央政府規定了各省的漕糧份額。浙江：六十三萬石；江西：五十七萬石；河南：三十八萬石；山東：三十七萬五千石；湖廣：二十五萬石；南直隸：一百七十九萬四千四百石。也就是說，通過漕運到達京師的糧食總數四百萬擔左右，南直隸加浙江占了二百四十萬擔左右，超過了一半。江西、湖廣、山東諸省的糧食最終也要經過運河的部分航道進行轉運。據此，完全可以說，大運河乃明帝國的國脈。
由於漕運的重要性，管理漕運的官僚機構也位階趨高並日益膨脹。明朝初期設置京畿都漕運司，以漕運使主之。京師北遷後，置漕運府總兵官。景泰二年（一四五一年）設漕運總督，與漕運總兵一文一武同理漕政。漕府領衛軍十二總，十二萬七千六百人，運船一萬一千七百艘，另遮洋總（海軍）七百人，海船三百五十艘，專門負責漕糧運輸，稱為運軍。
正德帝的堂弟嘉靖帝即皇帝位後，京杭大運河對帝國政治、經濟的重要性沒有絲毫減弱，嘉靖七年（一五二八年），朝廷花了很大的力氣疏浚了通惠河，使漕糧能夠直接運到東便門下。在此之前，由於通惠河被壅塞，南方運來的糧食隻能在通州上岸，並在當地的倉庫裏儲存。儲糧地離京師五十多裏地，在當時走陸路用騾馬運輸，效率十分低下。嘉靖帝下決心疏通通惠河還有一個背景——“土木堡之變”後，明帝國對北方草原的遊牧民族處於守勢，在京郊的通州儲存那麼多的糧食，很不安全。明代正統十四年（一四四九年），蒙古的也先部入侵，京師閉關，通州漕糧沒來得及全部搶運進城，剩下的一把火燒掉以避免資敵。這可是血淋淋的教訓。