在安撫偌大一個秦王府並且頻頻生育兒女的同時，長孫氏還不可避免地涉入了李世民與太子建成之間的奪嫡之戰。經曆了與丈夫十二年的婚姻、經曆了與這婚姻同時進行的時事劇變之後，長孫氏雖然隻有二十四五歲的年紀，卻早已見識非凡，她不但是李世民青梅竹馬的妻子，更成為他能夠無所不談的知己，無論發生了什麼事，他們總是共同進退。
在《唐書·後妃列傳》中，有這樣一句輕描淡寫的話：“太宗在玄武門，方引將士入宮授甲，後親慰勉之，左右莫不感激。”
公元626年的6月4日，精心安排的“玄武門之變”爆發。
在這場翻轉整個政治格局影響中國曆史的政變中，李世民多年疆場錘煉出來的雄心壯誌與狠辣無情都纖毫畢現，我們在這裏不必作詳細的解說。我們所關心的是，從記載來看，玄武門之變發生的時候，長孫氏並沒有置身事外，恰恰相反，她自始至終都緊緊跟隨在丈夫的身邊。
從長孫氏的對待政事的態度來看，她不太可能直接參與玄武門事變的謀劃，但她畢竟是長孫無忌的妹妹，這個計劃她終歸是知道的。至少，在事變將要發生的時候，李世民沒有隱瞞妻子，並且將她帶在了身邊。與其說做丈夫的希望長孫氏在刀光劍影中親自出手，（難道她是武俠小說中深藏不露身懷家傳絕技的高手？）還不如說這是他的一種態度：成則上九重天，敗則墮十八層地獄，無論生死富貴，都要和結發妻子共同麵對。
令世人迷惑的一段帝後愛情，定格在玄武門邊長孫氏出現的那一刻。
這也是長孫氏一生之中，表現得與她“名將之女”出身最一致的時刻。
玄武門之變，伴隨著一串殘酷的骨肉相殘鏡頭，宣告最後終結。李世民獲得了最後的勝利。當月他就被立為皇太子，並取得了“庶政皆斷決”的權力。這隻是一個過場。僅僅兩個月後，高祖李淵就宣布“禪位”，二十八歲的李世民登上了皇帝的寶座。
長孫氏的身份，也隨著丈夫身份的變化而變化。李世民成為太子，她就成為皇太子妃，當李世民成為皇帝，她也隨即在他稱帝的第十三天被冊為皇後。這時還是武德九年，貞觀紀元還沒有開始，她才隻有二十五歲。
成為皇後，長孫氏所負的擔子更重了。
從另一個角度來猜想，無論她從前聽說過或接觸過丈夫的多少事跡，親曆玄武門之變、親眼看見丈夫手刃兄弟的場麵，長孫氏的感情世界也一定受到了相當的衝擊。她對於自幼廝守的丈夫忽然展現出的權勢手段，有著最直觀的感受，她比他身邊任何一個女人都更早更快地意識到，那已經不僅僅是一個丈夫，而是一位皇帝，真真正正的皇帝。她知道自己和家族的一舉一動從此成為世人目光所集，另一方麵，無論丈夫展現出多少對自己的情愛，飽讀史書的她似乎仍然不忘時時警告自己，無時或忘曆朝皇後及後族寵極而衰的悲慘覆轍。
當其他的同齡女人都以卿卿我我為滿足的時候，作為皇後、太子的生母，長孫氏最大的願望卻已經在不知不覺中，從渴望夫妻恩愛轉變為渴望盡全力維持皇族和後族的前景，渴望丈夫和自己能夠善始善終，在史書上留下美名。
正是因為這樣的原因，新任皇後的長孫氏所做的第一件、也是最著名的一件事，就是勸兄長無忌辭卻高官厚祿。
長孫無忌自少年時起就與李世民結下了深厚友情，李淵剛一舉兵渡過黃河，他就聞訊前往投奔，從此緊緊地跟隨在妹夫李世民的身邊四出征戰，成為李世民的心腹死士。在玄武門之變和高祖“禪位”這兩件事上，除了拿主意的李世民之外，就數長孫無忌是首倡者和主要謀士了。因此，李世民一登太子位，無忌便封授左庶子，一即帝位，無忌就升任吏部尚書，以擁立首功進封齊國公。
唐太宗李世民與無忌自幼親善，對他非常寵信，不但允許他隨意出入自己的寢宮，還想要立即封他為右仆射（宰相）。太宗將這個打算告訴了太座。沒想到長孫氏的想法卻完全不是這麼一回事，她聞訊後立即屢次推辭，說：“我身為皇後，家族已經是尊貴至極，實在不願意讓兄弟子侄們滿列朝堂為高官。從前漢朝呂、霍二後家族的先例，可為後人的切骨之戒。希望您不要讓我的哥哥擔任宰輔之職。”
年輕的皇帝也許曾認為，皇後會為自幼共渡難關的哥哥有如此顯職而高興，所以才這樣獻寶似的將這打算說了出來，卻沒料到引來妻子如此的憂慮。他隻得再三解說：“我完全是因為無忌的功勞和才幹，才對他委以重任，你千萬不要把這個任命與‘重用後族’聯係在一起。”