在東太後鈕祜祿氏麵前，西太後葉赫那拉氏在宗族間的地位僅僅是個妾室，她所生的兒子首先是要認東太後為母的。按照清宮規定，所有的皇子公主出生之後不能留在生母身邊，而是要立即交給指定的保姆奶媽諳達養育，從此以後與生母隻能在指定的時間偶爾短暫相見，見麵時也要擺出接人待物的外交架勢，一言一行都必須合乎禮製。母子間是沒有什麼培養親情的可能的。同治帝幼衝即位，倒是經常能與母親們見麵，但在嫡母和生母間，慈安太後作為鹹豐帝的嫡妻，更有資格撫養和接近小皇帝，葉赫那拉氏雖是生母卻為庶室，是必須將這些機會讓給丈夫正妻的，同治帝自然更親近嫡母。這也就埋下了同治帝後來家庭悲劇的根子。
慈安太後既然更多的專注於宮廷內家庭生活，理政之事自然就多數交給了慈禧太後。隨著時間的推移，慈禧太後的權力越來越大，膽量越來越大，對於如何運用權術也越來越諳熟。
雲南人何桂清第一個撞到慈禧手裏。鹹豐十一年（1861）五月十九日，太平天國將領李秀成攻克丹陽，身在常州的清軍大將何桂清大驚失色，以籌餉的名義棄城出逃蘇州。常州士紳擋路頂香跪請何桂清留守，何竟命親兵開槍，當場致死士紳十九人。幾天後常州失陷，生靈塗炭。激起公憤的何桂清逃往蘇州，江蘇巡撫徐有壬拒其入城並向清廷上書彈劾何桂清，何又逃往上海。此後蘇州失陷。徐有壬跳水自盡，死前留下遺折，仍然請求嚴懲何桂清。江蘇紳民對何桂清尤為痛恨，都要求處死他。盡管如此，何桂清仍然在朝廷中有盤根錯節的關係網，他的生死也關係著朝政大局，關係著各支兵馬彼此牽製抗衡的局麵。於是，何桂清之事一擱置就是兩年。同治元年，何桂清終於入獄，然而也惹來了以大學士祁俊藻為首的十七人上疏搭救。然而慈禧太後並沒有就此收手。當年冬天，何桂清問斬。慈禧太後一舉立威並兼收民心。
另一件立威之事發生在同治二年。在“辛酉政變”中立下大功的勝保由於擅自調兵，不再完全馴服，盡管他“有無敵禦侮之功，無失地喪師之罪”，慈禧太後仍然頒下了賜死勝保的詔令。
隨著慈禧太後在權力和能力各方麵的成熟，兩宮太後與恭親王奕訴之間的關係也發生了微妙的變化。同治四年（1865）春天，奕訴終於敗下陣來，被兩宮太後以“信任親戚，內廷召對，時有不檢”的罪名，一道諭旨罷免了所有職務。
這當然隻是個顯露手段的花招而已。諭旨下過之後，以西太後妹夫醇郡王為首的王公大臣們就像約好了似的紛紛上書請饒，幾天後，兩宮太後終於發了慈悲，命奕訴“仍在內廷行走，管理總理各國事務衙門”。奕訴終於嚐到了慈禧太後的厲害，知道自己舊日的權力地盤已經失守，立即進宮痛哭請罪，並且主動要求將女兒榮壽公主的封號降級。兩宮太後對奕訴的態度表示滿意，又降旨說“王親信重臣，相關休戚，期望既厚，責備不得不嚴。仍在軍機大臣上行走。”——經此一役，奕訴老實了很多，同時也意識到慈禧在其中起的作用，遂著意保持與慈安太後的關係，希望能夠與慈安以及慈安一邊的同治帝聯手製服慈禧。
作為深居後宮的太後，慈禧權力雖大，接觸得最多的人卻無非是太監宮女，而在“辛酉政變”中立下汗馬功勞的太監安德海當然首屈一指。由於立下如此大功，安德海極得慈禧信任，地位也扶搖直上，成了六品藍翎大太監。但這位大太監與後來的李蓮英不同，過於小人得誌，凡事都不知道要留有餘地，他借著慈禧太後的光兒，將慈安太後、恭親王乃至小皇帝載淳都不放在眼裏。慈安太後與慈禧太後之間的關係也因此逐漸緊張起來。恭親王奕訴更是對安德海痛恨之至，認為他一介太監時有幹政，違背了祖製，早想除之而後快。
清宮向有製度，太監不得幹政，更不得擅自出宮。然而年輕識淺得意忘形的安德海卻打算借太後之威挑戰製度。同治八年（1869）七月，安德海覺得在皇宮內炫耀得還不夠，想要到外頭去威風威風，便向慈禧提出請求，想要親自出馬到江南去督辦同治帝的龍衣。慈禧太後開始倒也對安德海作了些勸阻，但終於禁不住安德海的巧辯，答應了下來，征得了同治帝的口頭應允之後，安德海便以“欽差大臣”的名義浩浩蕩蕩地順水路出京了。安德海前腳剛出京，同治帝後腳便將此事告訴了東太後慈安及恭親王奕訴，決定借此機會除掉安德海，遂將一道密詔發至與奕訴關係密切的山東巡撫丁葆楨處。
安德海一入山東境內，就進入了丁葆楨的監控之中。安德海卻茫然不知，一路騷擾百姓，索取賄賂，七月二十一日這天還在山東德州境內大擺壽宴。勘察明白之後，丁葆楨立即將安德海在泰安地方捉住。安德海被抓時仍然囂張無比地對丁葆楨說：“汝輩自速辜耳！”丁葆楨答曰：“宦豎私出，非製。且大臣未聞有命，必詐無疑。”丁葆楨隨後上奏，奏章也恰到好處地先被恭親王看見。於是此事便被公開舉發。慈禧太後聞訊後非常驚慌，害怕此事會燒至自身。她很快就看清了形勢，決定丟卒保車，遂與東太後、恭親王及軍機大臣們一起商議定了誅殺“安姓太監”的主張。對於處死安德海，慈禧太後是很不情願的。諭旨拖了兩天，才在醇親王的當麵請求下從宮中發出。
數日後諭旨到達濟南，二十六歲的安德海及其隨從二十餘人被斬。安德海的後台是慈禧太後乃路人皆知之事，他的死震驚朝野，丁葆楨因此贏得一致好評，正患眼病的曾國藩更稱其為“豪傑士”，說這消息使自己眼目都為之清楚。
關於安德海之死的過程，野史演義說法不一，流傳最廣的一種是安德海是假太監，與慈禧太後關係非常並私自出京，在山東被丁葆楨發覺並上奏，同治帝及慈安太後、恭親王則背著慈禧太後下了誅殺密旨，丁葆楨嗣後受到打擊免官雲雲。這說法當然香豔驚險，但是細考卻站不住腳：
第一，清宮對太監“驗身”極其嚴苛，除入宮時要驗證外，每年還要查察，安德海當初是鹹豐帝身邊的太監，有什麼不同之處就更瞞不了人。
第二，慈禧太後非常清楚自己當時並非一頭獨大的情形，何況安德海在宮中紅極一時，同治帝與慈安太後也與他日日可見，他離開宮廷之事也絕不可能背著同治帝去做。
第三，丁葆楨並未因此免官，這位以“嚴剛有威”、清正廉明聞名的貴州人此後的官運雖不是最為興旺，卻也中規中矩。同治十年（1871），仍任山東巡撫的他主持了山東境內河道工程，1875年，他上書朝廷請建山東機器局也得到了批準。1876年，在做了近十年山東巡撫後，丁葆楨升任四川總督，接了慈禧太後大紅人吳棠的缺，而且在這個惹人眼熱的肥缺上一幹就是十年。光緒十一年（1885），丁葆楨逝於成都，當時慈安太後及同治帝都早已不在人世，實權都掌握在慈禧太後的手裏。丁葆楨一生清苦為公，性情剛猛，在官場上得罪的人很多，死後有很多實權人士追著告他的狀，慈禧太後卻統統不予理睬，將丁葆楨追贈為太子太保，上美諡“文誠”，準許山東、四川、貴州等地為其建忠良祠——從丁葆楨與安德海截然不同的人生結局，不難看出慈禧太後的政治才幹，更深地了解她能夠令大臣信服，從而掌控朝政幾十年的原因。
誅殺安德海，是慈安太後唯一一次正麵在政治舞台上出現的記錄，此後她的生活重心完全轉向了後宮。這位似乎不問世事的東太後一直平淡地過著寡居生活，而且在絕大多數情況下，慈禧雖然在政治上掌握實權，仍然在家庭關係上遵守自己的妾室地位，表現得從屬於慈安太後這位嫡妻。但是政見與生活細節上的參差，也勢必加重兩宮太後之間潛在的矛盾。同治帝選後之事就是一例。
在同治帝結婚的事情上，慈禧太後與急著抱孫子的慈安太後不同，而是一直在找各種借口拖延。同治十一年（1872），同治帝載淳已經十七歲了。照說這在當時早已經是可以當爹的年紀了，同治帝卻還沒有成婚。背後的原因當然是作為生母的慈禧太後不願承認兒子已到成家年紀，不願在兒子成婚後撤簾歸政所致。然而皇帝一天天長大，沒法再拖下去了，慈禧太後也終於同意為兒子籌辦婚事，在大婚後撤簾了。
經過層層遴選，五名秀女成為同治帝後妃的候選人。在秀女中，呼聲最高的是蒙古族正藍旗人阿魯特氏。阿魯特氏比同治帝大兩歲，生於鹹豐四年（1854）七月初一，是四人中最年長穩重的，雖然相貌不夠美，家世卻非常顯赫，自己也滿腹詩書，因此得到了慈安太後的喜歡。但是慈禧太後卻對阿魯特氏異常反感，她中意的是江西司員外郎鳳秀之女富察氏。
野史說，慈禧太後反對阿魯特氏的原因是她迷信無比，認為阿魯特氏屬虎，做兒媳婦肯定不利於自己這個屬羊的婆婆。當然這個原因也未嚐不是一種可能，卻應該不是主要原因。阿魯特氏在慈禧太後麵前大大失分的原因，跟她的家世和她本人的脾性更有關係。
說起來阿魯特氏的家世真是一筆複雜的賬。她的祖父名賽尚阿，是鹹豐帝初年的首輔大臣。賽尚阿本人後來雖失寵遭貶，卻生了一個讀得書的兒子崇綺，同治四年（1865）四月二十一日，崇綺一舉成名，竟成為有清一朝唯一的一位旗人狀元，當上了戶部侍郎。崇綺前後娶了兩房妻室，第一任妻子愛新覺羅氏是鄭親王端華的女兒，為崇綺生下的長女便是如今進入皇後候選名單的阿魯特氏。這位妻子死得很早，她死後崇綺便迎娶了第二任妻子瓜爾佳氏，瓜爾佳氏的胞兄正是慈禧太後麵前的大紅人榮祿。阿魯特氏的親外祖父鄭親王端華正是鹹豐帝遺詔確定的顧命八大臣之一。端華本人雖然在“辛酉政變”中失敗被殺，但他作為曾經淩辱過慈禧太後的人，慈禧太後對他的敵意卻並不能人死債消。崇綺雖是端華的女婿，卻也是榮祿的妹夫，榮祿的這個胞妹在慈禧太後麵前很有臉麵，崇綺沾續弦老婆的光也頗得慈禧太後眷顧。然而崇綺的長女阿魯特氏身上卻流著端華的血，是絕對不可能得到與父親同樣待遇的。
除了先天血脈的因素，阿魯特氏本人也讓慈禧太後不滿。除了野史所持的生肖之說，她較長的年紀、一看就很有主見很有個性的外表，也不可能過得了慈禧太後的關。慈禧太後怎麼會願意讓一個有個人見解的人做兒媳，影響自己在同治帝大婚後繼續執掌朝政？她所滿意的皇後人選是富察氏，因為富察氏不但家世較低，而且年齡也是五位秀女中最小的，年僅十四歲，她如果當了皇後，自然要比一個年紀又大家世又顯赫的皇後要聽話得多，也更易控製，最大限度地滿足慈禧太後繼續插手朝政的願望。