同治帝畢竟是個皇帝，又正在少年，哪裏受得了老娘管了自己的朝政不算，還把手插進自己的床帳裏頭來？他幹脆來了個“罷召”，連皇後帶所有嬪妃的寢宮都不進去，自己獨個兒睡進了乾清宮。
慈禧太後如此有閑暇來管皇帝的夫妻之事、如此與兒子媳婦過意不去，與同治大婚後親政也很有關係。
同治十二年（1873）正月二十六日，十八歲的同治帝終於結婚成家之後，於太和殿舉行了盛大的親政典禮，他從此親政了。
雖然迫於局勢，慈禧太後不得不撤去了自己曾經隱身十一年的那道簾子，但她心裏是盼望兒子仍然事事前來向自己請示的。然而少年皇帝卻並不買這個賬，他迫不及待地要展現自己的能力。母子倆因此在權力與家務兩方麵都發生了衝突。同治帝便想將老娘挪出皇宮，搬到圓明園去。九月，他發下了重修圓明園的詔書。慈禧似乎也不願再和兒子媳婦不停地當麵鬧矛盾，何況她從來享受方麵就不含糊，如今更是樂得讓兒子出頭，免得自己擔罪名，再者說了，難道同治帝把她送進圓明園之後，就當真能乾綱獨斷？於是她對修園也表現出了極大的興趣。
同治帝的這個計劃，當然難以被人們接受。大學士文祥立即上奏，認為後果將極其嚴重。但同治帝卻不想聽，他不但想把礙事的老娘弄走，還想要借修園勘察之機常去宮外遊蕩，堅決要修此園，將大臣們的勸阻奏章、邊陲戰報、地方事務都統統丟開不管，隻顧修園。錢不夠就逼大臣們捐款，恭親王也不得不第一個上交二萬兩白銀。急於籌錢又毫無經驗的同治帝甚至還因此上了一個商人李光昭的大當。此人以捐獻木料的名義得到了同治帝的歡心後，便打著皇帝的幌子到處行騙，直騙到法國領事館的頭上，造成了一起國家糾紛，事發後李光昭被直隸總督李鴻章處斬，而同治帝則臉麵威信丟盡。
盡管如此，同治帝仍然孜孜於修園，並且屢屢以視察工程為名跑到圓明園，然後帶著一兩個小太監便外出遊蕩。私遊中他還認識了翰林院檢討王慶祺，從該人手中得到了一大堆的淫書春畫。同治帝又與兒時的伴讀載澄重新頻繁來往，此時的載澄已是個花花公子，對於尋花問柳極有心得。此二人知道皇帝與後妃分居，正是蒼蠅見了蛋上的縫，可勁地教皇帝如何尋歡。不諳風情的宮女們很快就令同治帝失了興趣，他隨即在載澄、王慶祺等人的引導下逛起了花街柳巷，“大開眼界”之後更加流連忘返。野史中便記載著這位同治帝不但與京城名妓來往，甚至還沾染男色之事。
同治帝的私遊逐漸在京城裏出了名，重臣們也終於忍耐不住了。同治十三年夏，恭親王、惇親王、醇親王、科爾沁親王，軍機大臣文祥、李鴻藻等十大重臣聯名上奏，請同治帝“停園工、戒微行、遠宦寺、絕小人、警宴朝、開言路、征夷患、去玩好”。
七月十九日，又羞又怒的同治帝召見十重臣。恭親王和醇親王的話還沒說完，同治帝便咆哮起來，把大學士文祥當場嚇暈，召見草草收場。
同治帝惱怒於以恭親王為首的重臣們蔑視自己的皇帝權威，“欺朕年幼，奸弊百出，目無君上”；更惱怒於自己尋歡作樂的事情竟被重臣們了如指掌。他認為定是恭親王之子載澄走了風訊，決定給他們父子和滿朝老臣們以及老臣們背後的兩宮皇太後一點兒顏色看看。
七月二十九日，他不經過任何人的谘詢商議，就發下一道詔書，將恭親王連降十級，由世襲罔替親王降為輔國公，和其子載澄一起撤所有職務並交宗人府嚴議。
事兒鬧大了，重臣們將整件事都報到了兩宮太後麵前。一看這樣的場麵，老辣的慈禧立即意識到修園之事眾怒難犯，雖然心裏仍然癢癢，還是表示定要終止修園，將所有的“炮火”都轉到了兒子身上，將兒子訓了一頓。
同治帝的怒火更盛。他又寫了道詔書，打算一股腦兒將十重臣統統撤職查辦。八月初一這天，正當他召集所有大臣上朝，打算當庭爆發皇帝的“雷霆之怒”樹立威權之時，兩宮太後突然出現在了朝堂上。由慈禧太後開口，將同治帝當眾數落了個一錢不值。於是恭親王父子官複原職，同治帝的皇權君威徹底垮掉，兩宮皇太後尤其是慈禧太後則重新恢複了她們才是王朝真正懂行統治者的權威。
同治帝的任性妄為，造成了君臣離心的後果，大臣們更加擁護兩宮太後。備感挫敗卻又不知錯在何處的同治帝幹脆破罐子破摔，何況慈禧太後仍然在宮中管他的房闈私事，於是他仍然不沾正規妻妾後妃的邊，而是在宮內折騰宮女太監，同時出宮冶遊。據說，從此後他“學了乖”，怕遇上有臉麵的朝臣宗室，也不相信有門道的載澄等人，再不往名妓們聚集的高級紅燈區跑，而是出沒於下三爛地段甚至京郊地方，與那些連尋常妓女都看不起的暗娼之流廝混。
這樣的地方去多了，消息當然還是又傳出來了。朝臣宗室們認為他“好內多嬖，且輕萬乘之尊，臨汙邪之地”，無不“垂涕極諫”。然而同治帝卻已經樂在其中，根本不聽。重臣們將消息報給太後，慈禧太後卻都當沒聽見，首先兒子荒嬉，她正好重新掌權；其次她也可能確實是不願相信。
終於，禍事來了。
同治十三年十月二十一日（1874年11月30日），同治帝在去西苑時受涼感冒，這本是小病，沒想到竟越來越厲害，到十月三十（12月8日），他竟然發起疹子來了。兩天後，宮裏傳出同治帝“有天花之喜”的消息。雖經百般調治，同治帝仍然在一個多月後病死，成了清王朝最短命的皇帝，僅十九周歲。
關於這位浪蕩皇帝的病情，野史一直眾說紛紜，多數時候老百姓都認為同治帝不是死於天花，而是死於性病梅毒，理由正是他熱衷冶遊。不過從清宮醫案及常去探望同治帝的帝師翁同□的日記來看，天花一說更合理些。何況梅毒之疾過程緩慢，梅毒的疹子多數還不痛不癢且能自行消退，梅毒雖有致命傾向，但即使從不醫治，從起病到晚期也往往有好幾年甚至十幾年時間。同治帝的病程卻總共也不過三四十天時間，如何會是梅毒？——當然，很多人還是願意認為皇帝得了這“髒病”的，就算承認他得的是天花，也要說他是天花加梅毒……不過即使是天花，其病之來也與同治帝好冶遊不自重脫不了幹係。他老娘雖然要他接近慧妃，不許他接近皇後，可也沒不許他接近□妃、瑜妃和宮女，他如果好好地呆在皇宮中而不是到髒亂之地胡混，天花病毒要找上他恐怕也不容易。
據說，同治帝的病情在治療過程中曾經有過起色，但很快就急轉直下。在傳說中，此事與慈禧太後和阿魯特氏婆媳間的一場爭吵有關。
據說當時阿魯特氏前往探望同治帝，夫妻倆屏退眾人說私房話，阿魯特氏便向丈夫哭訴自己如何受婆婆欺負，卻沒料到慈禧太後躲在外頭偷聽。當她聽到同治帝偏向老婆的言談之後，立即衝進來大發脾氣舉手要打阿魯特氏。阿魯特氏一急之下衝口而出：“我是大清門進來的，你不能打我。”——這話的意思是：我是明媒正娶的皇後，你雖是婆婆卻是個小妾出身，沒有資格打嫡妻身份的女人，哪怕這個女人是你的兒媳婦——這話一出，慈禧頓時大哭大鬧，與普通的撒潑老婦一般無二。躺在病床上的同治帝眼見這樣的場麵，頓時暈厥過去，病情於是再不可收拾。
此事是否當真很難確認，不過也還符合慈禧與阿魯特氏之間惡劣的婆媳關係狀況。但此說法雖然表現了慈禧太後的橫蠻，阿魯特氏卻也脫不了幹係：老公病得將死，還要去對他抱怨婆媳之爭，這皇後怎麼做的？！
與此野語相比，另一種說法就可靠得多：十一月初八初九兩天，同治帝病情稍有好轉，痘花也顆顆飽滿，隻待鼓脹漿出便可望痊愈。然而就在這天，慈禧太後哄得同治帝回心轉意，發下了在自己病中將政務全數交予太後的上諭：“請太後代閱奏折，待過百日之喜，病情稍緩，朕再出來辦事”。衝動之下將此諭發出後，同治帝越想越不是味兒，發現上了老娘的大當，權力一旦正式交出，就算自己病好了，恐怕也很難再收回；萬一病好不了，那自己恐怕就連選繼承人的權力都沒了。在這樣的情緒刺激下，從發布上諭以後，同治帝病情便惡化並終至不治。
關於阿魯特氏與“大清門進宮”的說法是如何扯上關係的，在稗官野史上還有另一種相關記載。不過照這說法，慈安太後也有不是處，因此極少被提及。
此說法出自《朝野雜記》，說阿魯特氏自冊後以來就不得慈禧太後的歡心，慈安太後剛開始還在慈禧麵前為阿魯特氏打打圓場，但是初來乍到的兒媳婦怎麼也沒有共事幾十年的老姐妹親密，時間久了也漸漸傾向慈禧一方，加上慈禧確實抓住了阿魯特氏的小辮子。於是也就應允了廢後之事。然而當兩宮太後召見當時的宗人府宗令——愛新覺羅氏族長惇親王奕□提出廢後要求時，惇親王卻表示反對：“欲廢後，非由大清門入者，不能廢大清門入之人，奴才不敢奉命。”一家夥替阿魯特氏把兩宮太後都給得罪完了。慈禧更是氣得發暈。慈安太後想來肚裏也暗生悶氣。於是阿魯特氏在兩宮太後麵前就更落不了好兒。
“穆宗後阿魯特氏，尚書崇綺女。不得孝欽太後歡，孝貞從中敷衍之……以事欲廢之，詔惇王欲發表焉……惇王對曰：‘欲廢後，非由大清門入者，不能廢大清門入之人，奴才不敢奉命。’蓋譏兩後皆由妃正位者。由此，遂中止。”
無論如何，同治帝死了，他沒有兒子，連女兒都沒有，清王朝必須從宗室中選出一位繼承者。
同治帝崩逝的當天深夜，關於繼位人問題的禦前會議立即在養心殿西暖閣召開。與會者包括宗室王公、朝廷重臣，還有同治帝的師傅。一番爭執之後，早有盤算的慈禧太後一錘定音：“文宗無次子，今遭此變，若承嗣年長者實不願，須幼者乃可教育，現一語即定，永無更移，我二人（兩宮太後）同一心，汝等敬聽。”隨後宣布：“醇親王奕□之子載□承繼文宗顯皇帝為子，入承大統為嗣皇帝。”
這道旨意一出，諸人大出意外！醇親王本人更是當場昏迷過去。然而誰也不敢表示反對，因為載□也有非常明顯的優勢，他是鹹豐帝的親侄兒、慈禧太後的親外甥，是正宗的皇家近支。那麼，為什麼不給同治帝過繼兒子呢？原來，當時的皇族近支中“溥”字輩的人選隻有一個溥倫，乃道光帝長子奕緯的嗣孫。溥倫雖是道光帝長子長孫，但他身上並沒有流著道光帝的血液，甚至連嘉慶帝的血液都沒有：溥倫的父親載治是過繼給奕偉的，他的親祖父乃是皇族的旁係。不過既是過繼，似乎也沒有必要講究這些。何況就算是讓堂弟入嗣大統，也大可選個年紀大些的，為什麼會找上載□這個還沒斷奶的孩子？