為了徹底剿滅地中海海盜，龐培構思了一個軍事戰略規劃。他把地中海劃分為13個區，每個區域都由一名總督(副將)統領。13個區統一協調行動，以更加有效地打擊海盜。行動中，各位總督分別統領自己的部隊攻擊並封鎖海盜基地，然後再派其它艦船搜尋未被發現的海盜巢穴。一時間，在整個地中海區域，12個區幾乎同時發起了針對海盜的攻擊。另外，龐培下令負責西裏西亞海岸的總督在港口待命。
羅馬軍隊發起全方位的強大攻勢，包圍並摧毀了各區的海盜基地。許多海盜隻好乖乖投降。
不過，龐培隻處死了一些根本不願立功贖罪的海盜頭目，對於那些願意提供追蹤其他海盜團夥情報的海盜隻處以罰款，然後赦免或釋放。
這樣，龐培以海盜治海盜，海盜們終於無處躲藏。
大規模的清剿戰役過後，龐培開始率領著他的艦隊橫掃地中海，向東挺進直布羅陀，一路清剿殘餘海盜。海盜們逃跑的時候，又撞入了各地總督們設下的包圍圈。對裝備先進的羅馬軍團而言，擊敗那些裝備簡陋的海盜船不費吹灰之力，那些來不及逃走的海盜，要麼被迫燒毀自己的船逃到島上，要麼束手就擒。而那些逃過追捕的海盜，都跑到了西裏西亞島上。
這樣，不到40天，龐培就成功地清除了地中海西部和中部的海盜，那些殘存的海盜，則聚集在了西裏西亞這個僅存的天然避難所之中。
接下來，龐培就要對西裏西亞這個最後的海盜巢穴發動攻擊了。
龐培首先沿西裏西亞海岸築起了一道嚴密的封鎖圈，利用羅得島、塞浦路斯和敘利亞的基地，為自己的海上船隻提供補給。被圍困的海盜們發動了幾次突擊，試圖衝破海軍的包圍圈。但他們即便衝出了第一個包圍圈，隨即又會陷入龐培軍艦構設的第二層包圍圈。當時，羅馬的軍艦不停地在西裏西亞的海岸線上巡邏。
接著，龐培一步步收縮了包圍圈，沿海岸向內推進，壓縮被困海盜的空間。海軍陸戰隊登岸搜尋每一個入口，並沿海岸築成一道防線，以防有海盜漏網。海盜們逐漸被趕往位於西裏西亞半島上科拉凱西烏姆的海盜大本營。
龐培立即派遣他的羅馬軍團在陸上從另一麵包圍科拉凱西烏姆的海盜大本營。西裏西亞人根本不是羅馬軍隊的對手，沒過幾周就被迫投降了。
龐培再一次表現出他出人意料的仁慈。他隻處死了海盜頭領，卻把其他海盜流放到了西裏西亞的偏遠地區或希臘。
等羅馬的各個總督們完成了其他區域的清剿任務後，龐培終於率領羅馬軍團凱旋歸來。
整個海盜清剿戰役一直持續了大約三個月，總共摧毀了120多個海盜基地，打死或處死了1萬多名海盜，摧毀了500艘船隻。同時繳獲了許多海盜劫掠的財富，將這些財富全部發給了龐培的軍隊。當然，作為最高統帥，龐培自己留下了最大一份戰利品。
這樣，地中海海盜在曆史上第一次被清除殆盡。
公元前48年，龐培被殺，他沒能繼續品嚐自己的戰果，但在接下來的四百年間，羅馬的航船在地中海的任何地方都能得享安全。
西羅馬帝國衰落後，羅馬的和平盛世終於終結。拜占庭帝國時期，海盜開始再次橫行地中海，盡管其活動中心已經從小亞細亞轉移到了北非海岸。東羅馬人以拜占庭帝國的名義，將打擊海盜的行動一直持續到中世紀，直至拜占庭帝國被土耳其人征服。