在公元1204年被前往君士坦丁堡途中的威尼斯艦隊攻陷之前，作為海盜的巢穴，達爾馬提亞群島又存在了十年。
接下來的一個世紀裏，意大利和希臘的叛亂分子又將位於科孚的愛奧尼亞群島、讚特、伊薩卡和凱法隆尼亞建成了新的海盜天堂。直到14世紀末被威尼斯正式吞並前，這些島嶼一直都是短期海盜的據點。
13世紀下半葉， 希臘海域的海盜開始猖獗起來。米歇爾三世想重建海軍，從意大利人手中奪回了君士坦丁堡，但資源又不足，便轉而雇傭了一些商船船長。這些人大部分都是侵擾愛琴海和亞德裏亞海域的海盜頭目。他們打著拜占庭的旗號，在整個東地中海搶劫威尼斯人和熱那亞人的船隻。大部分盤踞在愛琴海的希臘海盜都是意大利人，都是些曾經加入過拜占庭海軍的來自威尼斯和熱那亞的出色水兵。
1278年，拜占庭的熱那亞海盜喬瓦尼·狄·洛·卡沃從熱那亞人手中奪取了羅德島，以米歇爾·帕那羅格斯八世(1223~1282年)的名義統治該島。在狄·洛·卡沃管控下，該島吸引了大批海盜和奴隸販子。盡管土耳其人曾襲擊過這裏，但在1306年另一位意大利叛教者維儂羅·狄·維儂羅慫恿醫院牧師騎士團征服該島之前，這裏仍然是海盜的天堂。
這時，土耳其人、拜占庭人和意大利人已經征服了該地區的其他地方。土耳其帝國的海軍力量不斷強大，加上威尼斯人和醫院牧師騎士團對該地區的控製，無法無天的狀況得到了遏製，海上貿易得以發展。
這一時期，“加泰羅尼亞”海盜盤踞於位於愛琴海的羅德西。當時，雅典公爵曼弗雷德是一個唯利是圖的首領，是“加泰羅尼亞”海盜的同夥。從1311年起，在曼弗雷德的保護下，雅典曾有過一段短暫的海盜繁榮期。他同時為拉丁和拜占庭統治者服務。直到1458年土耳其人征服雅典城、幸存的海盜加入土耳其軍隊之前，這些“加泰羅尼亞”海盜一直像是籠罩在該地區的瘟疫。到14世紀晚期，地中海海盜的活動中心已從雅典和亞德裏亞海域向西移至地中海北非沿岸。
對於奪取了地中海東部地區控製權的土耳其海軍而言，盡管土耳其的私掠船隊仍舊襲擾著意大利的飛地如克裏特和希臘的摩林沿海，但掌控地中海中部的製海權更為重要。
當北歐商人重新建立荒廢已久的海上貿易通道時，地中海被分裂成了一個宗教戰場，而海軍的力量超過了貿易和海盜，成為宗教戰爭新的驅動力。
拜占庭海軍在曼紐爾·塞浦路斯一世(1483—1480年)統治時期開始重振雄風，成了一支無可匹敵的海上力量。它既是東地中海權力角逐者手中的工具，也是一支強大的海上力量，同時還牽製著海盜。
然而，曼紐爾·塞浦路斯一世去世後，拜占庭海軍艦隊又遭到了當政者的忽視，於是在與西西裏諾曼人和十字軍的交戰中連連失利。
不列顛海盜
“如今海盜襲擊已經從波羅的海地區向外擴展，真讓人頭疼！”
“我們的中央集權程度相當有限，很難保持一支足夠強大的官方的海上力量來根除海盜們的據點，我們實在沒有能力應對打上門來的海上劫匪。”封建貴族無可奈何。
“目前，在英吉利海峽和愛爾蘭海地區長期存在的種族對立和區域性敵對狀態給了我們很好的機會。”在英吉利海峽的一些島嶼上，海盜們到處肆意妄為，有些海盜甚至搖身變為半封建地主，並在英格蘭和法蘭西的王朝戰爭中日漸壯大起來。到了13世紀早期，海盜已成為英吉利海峽的嚴重威脅，隻有裝備精良的船隻方可安全通過海峽。
“黑修士”——尤斯塔斯修士是這一時期最出名的海盜。他是一名武裝民船船主，腳踩兩隻船，同時受雇於英格蘭的約翰國王和法蘭西的菲利浦二世。開始，他控製了從澤西的基地到英吉利海峽的海域，對經過的運輸船隊索取保護費並對拒繳者進行攻擊。
1205年至1212年，“黑修士”效忠於英格蘭的約翰國王，洗劫在法國沿海加來至布雷斯特活動的船隻。
“‘黑修士’的手下居然敢攻擊我們英國的殖民地，攻擊英吉利海峽群島，我們必然趕走他！”尤斯塔斯激怒了約翰王，將他趕出了盤踞地。