宋朝中國東南沿海地區海盜猖獗的狀況，實質上反映了中國商人反抗中央政府的剝削和壓迫，渴望發展民間貿易的理想。中國長期以來奉行的中央一統、以農立國、壓製商業發展和民間資本流動的政治經濟模式，在宋朝開始出現了某種意義上的鬆動。越來越多的人，希望能夠通過自己的努力，擺脫“靠天吃飯”的傳統生存方式。因此，從宋朝以後，這樣亦商亦盜、一邊做生意一邊搶錢財的海盜集團就逐漸興盛起來，一直到明代，終於達到了中國曆史上海盜活動的最高峰。
到了元朝末年，長達十年的戰亂使泉州的海外交通貿易事業遭受到嚴重的破壞。明太祖朱元璋製定了“海禁”“祖訓”，因此整個大明朝沒有一個皇帝敢明令廢除“海禁”“祖訓”。當時，泉州的漢人曾掀起了一場“反色目人”的風潮，盛行大陸車馬文化的明王朝嚴格施行“海禁”政策，閉關鎖國，把千百年來逐漸創造起來的繁榮的海交貿易事業、航海業和造船業無情地給腰斬了，一時出現了曆史的大倒退。當時，公開的海外交通貿易已經絕跡。但是，曆代以來依靠海交貿易為生的東南沿海人民，天生一種敢於冒險敢於拚搏的性格，不少商人頂著朝廷的“禁海”之令私自出海貿易。明中期以後，特別是明末的天啟、崇禎年間，海禁的“祖訓”和各種有關詔令已如紙上空文。明末政治的腐敗日甚一日，內憂外患接連不斷，海禁政策日益廢弛。天啟時大宦官魏忠賢擅權，朝廷的主要精力在於應對遼東危機，對東南沿海的貿易秩序未做任何整飭。崇禎帝即位後，最關心的是國內的安定，對私人出海貿易並不太關心。當時的私人海外貿易已有一定的規模，他們不能公開出海，就使用各種辦法偷偷地出海。明王朝的“海禁”政策不僅不能禁絕私人出海貿易，反而使官府失去了許多稅收。因此，這種政策不但遭到海商和沿海百姓的反對，而且遭到許多開明官僚的反對。迫於國內外形勢的變化和臣民的反對，崇禎帝即位後不久即放寬了“海禁”。當時，來中國朝貢貿易的國家已寥寥無幾，而私人海外貿易的發展已呈現出不可阻遏之勢，一時間湧現出許多海商集團。
和漳州一樣，當時的許多泉州人都暗中從事出海貿易事業。泉州的優良海港安平(今稱安海，宋朝時稱石井津)在明朝嘉靖年間一直未被倭寇攻陷，故改名為安平鎮。這裏曆代都是海商輩出的地方。
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色目人，即各色名目的外國人的意思，元朝對除蒙古以外的西北各族、西域以及歐洲各族人的概稱，一切非蒙古、漢人、南人的都算是色目人，包括粟特人、吐蕃人等。在元朝的四個社會階層之中，色目人的地位在蒙古人之下，在漢人和南人之上。元太祖成吉思汗西征時，色目人賽典赤·贍思丁(鄭和的祖先)曾率領千騎迎降。元朝重用色目人，入居中原的色目人多高官厚祿，钜賈大賈。
鄭芝龍的母親黃氏就來自泉州著名的海商黃氏家族，後來在孫子鄭成功起兵時曾資助他洋銀十餘萬。
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洋銀，是外國早期商貿銀幣在中國民間的一種簡稱。早在明朝中期，西班牙就已在它的殖民地墨西哥製造“本洋”銀幣，並流入中國。當時流入中國的有西班牙的“雙柱”銀幣，有荷蘭銀元等。
鄭芝龍的舅父黃程是個大海商，他經常往返於香山澳（即澳門）和日本等地，從事海外貿易。
鄭芝龍的母親黃氏後來又生下三個兒子：鄭芝虎、鄭鴻逵、鄭芝豹。鄭芝龍在兄弟四人中排行老大，因此也被人叫做“鄭一”。
鄭芝龍，原名國瑞，字飛黃（或稱飛虹，飛虹將軍），小名一官，在台灣開創基業時開始公開叫芝龍。他自幼聰明異常，能言善辯，活潑好動，卻不喜歡讀書，缺乏父愛。長大成人以後英俊瀟灑，為人不拘一格，性情逸蕩，身材魁梧，臂力過人，專好武術，喜歡舞槍弄棒，以勇力聞名鄉裏，受故鄉海商文化的熏陶，尤其喜歡學習航海技能。在親友中，他最羨慕的人就是他的舅父黃程。
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“一官，好男兒誌在四方。你們的父親已經去世，他當了一輩子的庫吏，謹小慎微，沒有多大出息。你們弟兄已經長大成人，我希望你們再不要你們的父親一樣虛度年華，你就帶著弟弟芝虎、芝豹前往香山澳(澳門)去投奔你的舅父吧。跟著舅父，你們一定會學到經商的各種知識，一定會有好的前程。”天啟元年(公元1621年)，鄭芝龍的父親鄭紹祖去世，十八歲的鄭芝龍奉母命帶著弟弟鄭芝虎、鄭芝豹趕赴廣東香山澳去投奔舅父黃程。