徐道覆率領一支水軍從始興出發，經豫章也進入了長江。
盧循和徐道覆聯袂東下，百裏之內，舟船不絕，戍卒十萬，舳艫千計。
“媽呀！義軍旌旗招展，船艦蔽天，聲勢浩大，如果抵抗，恐怕死無葬身之地。我們還是趕快逃跑吧！”晉軍各地守軍紛紛望風而逃。
“兵來將擋，水來土掩！”東晉鎮南將軍、江州刺史何無忌自潯陽(今江西九江)率兵前往豫章長江水域與義軍交戰。
徐道覆乘西風大起之時，命數百弓箭手向西岸射擊何無忌的坐船。義軍的船隊被西風壓向東岸，浩浩蕩蕩的義軍以大艦相逼，晉軍見狀紛紛潰逃，何無忌在亂軍之中被殺死，這場戰役令建康震驚無比。
這時，後秦降將苟林也接受盧循的命令，攻擊江陵(今湖北江陵)。
而盧循與徐道覆率領起義大軍直逼建康，進抵淮口。
東晉朝廷見狀不妙，急忙召回劉裕。
劉裕日夜兼程，趕到下邳(今江蘇雎寧西北)時，因船載輜重行動緩慢，果斷的劉裕就自率數十名親兵先行趕回了建康。
“如今，趁劉裕還未趕回來，我們應該立即乘勝直取建康！”
“建康易守難攻，還是不要冒然進攻的好。”在這樣極為有利的形勢下，盧循卻犯了他一生中最大的一個錯誤。他沒有聽從徐道覆的建議，而是將船停泊於江中，按兵不動，以致貽誤戰機。
劉裕一返回建康，迅速回師展開反攻。
義軍先前被劉裕打得稀裏嘩啦，聽說劉裕回來了，恐慌不已。
盧循知道攻取建康的目標已經落空，隻好率軍退駐潯陽，隻留範崇民率領5000兵卒把守南陵(今安徽宣城西)。
劉裕一麵派兵追擊義軍，一麵派建威將軍孫季高率領3000水軍沿海南下，從海上攻襲番禺。
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古時所稱的“番禺”城通常是指今天的廣州中心老城區，而非現在的廣州市中南部的番禺區。
由於盧循在內陸冒進過遠，忽略了廣州的防守，以致廣州很快落入了官兵之手。失去了根據地，盧循的義軍開始軍心不穩，在軍事上陷入了完全被動的境地。
義熙六年(公元410年)十二月，盧循、徐道覆合軍再次聯袂東下，集合了一萬多人的水軍與劉裕軍大戰於大雷(今安徽望江縣西岸)。
劉裕以輕舟強弩進攻，並借風縱火，停泊在西岸的義軍艦隊開始大潰敗，戰艦大多被燒毀。
盧循敗走潯陽，準備返回豫章，構築水柵切斷鄱陽湖口作為退路。
劉裕攻破水柵後，義軍與劉裕展開苦戰，死傷萬餘人，戰艦被劉裕率軍縱火燒毀，殘部僅剩餘數幹人，隻得再一次向南撤退。
義熙七年(公元411年)二月，劉裕的部將攻破始興，徐道覆戰敗犧牲。
三月，盧循撤退到廣州，但廣州已經在年前被晉軍攻占，盧循為了奪回根據地，屢次進攻都遭遇失敗，累計又戰死數萬人。
盧循隻好率領義軍進行軍事轉移，北上廣西。途經蒼捂、鬱林、寧浦等地時，又屢次遭到官兵的阻擊。
為了避開官兵的阻攔，盧循又揮師南下合浦。
四月，盧循率領起義軍退至交州(今雷州半島境內)，盧循戰敗後，投水自殺。
孫恩、盧循的海上大起義自公元399年始，至公元411年以失敗告終。他們以海島為根據地，經常以數十萬人之眾乘大海船航行於海上，展開軍事活動。縱橫東南沿海一帶以及長江下遊長達12年之久。前後造過戰艦數萬艘，小船不計其數。而西方的大海盜保羅·瓊斯、貝利維夫人隻有幾艘船的規模，就連擁有“海盜海岸”之稱的查瓦錫姆部落海盜集團，最鼎盛的時期也不過隻擁有63艘大船和810艘稍小一些的船隻，總共有水手19000人。這與中國東晉時期的孫恩、盧循，以及元代的方國珍、明代中葉的王直和明末的鄭氏集團等動輒便是千艘大船、十餘萬部眾相比，簡直是小巫見大巫。
孫恩、盧循的海上起義雖然失敗了，但是他們英勇奮鬥、堅強不屈、不怕犧牲的精神，他們的航海技術和雄壯威武的戰艦實力，都在曆史上留下了難以磨滅的印記。
義軍所到之地，占領世族地主的田莊，殺死了許多魚肉百姓的官僚地主。東晉的門閥世族經過這次衝擊之後，實際上已經喪失了政治上的統治地位，不得不把權力轉交給以劉裕為代表的並非是門閥世族出身的將領。