在日本南北朝時代（1336–1392），鬆浦家族所支持的南朝長期居於下風，經濟上被勢力較強的北朝所壓製，本來對朝鮮政治上的報複劫掠，就轉變成對對朝鮮與中國沿海的純粹經濟性的掠奪，對實施海禁的明朝中國沿海邊防造成了極大的威脅，中國稱這股來自日本的外患為“倭寇”。侵華倭寇大多是日本九州人，又以薩摩（今日本鹿兒島縣）、肥後（今日本熊本縣）、平戶（今日本長崎縣）人居多。骷髏旗是西方海盜的旗幟，而飄揚在日本海峽上的“八幡大菩薩”旗則是日本海盜的旗幟。
後來，南朝被北朝統一以後，日本進入了室町幕府時代（1336–1573），由於二代幕府將軍足利義滿開始向明朝示好，以求發展勘合貿易，就開始嚴格取締海盜行為。鬆浦家族因此專注於發展勘合貿易。
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勘合貿易，也稱“貢舶貿易”，是明代外國來華進行朝貢貿易的一種稱呼。明朝開國時實行海禁政策，隻允許外國與明朝廷進行有時間、地點規定的朝貢貿易。外國商船載著貢品及各自國家的方物土產來華，明朝朝廷收取貢品、購下方物後，然以“國賜”形式回酬外商所需的中國物品。各國的貢期有的定為3年，有的定為5年。對日本則規定10年一貢。貢舶必須持有明廷事先所頒“勘合”（執照簽證）。明朝的勘合貿易使海禁後還有官方主持的海外貿易窗口可以維持，但這種不公平狹窄的貿易嚴重阻礙了中國與其他國家商品交流的擴大和國內工商業的發展。由於從事海上貿易獲利巨大，僅允許勘合貿易的做法從反而刺激了民間走私和海盜活動，成了“倭患”加劇的部分原因。在朝野內外越來越大的反對壓力下，明朝中期放鬆了海禁，此後私人海外貿易一度成為主流。
後來，日本室町幕府的威信日趨低落，國內政治鬥爭紛起。
公元1523年（明朝嘉靖二年、日本室町時代的大永三年），寧波之亂（也稱爭貢之役、明州之亂、宗設之亂）的發生直接導致明朝與日本的貿易途徑斷絕，倭寇滋生，為後來的“東南倭禍”埋下了伏筆。當時，日本大內氏和細川氏勢力各自派遣對明朝的貿易使團來華貿易，兩個日本商團在抵達浙江寧波後因為勘合真偽之辯而引發衝突，在浙江寧波爆發了武力殺戮事件。大內氏代表宗設沿路燒殺搶擄，對當地居民造成很大損害，追擊的備倭都指揮劉錦、千戶張鏜等明朝官兵被倭寇殺死。寧波之亂直接導致明朝政府廢除了福建、浙江市舶司，僅留下廣東市舶司這一處對外貿易窗口。1529年，明朝政府廢除寧波市舶司大監。1536年（日本天文5年）大內義隆重啟了明日貿易。1551年（日本天文20年）大內義隆的家臣陶晴賢謀反成功後，明日貿易開始轉移到寧波近海的雙嶼或是船山諸島進行私下貿易、走私貿易，沿海豪族、官員和商人相互勾結，逐漸演變出規模龐大的走私集團，從此，中日貿易進入後期倭寇時代。
在這種背景下，鬆浦家族再度鋌而走險，重操走私、海盜舊業。鬆浦家族招募明朝沿海不滿政府海禁政策的人，開放平戶城作為自由港，讓各國船隊自由進出，大力讚助日本和明朝之間的走私貿易及對中國沿海的劫掠行為。
在日本戰國時代（1467——1615），鬆浦家族是以肥前國南、北鬆浦郡為中心活躍的豪族。平戶鬆浦家族領導的水軍和熊本、薩摩的步兵一樣鼎鼎有名。平戶藩不但以水軍著稱，而且是倭寇的發源地和大本營。平戶藩的藩廳位於平戶城(今日本的長崎縣平戶市)。
當時，鬆浦家族的鬆浦隆信（1529年——1599年，日本戰國時代肥前國的大名，鬆浦氏的第25代家督，鬆浦興信之子，法名道可）在繼任家督後，在對待對外貿易和領內布教上表現得很積極，他大力發展平戶港的貿易，使得鬆浦家得到空前的發展。因為擁有地理位置相當優越的貿易港，平戶的鬆浦家族具有很強的經濟實力。鬆浦隆信直接組織、領導了日本的倭寇行動。也正是此，鬆浦家一直受到臨近的有馬、大村、龍造寺家的垂涎。鬆浦隆信借助高超的政治和外交手段，通好大友、大內等大大名，通過與周圍領主抗爭、婚姻等策略，鬆浦家開始走向繁榮期。在征服了肥前國北部及壱岐國後，鬆浦隆信成為了一位大名。