地下出土物是探尋生肖鼠蹤跡的另一途徑。
世界上最早的齧齒類化石發現在5500萬年前的北美最晚古新世，叫副鼠。它的起源直到如今還不十分清楚。有人認為可能起源於類似更猴的原始靈長類。理由是這些靈長類有大門齒，頰齒退化，形態貌似。因為北美這類靈長類化石多，所以認為齧齒類可能起源於北美。古生物學專家認為上述推測並無更多的化石依據。
20世紀70年代，在我國安徽潛山縣古新世中晚期地層裏，發現了一種名叫東方曉鼠的化石。它是亞洲所特有的寬臼齒類，有一對大門牙、退化的頰齒和可能具有雛形的齧兒異步的機能，與齧齒類極相似。科學家認為：“東方曉鼠的發現對齧齒類的起源問題猶如東方旭日，朦朧欲曉了。”東方曉鼠化石的發現，引起了國內外學者的極大興趣。據報道，在1979、1980年法國出版的古生物書刊中，在1980年美國匹茲堡舉行的早期齧齒類進化國際討論會上，都肯定了東方曉鼠與齧齒類起源的關係。專家認為，曉鼠不可能是齧齒類的直接祖先，但至少可以說，齧齒類可能起源於近於曉鼠類的鼠形動物。而近年在湖南衡東縣早始新世（5000萬年前）地層中發現的鍾健鼠的完整骨頭，就更加證實了這種推論。
鼠類的遺骸，在新石器時代的各地遺址中常有發現。考古學家認為，由於鼠個小且骨骸纖細，粗心的發掘者可能不留意，或者發掘後沒有來得及鑒定，因而資料不是很多。就近年出版的陝西地區仰韶文化遺址的發掘報告看，在西安半坡、臨潼薑寨、寶雞的北首嶺和福臨堡，都有鼠類遺骸被發現。
西安半坡新石器時代遺址發現的哺乳動物有偶蹄類的豬、牛、羊等，食肉類的狗、狐、狸等，奇蹄類的馬，齧齒類的竹鼠、田鼠，等等。上述動物群中，有一類是“馴養的或可能是馴養的”，如狗、豬、牛、羊、馬；有一類是“捕獲來的”，或吃它們的肉，或用它們的皮，如斑鹿、竹鼠、野兔等。還有一類是穴居生活的，在人的住地生活，如獾、貉、田鼠等。
西安半坡的各考古地層中差不多都有竹鼠存在。考古學家認為，半坡的竹鼠屬中華竹鼠。中華竹鼠分布於我國甘肅南部、陝西秦嶺、湖北和安徽大別山一帶。據資料，竹鼠生活在竹根旁，每胎生3-8幼仔。其身長約30-40厘米，身肥，皮毛溫暖，肉鮮，可食。其脂肪可製竹鼠油作外敷藥用。竹鼠以竹根為食，半坡遺址出土大量竹鼠，說明在新石器時代，半坡附近一定有大片竹林，氣候一定比現在濕潤溫暖。竹鼠不是家畜，作為半坡人類的捕獲對象，竹鼠的肉可吃，皮可用。考古學家發現，竹鼠門齒很大，堅硬異常，尖端還有銳利的切刃，是一種有代表性的齧齒動物。竹鼠這類動物，現在主要分布在長江流域一帶，最北也隻到陝甘南部。半坡竹鼠的發現，證明人類的居住環境有過極大的變化。
薑寨新石器時代遺址位於陝西臨潼縣境內，在數千種動物骨骼中，齧齒類動物28件，占總數的0.81%，包括中華鼢鼠和中華竹鼠兩種。據報道，鼢鼠和竹鼠都是穴居，前者出土層位靠近地麵，很可能是後期侵入遺址的。中華竹鼠在半坡、北首嶺及殷墟均有報道，說明在新石器時代，這類動物廣泛分布在黃河流域中遊，而目前在關中平原已經沒有了，從而證實薑寨遺址一帶的生態環境在近幾千年中確實發生了變化。這種變化與氣候和人類的開發都有關係。