李璮叛亂後，忽必烈加強中央集權，已改變了其原意義的初衷，這時它已是建立在對漢人的猜忌甚至歧視的基礎上了。
忽必烈是吃著漢人的精神食糧而搖身一變為蒙古大汗的，現在，他卻突然感到漢食的變味，盡管他還必須逼著自己去超越自己，再度去俯拾漢法，去安定中原，促進生產與增加稅收。但他從心理上卻在防範自己過熱的情緒，因為漢人的精明不僅僅在於公開的反抗，潛移默化地改變一個彎弓狩獵的草原遊牧民族的生活方式將更危險。這一點，忽必烈有切身體驗，他一方麵清理了漢人世侯，慢慢疏遠漢儒；另一方麵在親重蒙古勳貴的同時，悄悄培植能與漢人抗衡的第三勢力。於是，來自西域的色目人如阿合馬者登上忽必烈為他們鋪就的政治舞台。實際上，李璮叛亂剛起，一向為漢人官僚所鄙視的回回人便乘機向忽必烈進言；“回回雖然常有盜錢攫物的勾當，但從不會像秀才們起而反逆啊！”也許忽必烈就是接受了這樣的蠱惑，開始驅策色目人為之斂財聚貨，牽製漢人的。
到1265年（至元二年），忽必烈正式提出了自己真實的施政思想，他對自己施治的地區做出以下規定：以蒙古人充各路達魯花赤；漢人充總管；回回人充同知；永為定製。
這樣的規定就將為本就高高在上的蒙古貴族奠定了基礎，將他們置於了漁翁的地位，而漢人官吏和色目官吏就好像漁人灑出的漁網中的魚與蚌，無論各方勢力的鬥爭如何激烈，那最後的受益者永遠是達魯花赤們。
蒙哥死後，蒙古帝國便展開了一場長達4年的汗位爭奪戰，黃金家族的諸王為了能夠奪得汗位，將成吉思汗花費一生的心血用武力築建的帝國籬笆撕開了整段整段的缺口。從每一個缺口中逸出的權利與財富對於此時的忽必烈來說，都是一種災難。盡管他已經用武力打敗了阿裏不哥，他的大汗地位也即將被黃金家族公認，但當他轉過頭環視一下蒙古帝國的籬笆，卻不得不承認，這個籬笆的缺口太大太多，要想將這個籬笆重新修複，真的是亡羊補牢，為時已晚了。
成吉思汗建立蒙古帝國之後，他的四個兒子的兀魯思我們在蒙古帝國的地圖上已經找到。不過後來的蒙古帝國，就像個籬笆一樣，哪裏需要就被帶到哪裏，這樣搬來搬去。在忽必烈致力於安定中原漢地的秩序與情緒時，阿裏不哥已經開始在政敵處尋找生路了。直到忽必烈多的可汗的地位，他驚訝地發現蒙古帝國的地圖已經被塗抹得麵目全非。盡管忽必烈本人也正在積極的繪製，但無論他是多麼超群的繪製家，也難以修複其原來的樣子。
忽必烈與阿裏不哥兵戎相見的第一個碩果是伊利汗國的誕生。
在忽必烈遠襲大理，精耕細作北中國時，他的同母弟旭烈兀在波斯也正忙於開疆拓土。經過成吉思汗和窩闊台的兩次西征，蒙哥得以在波斯的大部分領土上建立直屬汗庭——當然必屬黃金家族公共財產的阿姆河等處行尚書省。1252年蒙哥命令從諸王所屬軍隊中簽發十分之二交付旭烈兀，進一步征討尚未歸附的波斯諸國。1256年旭烈兀攻滅盤踞瑪拶答而（今伊朗馬讚德蘭省）諸山城的“木剌夷國”。1258年攻陷報達（伊拉克巴格達），滅黑衣大食（阿拉伯帝國阿拔斯朝）。1259年，旭烈兀分兵三路，侵入敘利亞。次年春，旭烈兀接到蒙哥死訊，留下大將怯的不花繼續征進，自率其餘蒙軍退返波斯。當旭烈兀正擬東返故鄉時，忽必烈與阿裏不哥先後自立為汗的消息傳來，旭烈兀決意觀望，遂建帳波斯。
忽必烈與阿裏不哥異口同聲地宣稱旭烈兀是自己的支持者，旭烈兀的身價於是成倍增長。膽大心細的忽必烈不惜再破陳規，以大汗名義將黃金家族的公共財產波斯地區劃歸旭烈兀，借此換得旭烈兀的支援。旭烈兀毫不客氣，雷厲風行地自稱伊利汗（意即大汗的屬民），在東起阿姆河和印度河，西麵包括小亞細亞大部分，南抵波斯灣、北至高加索的廣大地區建立伊利汗國，建都蔑刺哈（今伊朗阿塞拜疆馬臘格），任命各省長官。接著，旭烈兀遣使指責阿裏不哥，並幾度遣軍東向，威脅支持阿裏不哥的窩闊台後王海都。
伊利汗國像一筆交易就這樣戲劇性地在忽必烈授意，旭烈兀的動手下繪製在蒙古帝國的新地圖上。
忽必烈與阿裏不哥不共戴天的第二個碩果是促成欽察汗國由半獨立走向獨立。盡管勝利者忽必烈收獲到冊封欽察汗即位的權利。欽察汗國奠基於術赤，成型於拔都，獨立於別兒哥。術赤的離心傾向曾使父哥暴跳如雷，但術赤的次子拔都卻全然不顧祖父的激憤，繼續沿著離心的道路高歌猛進。由拔都統率的長子西征本是黃金家族的共同事業，但所征服的包括過去已鐵騎所至的東起也幾的石河，西到斡羅思、南起巴樂喀什湖、裏海、黑海，北到北極圈附近的遼闊區域，西征結束後都淪為拔都及其13位兄弟的世襲領地。拔都在伏爾加河下遊薩萊（今阿斯特拉罕附近）紮下牙帳，術赤係後王，拔都的13位兄弟像群星拱月般地團聚在金帳周圍，形成半獨立的欽察汗國。
拔都幫助蒙哥登上汗位，在打擊窩闊台、察合台兩係勢力的同時，乘機占據汗中地區。曾主持蒙哥即位儀式的別兒哥於1257年繼拔都登上術赤兀魯思的汗位。他名義上仍對蒙古大汗稱藩，但他卻不再履行黃金家族的義務，蒙哥南征時我們已很難尋找到術赤係後王的從征軍隊。到忽必烈與阿裏不哥挑起戰爭時，對汗位別兒哥顯得十分冷漠，他周旋於拖雷後王兩兄弟之間，隻唱調和宗親的高調。盡管他似乎從感情上傾向於草原氣息較濃的阿裏不哥，並在所鑄的貨幣上稱阿裏不哥為大汗，但他卻不發一兵一卒去給疲憊不堪的阿裏不哥以實質的幫助。
一如對待旭烈兀，阿裏不哥宣稱別兒哥同意自己為蒙古大汗，而忽必烈也向別兒哥派去急使，翹首以待別兒哥承認既成的事實。
阿裏不哥歸降忽必烈後，忽必烈向別兒哥派去急使，征詢處置阿裏不哥的意見並邀請他來參加忽裏台。別兒哥圓滑地回話忽必烈：“合罕、旭烈兀和全體宗親們所作出的決定是正確的。我們也一定在牛年（1265年）出發，在虎年（1266年）走完全部路程，在兔年（1267年1出席忽裏台。”
但實際上別兒哥沒有時間分身，他正手忙腳亂於與旭烈兀和阿魯忽的戰事。
不管怎麼說，別兒哥寧願對忽必烈大汗致以口頭上的尊重，但卻不想在蒙古帝國地圖上丟失哪怕是一小塊草地。對欽察汗國的統禦忽必烈隻能保留一種象征性的權力。再也無力從術赤後王所屬軍隊中抽調一兵一卒用於新的征服戰爭了。
忽必烈與阿裏不哥逐鹿汗位的第三個碩果是促成察合台封地或兀魯思的私有化，並逐步向獨立汗國方向發展。
察合台的最初份地是從畏兀人境地一直延伸到河中的草原地區，而中亞的河中農耕地區和城廓地帶——中亞地區東起吐魯番盆地，西至阿姆河，北達塔爾巴哈台山，南抵阿富汗——則是黃金家族的共同財產，由蒙古大汗直轄，大汗委任官員，所得收益由黃金家族成員共享。
窩闊台時，察合台特汗兄、諸王之長的身份，企圖吞並城廓地區，遭到窩闊台的斥責。但隨後，窩闊台將從畏兀人之地到阿姆河沿岸的諸城廓交付察合台管轄，但大汗仍派大臣駐鎮中亞諸城。
蒙哥時期，在河中、訛答刺、畏兀兒地、忽炭、可失哈耳、氈的、花剌子模和今費爾幹納地區之間的遼闊地域設立別18裏等處行尚書省，直屬汗庭。管理察合國封址的兀魯忽乃仍留居在草原地帶的城廓。這時，術赤後王勢力已伸至河中地區。
忽必烈在開平一稱汗，便著手控製原屬汗庭的河中地區，這是中亞最富庶的地域。但他所派的察合台後王被阿裏不哥擒獲，阿裏不哥則派出阿魯忽去主持察合台兀魯思。阿魯忽從兀魯忽從妃子手中奪取汗權後，將別兒哥在撤麻耳幹、不花刺和河中地區韻守軍全部殺死，接著便發生了我們已熟悉的阿魯忽倒向忽必烈、阿裏不哥向阿魯忽開戰並據有察合台駐帳地阿力麻裏的事。
忽必烈為爭得阿魯忽的支持，故伎重演，以蒙古大汗的身份將東自按台山（阿爾泰山），西至阿姆河的土地委付給阿魯忽，鼓勵地去發展自己的勢力。
阿魯忽敗於阿裏不哥後避居忽炭（今新疆和田），收集失散的軍隊後，事業多振，並向別兒哥再度開戰，洗劫了訛答刺。
阿裏不哥向忽必烈繳械後，忽必烈對古老的忽裏台仍心存幻想，遣使征詢如何處置阿裏不哥並同樣邀請阿魯忽。阿魯忽最關心的是自己的利益，他對忽必烈的使者說道：“我是未經大汗和兄長旭烈兀正式同意繼承察合台之位的，現在全體宗宗們聚集在一起，正可判定我能否繼位，我願意前去參加忽裏台。”