李璮叛亂猶如曇花一現，僅五個月便宣告結束。但留給忽必烈的震驚卻久久不能使忽必烈釋懷，甚至其中的兩次餘震比李璮叛亂本身更使忽必烈心驚。第一，王文統事件。王文統，字以道，益都人。對中國曆代權謀深有研究。曾為李璮幕僚，並將女嫁李璮。忽必烈開平踐位後，拔擢王文統為平章政事，從而成為忽必烈汗宮及蒙古帝國官僚係統的主要設計師。他曾親率各路宣撫使，接受忽必烈的自提麵命，為忽必烈建立文官係統立下汗馬功勞。李埴叛亂後，忽必烈風聞王文統曾遣子王蕘向李璮通風報信。於是召王文統詐問，王文統閃爍其詞，企圖苟全蟻命。恰好發現李璮給王文統的信中有“期甲子”（1264年）之語，忽必烈窮追不舍，逼問什麼意思。王文統“錯愕駭汗”，招認：“李瑾久蓄反心，約臣居中策應，臣意欲推其反期，故有是語。”
忽必烈異常震怒，錐心剌淚道：“我將你從布衣提拔至宰相，委以重任，授以政柄，待你不薄，你為什麼如此負恩寡義？”不待王文統巧言辨畢，忽必烈便傷心地命令推出斬首。處置完王文統後，忽必烈大玩手腕，將他曾經最信任的漢人幕僚竇默、姚樞、王鄂、子僧、張柔等召至跟前，拿出王文統與李璮的通信，遞給幕僚們傳閱，問：“你們說應該判處王文統什麼罪？”柔弱文臣皆回道：“人臣謀反，當誅。”武將張柔高聲喊道：“宜剮！”忽必烈仍不滿意，像教練員訓練隊員一樣，命令道：“你們一起說。”已有些顫栗的諸幕僚，異口同聲高呼道：“當死！”
忽必烈聽完這搖尾乞憐般的回答，嘴角掠過一絲不易為人察覺的微笑，輕歎一聲說：“王文統已死於朕前了！”
忽必烈並未因此而高枕無憂，相反，他天性中的猜疑益加泛濫。叛將的同黨同謀競打入忽必烈的身邊，並位列忽必烈的親信之位，其危險之至不能不使忽必烈為之心驚膽戰。接著，忽必烈追究王文統的來路，他必須弄清楚王文統是如何來到自己身邊的。
曾經，包括現在仍被忽必烈委以重任的廉希憲、張易、商挺、趙良弼、子聰都舉薦與推崇過王文統，自然被列為重點懷疑對象。恰好興元同知費寅又上告廉命憲是王文統在西南地區的朋黨，同時牽連到商挺、趙良弼，忽必烈大驚失色，急忙下逮捕令，關押審訊。經過細致核審，查明費寅原為誣告，商、趙得以無罪釋放。
王文統案發後，忽必烈想，交相引薦的舊日漢人幕僚每一個人都有可能從民族本位的感情出發，互相勾結，朋比李、王，而欺騙自己。假如真的如此，局麵將不可收拾。盡管已查明他們俱無反跡，但誰敢擔保以後不會再出現第二個王文統？
漢人自古，似乎天生就會交結朋黨，互相攀援，黨同伐異，互相攻訐。急功近利是草創朝廷所急需的，王文統“以言利而進為平章政事的”。但竇默、許衡儒流之輩卻將迂腐之見與學術之爭引入朝廷，聲稱“治亂休戚，必以義為本。”忽必烈剛剛即位，注重實效的王文統剛剛到位，竇默就傍倚王鄂、姚樞向忽必烈奏稱：“王文統此入學術不正，久居相位，必禍天下。”忽必烈強捺不滿，問：“那麼，你說誰可以做宰相？”竇默推薦許衡，忽必烈拂袖而起，怒氣衝衝，嫌惡似的走出汗帳。對許衡那一套長篇大論，浮而不實，不能給新政權帶來一分銀毫、一支箭矢的空洞言論，注重實惠的忽必烈早就領教過了。當前，忽必烈需要的是軍餉糧草和戰士去戰勝阿裏不哥，而不是空疏的儒家學術理論。但不知趣的竇默卻“日於帝前排其（王文統）學術”。難怪忽必烈會拂袖而去了。
工於心計的王文統也不甘示弱，他恃寵奏請忽必烈升姚樞為太子太師，竇默為太子太傅，許衡為太子太保。這是一條毒計，明尊暗貶，實際上是要調離三人日侍忽必烈的職位。竇默因為屢屢攻訐王文統而為忽必烈不悅，他還識一點時機，與姚樞商量，避禍東宮，但耿直倔強到不怕死地步的許衡卻堅守禮儀，大有拚命之勢，堅辭不就。
被儒家學術流派與漢人黨派之爭攪得心煩意亂的忽必烈，實在搞不清楚門戶之見是怎麼莫名其妙附著於聰明的漢人身上的，最後隻好改命姚樞為大司農、竇默為翰林侍講學士，許衡為國子監祭酒。不久，許衡負氣辭職，稱病還鄉。
忽必烈能欣然接受漢人治人的高超手法，與一整套治理國家的官僚係統，還有不殺人的博愛思想，但對漢人間的互相傾軋，而且是因為無謂的思想意識間爭辨不清小事，實在覺得可笑、可憐、可憎。對昔日竭力幫助自己的舊日幕僚，他不得不刮目相看了。
王文統的變節，使忽必烈對漢儒徹底失望。他震怒後的自省，便是對漢儒從人格上的懷疑，連自己最信任、屢次袒護的王文統都會出賣自己，那麼，誰能保證哪個漢儒不會再次忘恩負義呢？
第二，史天澤擅殺事件。
李璮被擒後，審訊李璮的是漢人世侯軍閥嚴忠嗣與史天澤。嚴忠嗣問：“你為什麼這樣做？”李璮回答道：“你和我已約好，到時候卻又不來。”嚴忠嗣怒不可遏，提刀向李璮肋下刺去。史天澤問：“你為什麼不投降？忽必烈有什麼地方虧待你？”李璮卻反問道：“你有文書約俺起兵，何故背盟？”史天澤對手下俘虜更為殘暴，命人砍去李璮兩臂、雙足，剖胸挖肝，最後才割去首級。
接著史天澤以“宜即誅之，使安人心”為由，宣布處死李璃，並向忽必烈上請“擅殺”之罪。
盡管忽必烈不可能獲悉李璮的追隨者流亡南宋後追憶的那段擅殺李璮的細節，但忽必烈依然能夠開動其聰明的填滿猜疑的大腦，捕捉史天澤超乎職權，迫不及待擅殺李璮的疑點，難道這真的不是一次殺人滅口嗎？本來李璮是要上獻的。
除了張邦直等漢人萬戶直接叛附，其他的漢人世侯與李璮也已查明有書信來往，難道他們僅僅是遙遙千裏互相問安嗎？
李璮叛亂的最根本原因就在於漢人世侯威權太重，地方軍民權力集於一身，儼如春秋時期星羅棋布的國中之國，所不同的隻在於其宗主除了蒙古大汗之外，還有一個南宋的漢人皇帝，可以憑闌眺望，眉目傳情。而這種歸宗認祖的潛意識一直不能從他們心底泯滅。請看李璮臨死前填的一首《水龍吟》，也許能感受到點什麼：
腰刀帕首從軍，戍樓獨倚闌凝眺，中原氣象。狐居兔穴，暮煙殘照。投筆書懷，枕戈待旦，隴西年少，歎光陰掣電，易生髀肉。不如易腔改調。
此變滄海成田，奈群生幾番驚擾。幹戈爛熳，無時休息，憑誰驅掃。眼底山河，胸中事業，一聲長嘯，太平時相將近也，穩穩百年燕趙。
當然忽必烈感受不到李埴抑或其他漢人世侯軍閥內心的蒼涼，但對這些擁兵自重、各霸一方的軍閥們如果像逮捕文人商挺似的，窮加追究，勢必引起兔死狐悲，群起自保的局麵，忽必烈心中則早有預料。因此，忽必烈與漢人軍閥間的關係一直很微妙。
對此，忽必烈十分謹慎、小心，唯恐因自己的不慎而引起連鎖反應。他多次敕命在聖安寺作佛頂金輪會，在長春宮設金篆周天醮。給自己壓驚、祈禱，穩定自己的暴躁情緒。並忐忑不安地對史天澤說：“朕或乘怒欲有所誅殺，卿等宜遲留一二日，上奏後再行定奪。”從中，我們真切地感到忽必烈對自己的憤怒是多麼缺乏自信！
但內不自安的不僅僅是忽必烈，史天澤等世侯也惴惴不寧，他們比忽必烈更能預見自己的危機四伏與根源所在。史天澤首先上書，替忽必烈排憂解難，聲言：“兵民之權，不可並於一門，行之，請自臣家始。”主動將十七位史氏子侄的兵權上交忽必烈。張柔、嚴忠嗣等世侯也紛紛效法，表忠求全。
忽必烈喜笑顏開，順水推舟，巧妙利用有利形勢，推行一係列環環相扣的加強汗權及中央集權的措施，堵塞叛亂之源。
其實，忽必烈即位伊始，郝經就提出“建監司以治諸侯”的建議，而忽必烈堅決設置十路宣撫司已帶有收權中央的性質，李璋之叛一定程度也是“強幹弱枝”政策的產物。李璮之叛正好又奉給忽必烈一個治愈失眠的藥枕，取消世侯特權，建立地方基層政權自然便不再停滯於理論了。
第一，忽必烈下令實行軍民分治，規定各路總管兼萬戶，止理民事，軍政勿預，管民官理民事，管軍官掌兵戎，不再兼任。
第二，削弱以致消滅世侯。規定各姓世侯軍閥除一人仕宮外，子弟官職例行解任。取消世侯封邑。易將，各世侯軍閥互換萬戶或另派萬戶，兵歸中央。進而又罷諸侯世守製，實行遷轉法，即調官法，在世侯領地置牧守，重新確立中央集權政治。這一措施同時也符合漢地黎民及上層地主的意願，罷世侯後，領地上的黔首們對昔日主人視如陌路，甚至追咎怒罵，一如世侯的崛起，其衰落與走向墓地也同樣是曆史的必然。
第三，查禁民間兵器。下詔：“諸路置局造軍器，私造者處死；民間所有，不輸官者，與私造同。”隻要是超過一尺長的鐵器，都必須上交，甚至連農民用的鐵耙、叉等也不在豁免之列。對漢地漢民的防範達到細致入微的地步。
第四，在中央成立總理軍事的機關樞密院。從此，樞密院成為蒙古帝國的軍權中樞，它不受其它任何中央權力機關的限製，儼然而成一獨立體係。忽必烈將樞密院直接置於自己控製之下，由皇太子真金任樞密院使，副使、僉書樞密事等職也操縱於貴胄親信之手，蒙古帝國乃至以後明顯帶有中原王朝性質的大元帝國，中央軍權再與漢人無緣了。除四怯薛由忽必烈或派蒙古親信大臣節製外，樞密院的權力大得驚人，“天下兵甲機密之務，凡宮禁宿衛，邊庭軍翼、征討戍守，簡閱差遣，舉功轉官，節製調度，無不由之。”漢儒幕僚如姚樞、子聰、許衡者流，世侯軍閥如史天澤、李璮者流，非但沒能拉扯忽必烈進入“以夏變夷”的佳境，反而助長了忽必烈庇佑草原諸王的決心，對他們來說，這些針對漢人而發，轉而背倚蒙古軍隊和色目人的理財術，無疑是一股倒行逆施的惡流。盡管忽必烈在未來依然沿著加強汗權、君權，效法中原曆代王朝強化中央集權，但忽必烈的感情，對漢人的猜忌，卻再也不能從忽必烈受傷的心頭上輕輕抹去了。