阿合馬排擠安童沒能得逞，接著因圍困襄陽，急需籌備軍需，1268年廷臣議設尚書省總理財政，以阿合馬平章尚書省事。阿合馬企圖架空安童，向忽必烈建議宜升安童為三公。忽必烈還真當回事，交諸儒議擬意見。漢法派商挺倡言道：“安童是國家的柱石，如為三公，是崇以虛名而實奪之權，決不可行。”忽必烈還不想在南宋未下就將漢法派摒棄，隻好作罷，而且兩年後才設立了尚書省。
阿合馬的理財能力在帝國群臣中的確是出群拔萃的，連漢法派對阿合馬的個人才能也沒有提出過異議。蒙古人有一個特殊的愛好，他們非常重視口才的培養，每次聚會每人都要說一段箴言妙語。忽必烈也十分推崇能言善辯的人，阿合馬便具有口才天賦，而且他還足智多謀。“急於富國”的忽必烈大驚其圩，“授以政柄，言無不從”。將進攻南宋的一切軍需調度大權全部委拜給阿合馬。
借軍事行動幾乎全攬了帝國中樞權力的阿合馬，驕橫剛愎，決策行事從不谘文中書省。尚書省設置後，阿合馬根本不依銓選舊例，擅將親信黨徒、子侄親戚充委其間，導致中書省形同虛設。從而激起了中書省長官安童及顧問許衡等漢法派的強烈反對。
安童向忽必烈一再訴苦：阿合馬的尚書省事中書省一概不知；阿合馬擢用私人，不由部擬，也不谘會中書省；阿合馬分管各路民政和財賦，還插手刑事案件。阿合馬的種種驕縱，連忽必烈都為之驚詫，感到此人有點過分，撫慰已被架空的安童說：“汝所言是。豈阿合馬以朕頗信用，敢如是耶？其不與卿議非是。”但阿合馬將忽必烈的話置若罔聞，甚至反駁道：“事無大小，皆委之臣，所用之人，臣宜自擇。”這句話使我們堅信，忽必烈一定有事無巨細全部委托阿合馬的意思，不然，機巧到眼睛毛都會吹口哨的阿合馬是不敢忤逆主子的。安童無可奈何，隻好向忽必烈請求：“自今以後，唯重囚犯和任命上都總管兩件事，交移臣理，其他全部委付阿合馬。”忽必烈馬上滿口答應。
耿直、古板但極有學問的許衡屢次被阿合馬排擠出朝。許衡雖迂闊，但敢直諫，說心裏話，不怕死。1270年許衡得知阿合馬任命其子忽辛為樞密院僉書，主掌兵權，激辭進諫忽必烈：“國家事權，兵、民、財三者而已，今其父典民與財，子又典兵，不可。”忽必烈大為不滿，反問許衡：“卿慮其反邪？”許衡毫不怯弱道：“彼雖不反，此反道也。”阿合馬火冒三丈，反誣許衡避辭利祿，是“欲得人心，非反而何？”
阿合馬多次伺機報複，舉薦許衡出任中書左丞，以便借事傾陷。許衡力辭不就。後來許衡聽從朋友勸告，為避免夜間“卒有橫逆”，向忽必烈力請告老還鄉。
以阿合馬為首的回回人勢力異軍突起，其前10年阿合馬先掌財賦大權，進而控製了朝廷中樞政權。在阿合馬的幕後，實際上的操縱者是忽必烈，阿合馬勢力的消長，基本上反映了忽必烈對待漢法的態度。1270年以前，忽必烈之所以沒有令阿合馬囂張到為所欲為的程度，是因為他還需要建立適應漢地的封建專製官僚係統。而修補“文治多缺”又不是阿合馬集團所能力任的，因此，對曆代典章製度爛熟於心的許衡之流雖一再辭呈還鄉，或一再被罷相，但過一段時間忽必烈仍不得不再安車召回。但帝國的政權建設一旦大體草就，許衡之流實質上已陷入飛鳥盡、良弓藏的境地了。所以，在下一個階段的兩派鬥爭中，漢法派迅速敗下陣來。
1271年忽必烈改國號為大元後，阿合馬的擅權進入新的曆史階段，直至1282年阿合馬被殺。
後10年的朝廷政局與忽必烈時代前期相比，出現實質性的根本逆轉。後十年阿合馬隻栽過三次跟頭，一次是尚書省被撤，一次，是真金毆打了他，另一次是阿合馬被王著用銅錘砸碎腦袋，除此之外他一直春風得意。相比之下，漢法派凋零得連忽必烈都不堪回首。
1272年，在中書省的一派牢騷聲中，忽必烈也覺得中書、尚書兩省並置，職掌不清，冗員太濫，他還沒有見過如此臃腫的宰相集團。因此忽必烈決定將兩省合而為一。阿合馬揣摸到忽必烈的心意，雷厲風行，奏請以安童為太師，企圖借此撤中書省而盡攬政權。阿合馬擔心適逢入京參議其事的山東東西道提刑按察使陳祐提出異議，私許陳祜任尚書省參知政事，條件是附聲附和。但頗有漢人良知的陳祜在討論兩省合並的會上卻力言中書省乃國家政本不可廢黜，並批駁阿合馬議立太師之位是使之徒具虛名。漢法派群也力言痛諫，忽必烈於是撤尚書省並入中書省，但阿合馬仍任平章政事。安童乘此疾風，向忽必烈控告：“阿合馬、張惠挾宰相為商賈，以網羅天下大利，荼毒黎民、困無所訴。”並揭露其黨羽劣跡，忽必烈仍采取安撫手法，說：“若此者，徵畢當顯黜之。”但這隻是說說而已，阿合馬的宰相之位仍無動搖。
這是以安童為首的漢法派最後一次垂死般的回擊。自此，漢法派的命運便直轉逆下，一發不可收拾。
改組後的中書省宰相，伯顏、史天澤主持南宋戰事，許衡辭職，廉希憲和耶律楚材子耶律鑄被罷，實際上主持中書省工作的是右丞相安童，左丞相忽都察僅是虛名而已。剩下的恰伯、張惠等都是阿合馬的同黨，漢人中隻有張易和趙璧，趙璧此時已老病纏身，拜平章政事後竟毫無作為，而張易則“視權臣（指阿合馬）奸欺，結舌其傍”，雖有不滿，但隻潛沉心底，表麵上則唯唯諾諾。1275年，安童終於被排擠出中書省，忽必烈命他陪北平王那木牢去出鎮阿力麻裏，名為重邊，實為罷相。1276年，趙璧病死。二人走後，中書省卻沒有作相應人事調整，中書省右丞相虛懸至1281年。中書省的權力實際上已落入平章政事阿合馬的囊中。
在朝廷中還能走動的舊日幕僚，僅剩下張文謙、張易、趙良弼三人而已。其餘的一大批金蓮川幕僚，大多亡故，劉秉忠、史天澤於1274年、1275年相繼去世，接踵其後的是姚樞、許衡、竇默、董文炳、廉希憲、王恂、李德輝等人。碩果僅存的三位，結舌其傍以謀自保的張易拋開暫不管他，趙良弼先是忙於出使日本，返國後簽書樞密院事，在蒙古人一手壟斷的樞密院工作，實際上毫無施展能力的機會。我們不知道什麼原因，“良弼屢以疾辭”。張文謙為人“剛明簡重”，“數忤權俸”，遭到阿合馬的猛烈轟擊。阿合馬再次奏請撤諸道梅察司，這實際上是剝奪禦史中丞張文謙的飯碗，同時也擺脫台諫機關的牽製，張文謙力爭，惡陳利害，才在忽必烈的遊移不決中保下監察機構。他也為自身的生命擔憂，“力求去”。至此，漢法派已一敗塗地。同樣虛弱的忽必烈終於感覺到耳邊清淨了許多，隻剩下阿合馬動聽的讒言了。思索一下漢法派覆亡的原因，對蒙古人、漢人來說，都意味深長。首先是漢化問題。遊牧人人主農耕定居的漢地，如果企圖保持長久統治，就勢必要采取駕馭農耕文明的權術，而積累了上千年權術勢、霸王道經驗的一整套統治術則是現成的。凡是從北方和西北俯衝到中原的少數民族無一不是涉及到這個問題、所不同的隻是如何取舍漢法。但遊牧民族和漢人相比人數很少，進入漢地，采行漢法很容易消失到漢人的汪洋大海裏。如何保留本民族的個性、統治和特權，又不被漢人同化，這個度則很難把握。
忽必烈頭腦十分清醒，全麵改行漢法便意味著全麵漢化。全麵漢化的命運將同遼、金一樣。對漢化，忽必烈十分警惕，他處處以金世宗為楷模，既采用漢法中的治術，但又倡導國俗，遏製漢化的速度。兩都製和大遊獵本身就帶有這種性質。盡管忽必烈作了許多努力，而實際上進入中原的蒙古人，草原的落後習俗與漢文明的腐朽消極成分已經擁抱，特權的庇護溫床已垂下帷幕，結合的後裔是蒙古草原的淳樸、強悍和蓬勃向上的進取精神向奢侈、腐化、懦弱和惰怠轉化。
而漢化是漢儒們挾帶而來的，忽然排斥、猜怠、疏遠與打擊漢儒，在一旦確立了國家政體之後，便不難理解了。
其次是漢儒本身問題。
忽必烈崇喇嘛教而薄禪宗，徒單公履投其所好，1271年建議實行科舉製時譬喻說：“儒亦有是（佛），科舉類教（喇嘛教），道學類禪。”忽必烈聞之震怒，召姚樞、許衡與耶律鑄廷辯。恰巧董文忠從門外過，忽必烈發泄道：“汝日誦《四書》，亦道學也。”忽必烈還說過：“漢人惟務課賦吟詩，將何用焉！”對漢人不務實用的風氣，忽必烈的鄙薄之情溢於言表。
對“廉孟子”希憲忽必烈也發過怒。因廉希憲拘泥於詔書，釋京師重囚匿讚馬丁，忽必烈大怒道：“汝等號稱讀書，監事乃爾，該當何罪？”廉希憲被罷相後，忽必烈得知廉希憲整日在家讀書，不滿地說道：“讀書固朕所教，然讀之而不肯用，多讀何為？”
許衡、姚樞也有許多迂腐濫調，根本無法解決帝國關乎國計民生的實際問題。對忽必烈來說，空談等於犯罪。忽必烈對漢儒的疏遠不能不說，漢儒本身也有不可推諉的責任。
第三，元廷費用浩繁問題。
忽必烈的帝國不是處於隻有隻牛拉輦車的開國時期。它是以豪奢巨賞而著名世界的蒙古帝國的繼續。因為忽必烈繼位的不合法性，忽必烈的歲賜例賞便更殷勤。維係貴族的奢侈需要銀兩；大興土木，修建兩京需要銀兩；而連綿不斷的戰爭更需要銀兩的資助。各項支出讓國家財政更加空虛。
忽必烈隻能保證百姓不致餓死，但他不能仁慈到攻打南宋的軍隊不向百姓搜糧刮稅的地步。時值滅亡南宋的前後，壓倒一切的是增強軍力，保證財用。腐儒無力擔起重任，忽必烈隻有依賴經營策劃有方的理財派。
阿合馬通過興鐵冶、鑄農器官賣、增鹽課、括戶口、增稅、推行鈔法、濫發交鈔、清核諸官府、追征逋欠等手段使帝國財政得以應付，為忽必烈解決了許許多多的難題，忽必烈自然會喜歡、倚重這個財神爺。忽必烈就曾這樣評論、稱道他的宰相：“夫宰相者，明天道，察地理，盡人事，兼此三者，乃為稱職。阿裏海牙、麥術了等，亦未可為相，回回人中，阿合馬才任宰相。”
忽必烈的言外之意，就是除此而外再也沒有堪任宰相之職的臣子了。實際上回回人正是中書省的權力執掌者，因此，無論漢法派如何抗議、揭露阿合馬，忽必烈也不會對其進行處置。甚至在漢法派受到打擊，逐漸凋零之後，忽必烈還曾經幫助阿合馬鏟除異己。由此看來，綜合以上的眾多原因，我們就不難理解為什麼漢法派會在鬥爭中滅亡了。