哈巴羅夫率殘部回到西伯利亞，沙皇政府改派斯捷潘諾夫統領三百七十名哥薩克殖民軍竄到鬆花江上騷擾，於順治十一年夏與清軍相遇。
在此之前，清遣使臣韓巨源到朝鮮，要求“朝鮮選鳥槍善手一百人，由會寧府聽昂邦章京率領，往征羅刹，以三月初十到寧古塔”。朝鮮國王孝宗遵令，遣北虞侯邊岌領鳥槍手一百名前往。清兵三百名，赫哲族人三百名，朝鮮兵一百名，共七百名。清將昂邦章京寧古塔總管沙爾虎達聽從了邊岌的建議，於黑龍江與後通江合流處，擇占江邊地勢最高處結陣，圍以柳柵，列置岸上，令朝鮮兵放炮。俄兵船大火器多，登岸進攻，清軍猛烈還擊，俄軍戰敗，登船退出鬆花江，逃往黑龍江上遊。吳晗：《朝鮮李朝實錄中的中國史料》，第3835、3839、3844頁。
清世祖福臨看到羅刹入侵之情愈益嚴重，遂於順治十一年十二月二十一日下諭，命固山額真明安達理統率官兵，往征羅刹於黑龍江。十二年二月二十七日，明安達理統領滿蒙漢兵士及當地達斡爾等族壯士，向俄軍呼瑪城堡進攻。呼瑪城堡建立在呼瑪河與黑龍江會流處的一個小島上，頗為堅固，存糧亦多。清軍包圍了城堡，但俄軍憑借城堅炮利，拚死防禦，一時打不下來。僵持十二天以後，清軍糧食將盡，明安達理隻好於三月八日舍棄圍城，領軍撤退。《平定羅刹方略》第1、2卷。
順治十四年初，沙爾虎達領兵遠道突襲，敗俄軍於黑龍江下遊的尚堅烏黑(今佳木斯市附近山音村)，二月被朝廷賜以蟒衣、貂帽、鞍馬、腰刀、緞匹等物。《清世祖實錄》第107卷第25頁。
順治帝下決心徹底打敗敵軍，驅走殖民者，做了大量準備工作。順治十五年二月十九日，他遣使齎敕到朝鮮，命朝鮮國王運送糧食遣兵從征，敕諭說：“今羅刹犯我邊境，擾害生民，應行征剿，茲發滿兵前往，需用善使鳥槍手二百名，王即照數簡發，並將一切應用之物，全行備辦，令得當官員統領，期於五月初間送至寧古塔。”《清世祖實錄》第115卷第8頁。清使李一先於三月送敕至朝鮮，告訴國王說：“大國將發兵伐羅刹，饋餉甚難。本國亦當助兵，請自本國齎五月糧以送。”國王答稱遵命。吳晗：《朝鮮李朝實錄中的中國史料》，第3858頁。
鎮守寧古塔昂邦章京沙爾虎達遵循帝旨，加緊征剿準備工作，建造了大船四十隻，以加強水上作戰能力。順治十五年七月，斯捷潘諾夫帶領俄國殖民軍五百名，乘船沿黑龍江搶掠，又闖入了鬆花江。沙爾虎達率清軍分乘戰船四十七隻，在鬆花江與牡丹江的彙合處(今黑龍江省依蘭縣城附近)嚴陣以待。雙方激烈交戰，俄軍大敗，二百七十餘名被擊斃或活捉，二百餘人狼狽逃走，頭目斯捷潘諾夫也屍橫戰場。沙爾虎達立即奏報：“擊敗羅刹兵，獲其人口甲仗等物”。帝命兵部察敘，以所俘獲分賜有功將士。《清世祖實錄》第119卷第5頁。
第二年，順治十六年正月，沙爾虎達病故，帝命其子巴海襲父世職一等男及官職說：“寧古塔邊地，沙爾虎達駐防久，得人心。巴海勤慎，堪代其父，授寧古塔總管。”《清史稿》第243卷，《沙爾虎達傳》。
巴海不負帝望，加緊練兵備戰。順治十七年夏獲悉沙俄殖民軍複寇，偕梅勒章京尼哈裏等領兵前往征剿，行至黑龍江、鬆花江交彙處，偵知敵軍在費牙喀部落西界，立即前進，至駛犬部地方，分布兵船於兩岸。俄兵乘船駛來，清軍伏兵齊發，敵即回遁。清軍追擊，俄兵登岸敗走，“斬首六十餘級，淹死者甚多”。清軍又俘獲敵方婦女四十七名及火炮盔甲器械等物。巴海乘勢“招撫費牙喀部落一十五村一百二十餘戶”。帝命有關部門察明敘議晉賞。《清世祖實錄》第138卷第16頁；《清史稿》第243卷，《巴海傳》。至此，俄國殖民軍除大部戰死外，全部被逐出黑龍江中下遊流域。順治帝驅走勁敵保衛東北地區的鬥爭，取得了全部勝利。
與此同時，清與朝鮮、日本、安南等周邊國家，也保持了良好的正常關係