聽貼身太監說農民軍攻入了紫禁城，崇禎皇帝將皇子托付給了外戚周奎、田弘遇，下令周皇後（崇禎皇帝正宮皇後）、張太後（熹宗皇帝皇後，崇禎的皇嫂）自盡，並親手砍死了袁貴妃，砍傷了自己的女兒，然後匆匆逃到煤山，在壽皇殿東側的一顆歪脖子樹上自盡身亡，在對麵陪伴他上吊的有貼身太監王承恩。
李自成占領北京以後，加強了大順王朝政權的建設。大順軍在各地建立的府、州、縣政權也愈來愈多。起義軍設“比餉鎮撫司”，對貴族、官僚及大地主嚴加鎮壓，以暴力手段迫使貴戚大臣、貪官汙吏交出資財。在“均田”口號的推動下，一些地區的農民還奪取了地主的土地。但是，農民軍沒有明確的政治目標，在北京的劉宗敏等人漸趨腐化。在四川的張獻忠開始稱帝，國號大西，改元大順，以成都為西京。農民軍內部分裂，他們不可能建立新的中央王朝取代明朝。而崇禎帝在江南的堂兄弟朱由崧、朱由榔，雖先後建立南明小王朝，但都抵抗不了清軍的南下掃蕩。
清崇德八年（1643年），皇太極病死，福臨嗣位，改元順治。順治即位時僅6歲，由叔父多爾袞攝政。闖王在北京滿足於已有的成果，部將追求享受，軍紀逐漸鬆懈。順治元年（1644年），李自成攻打駐守山海關的明將遼東總兵吳三桂，吳三桂乞降清軍。在多爾袞出兵協同作戰的情況下，吳三桂打敗李自成，遂引清兵入山海關。是年四月二十九日，李自成在北京稱帝。次日，李自成的大順軍撤出北京。隨即，清兵進入北京，正式向世人宣告大清國的建立，取代大明朝，仍定都於北京。
中國人真的是活累了。大明皇帝上吊自殺，皇帝封的遼東總兵、平西伯吳三桂有奶就是娘，把敵對勢力引進來做皇帝，他自己又做了大清的藩王。由平西伯晉升平西王，雖一字之改，但把人的氣味全改掉了，完全成了行屍走肉。農民起義軍打進了森嚴壁壘的紫禁城，李自成居然在金鑾殿上宣告稱帝，在皇帝寶座上坐了一天，又拍屁股走人。這一切似乎都是一場鬧劇，紫禁城再無尊嚴，金鑾殿成了誰都可以進出的菜園子，皇帝的寶座是可以一甩走人的屎盆子。滿州的多爾袞們，正是趁中原王朝顛三倒四，中原大地亂哄哄狼奔豕逐的大空子，鑽了進來。
多爾袞們抱著小皇帝順治爺，在李自成剛坐過又甩了的“屎盆子”上一坐，便開始調兵遣將去撲殺各地的農民軍，以及反清抗清的南明小朝廷和形形色色的反抗勢力。李自成率軍經山西撤到西安，次年初，清軍分兵兩路攻打陝西。李自成再撤退到湖北。四月，李自成被地主團練襲殺。清軍隨之向大西政權進攻。順治三年（1646年）十一月，張獻忠在西充（今屬四川）遭到清兵襲擊，兵敗犧牲。
明末農民起義雖然最終失敗了，但卻產生了重大的曆史意義：起義軍推翻了腐朽的明朝，打擊了地主階級，調整了生產關係，為社會經濟的發展創造了條件。起義軍第一次明確提出“均田”的口號，將農民的平等要求集中到土地問題上，表明農民戰爭進入到了以反對封建土地所有製為鬥爭目標的階段；起義軍提出“公平交易”的口號，反映了工商業者的利益，順應了商品貨幣經濟發展的要求。
然而，多爾袞們像一頭闖進磁器店的野獸，脫不去蠻古不化的野性。他們對大明遺留下來的文明古國，采取燒殺搶掠“圈地”“薙發令”的落後政策，激起了各地各階層人民的激烈反抗。在清初，既有南明福王、魯王、唐王及桂王政權的抗爭，更有廣大人民群眾的不屈不撓的反抗，產生了史可法、黃道周、瞿式耜、李定國等許多民族英雄。隨著清王朝不斷的武力鎮壓和統治政策的調整，到康熙初年，各地起義才基本消失。