盛世才投靠國民黨以後，打算借國民黨的力量來鞏固他的統治，因而對國民黨大小官員都極尊重，殷勤款待，探詢寒暖，無微不至。凡是國民黨中央派來的人，他都分別接見，饋贈金錢和禮物，並且在西大樓舉行宴會，席間還有督辦公署的樂隊奏樂，特別對朱紹良更是殷勤備至。他知道朱紹良喜歡喝酒，經常將庫存的蘇聯白蘭地整箱的托飛機送往蘭州，至於送哈密瓜則更是微不足道了。可是1943年秋，他從重慶歸來以後，態度就大為轉變。
1943年9月5日，盛世才和邱毓芳乘蔣介石派來的“昆侖”號專機，自迪化直飛重慶，出席國民黨全會，行前秘密，很少人知。當時，因為已有杜重遠、梁寒操、王德溥等作了廣泛宣傳，一般人士把盛世才視為雄居邊疆創業而有奇才的英雄豪傑式傳奇人物，都以一睹為快。國民黨中央全會請他作報告，中央訓練團請他作特別演講，各報記者也紛紛訪問他。但是，盛世才卻深居簡出，除與蔣介石長談及赴中央重要的宴會以外，不多談話。這一個多月中，盛世才對國民黨各方麵的情況，作了冷靜的觀察，看到國民黨政治腐敗，工作效率遲緩，因而自信有辦法來對付國民黨。
10月13日，盛世才從重慶返回迪化，國民黨中央迪化分社主任陳萬裏曾訪問盛世才，詢問去重慶的觀感。盛世才答稱：“離中央已十餘年，此次能藉赴會之機與中央各首長見麵，深以為快。”寥寥數語，語焉不詳，不著邊際。
盛世才返回新疆以後，就很少出席“總理紀念周”和省黨部及省機關的集會，深居簡出，甚至不和省黨部書記長黃如今見麵，對國民黨人員也不像以往尊敬熱情，對“通令周知”命令的執行也不及以前徹底熱烈，與省黨部的意見也開始產生矛盾。
省黨部委員張誌智，是國民黨中央政校二期畢業生，曾任福建中央日報社長，是省黨部中的強硬派，是維護中央尊嚴貫徹中央政策的代表性人物。他首先對盛世才這種冷淡態度表示不滿，某次在討論編印《新新疆》雜誌的編輯方針時，盛世才堅持其主張，而張誌智即起立聲稱：“我沒有見過這樣辦雜誌的！”又一次討論發展各縣黨部組織，張誌智主張先派出縣黨部籌備員，直接大量吸收黨員，盛世才則主張“慢慢來”，先由各縣警察局提名，由省黨部審查入黨，至一定數量後再派人籌建縣黨部。張誌智則駁斥這是“警察國家”的做法，“不是吸收黨員而是吸收警察”。盛世才當即嚴肅批評說這是“政治性錯誤”。依靠警察提名黨員，本來是可笑的，但是盛世才一貫以警察控製全疆，產生這樣的想法，也合乎他的思想邏輯。從這一點也反映出，盛世才認為警察比黨員更可靠。因為警察是他自己培植的實力，而黨員是屬於國民黨的。至於所謂“政治性錯誤”，這是從蘇聯學來的政治術語，國民黨人是不容易理解的。
盛世才與國民黨之間距離日遠，矛盾日深，必然引起國民黨人普遍的不滿，由對盛世才的倚重尊敬一變而為埋怨憤怒。黃如今曾是教授，溫穩持重，素不與盛世才正麵衝突，也不表示態度，因而被稱“無能”與“軟弱”。但是，國民黨人懾於盛世才反複無常與手段毒辣，隻能在口頭上發牢騷，卻不敢公開反抗。
盡管盛世才對國民黨開始冷淡，但國民黨並沒有因此影響到本身的工作，他們仍然排除一切困難，繼續開展各種活動。迪化全市直屬區黨分部的小組會經常召開，新生活晚會經常舉行；宣傳活動以各學校為主要對象，諸如舉辦“黨義論文競賽”，“各區黨部代表演講比賽”，“音樂演奏會”，有線廣播電台每日廣播宣傳材料，以及組織各文化會劇團舉行晚會等等。
自從省黨部成立以後，一年多來盛世才再沒有亂捕濫押。迪化人心稍事安定，都以為國民黨入新以後，盛世才再不會像過去那樣殘酷。過去對盛世才虐政不滿而又不敢吐露的人，這時也開始敢於揭露新疆政治的黑暗與所謂“陰謀暴動案”的真相。可是，盛世才從重慶歸來以後，一變其常態；因為盛世才每著手一次小逮捕之前，必須有一段時間不公開露麵，以作出防止“暗殺”的假象，掩人耳目。果然，在盛世才經過一段醞釀之後，就在1944年4月製造了“程東白案”。
盛世才逮捕了教育廳長程東白、《新疆日報》社長宋念慈、副社長郎道衡、市政委員會主任委員王乃中、中運會委員長郭希良、中訓團辦公室主任何耿光等。在嚴刑逼供之下，強迫他們承認接受周恩來的指揮，向蘇聯駐迪化領事館取得支持，和國民黨派來新疆的工作人員組成反盛的團體，企圖推翻盛世才政權，建立共產主義政府。盛世才並不以此為滿足，又在這年6月26日采取斷然手段，搞了一次集體大逮捕。這樣，就為最後逮捕黃如今等和徹底趕走國民黨製造了前提。