與政府職能重心的轉移相適應，政府職能方式、方法上也發生了轉變，這就是從舊體製下的直接管理、微觀管理轉向間接管理、宏觀調控，政企分開，政事分開，將企業的自主經營權還給企業；從運用行政手段為主轉向以經濟手段、法律手段為主，並輔之以行政手段。所謂經濟手段是指政府按照客觀經濟規律的要求，應用價格、財政、稅收、信貸、工資、利潤等經濟杠杆，來組織、調節和影響經濟活動，實現經濟管理的任務。所謂法律手段，是政府通過行政立法和行政司法活動，借助國家強製性的法律、法規來規範管理經濟生活。
政府職能重心和職能方式轉變要通過職能關係調節的途徑來實現，這是實現政府職能轉變的關鍵環節。職能關係是指不同的管理職能該由誰來行事，以及管理主體的職責權限的劃分問題，涉及職責、權限、結構等。結合我國職能轉變的實際，在職能關係調整中，政府與社會的關係、中央與地方的關係、政企關係、政府內部各職能部門的關係是著重要解決好的問題，也是難點問題。其總的要求是：清理職能、調整結構；下放權力，理順關係；微觀放開搞活，宏觀調控服務。
首先，要理順中央和地方、上級與下級的關係。其基本的方向是權力下放。舊體製下權力格局的特征是各種管理權限主要集中在中央、上級，形成頭重腳輕的職能構架。一方麵，地方與下級沒有自主權，其積極性難以發揮，另一方麵，中央集宏觀與微觀管理於一身，不僅陷入繁重的微觀事務而削弱了宏觀調控的職能，也因信息易失真、不及時帶來決策失誤。理順中央和地方、上級和下級職能關係的原則是既要維護中央的權威，保持政令統一，又要充分調動地方的積極性，使之有因地製宜地解決問題的自主權。此外，在政府與社會的權力關係中，要把屬於社會的權力還給社會，國家和政府對社會集中、全麵控製的範圍縮小了，“體製外”的空間增大了，才有助於推進公民社會的發展。
其次，理順政企關係。這是政府職能轉變的核心問題，也是難度最大的問題。建立社會主義市場經濟體製要解決政企分開問題，政府不再管企業，使企業真正成為按市場法則的硬性預算約束，而不是靠外在的政府的軟約束運轉。政企分開的關鍵性前提是政府不再是所有權主體，至少不再是大多數企業的所有權主體，也就是說，國有製的所有製形式在整個經濟中不再為主體，否則所有權虛置的問題不可能從根本上解決。改革國有製形式與公有製為主導並不矛盾。正如十五大報告中指出的，公有製實現形式是多樣的，國家可以通過參股、控股的形式在企業決策中起決定性作用，而不必自己去直接經營企業，去抓生產，搞流通，政企不分的問題才能真正解決，政府也才能專注於自己的本職。因此，深化國有企業改革，培育多種性質的經濟成分，也是政府促進自身職能轉變的重要職責。
再次，理順政府內部各職能部門的關係，合理配置政府職能體係。依據政府職能重心轉變的要求，對職能進行分解與分析，明確各自的職責與分工，克服職能不清、職能交叉、人浮於事、推諉扯皮的弊端。