但是，這起總賠償金額上千萬元的行政訴訟和國家賠償案件，在立案之初就讓法官們感到了棘手。一方麵，賠償金額過大，一旦判決認定侵權事實成立，就意味著國家要拿出上千萬元的巨額資金進行賠償，這讓法官們下不了決心；另一方麵，這起具體行政行為的直接相對人是百勝公司，而提起行政訴訟的卻是財務公司。
在六年的訴訟中鍥而不舍的廣東正翰律師事務所肖才元、石紹純兩位律師對一審法院給予了積極的評價。據肖才元律師介紹，法院最初雖然有些猶豫，但總的指導思想還是認為應當受理。後來，深圳中院決定立案後，大約是出於某種考慮，提出分案受理，即：分為行政訴訟和行政賠償兩個案子，先審理行政訴訟，再審理行政賠償。
後來的事實表明，在目前行政訴訟特別是國家賠償案件的審理困難重重的情況下，這種“各個擊破”的戰術大大減少了該案可能遇到的阻力。肖才元律師告訴記者，行政訴訟過程基本上是順利的，這在很大程度上是因為國土局的具體行政行為確實具有不容置疑的過錯。
或許意識到了這一案件將產生裏程碑式的意義，深圳中院特別要求全市各基層法院和本院相關法庭的法官到庭旁聽、觀摩。這在一定程度上反映，此案的公正審理應當不成問題。
法庭上，國土局認為自己不存在重複辦理房產證和重複抵押登記的行為，理由是：第一次頒發的0080978號房地產證，隻是對百勝公司所擁有的土地使用權的登記，當時地上沒有建築物和其他附著物，並根據百勝公司和農行嘉賓路支行的申請，辦理了抵押登記。第二次是百勝公司在上述地塊興建廠房，建築主體框架完工後，對該建築物的第一、二層進行登記，辦理了0059524號房地產證。此次所登記的僅僅是土地上的建築物，不包括土地使用權，該局後來為百勝公司向財務公司貸款辦理的抵押登記，也是針對不同的標的物，不是重複抵押登記行為。
一位專業人士指出，如果深圳市國土局的理由成立，在百勝公司無法償還農行和財務公司到期貸款的情況下，必然出現這樣的局麵———農行嘉賓路支行可以申請拍賣百勝公司抵押的土地使用權，而財務公司則可以申請拍賣該地塊上的房產；但是，前者隻有土地的使用權，卻沒有土地上的建築物的所有權，這樣的商業用地無疑分文不值。國土局的行為違法由此可見一斑。
1999年5月10日，深圳中院作出一審行政判決，認為被告在百勝公司僅提交“建築許可證”、“建築工程開工許可證”，而未提交“土地使用權屬證明”、“建築竣工驗收證”，其申請不符合法定要件，且未經法定公告程序的情況下，為百勝公司頒發的0059524號房地產證的行為不合法，建立在不合法的具體行政行為基礎上的抵押登記手續亦不合法，且該房地產證所涉及的土地在此之前已經設立了抵押權，屬重複抵押；判決撤銷深圳市國土局頒發的0059524號房地產證，以及百勝公司以此房地產證向財務公司貸款的抵押登記手續。
一審判決後，被告深圳市國土局沒有上訴。已經生效的判決為此後的行政賠償案件鋪平了道路。
最大一宗國家賠償案強製執行
1999年歲末，深圳中院開庭審理財務公司訴深圳市國土局行政賠償一案，由於相關聯的行政訴訟的判決已經生效，因此，行政賠償案件的焦點在於，被告的違法行為與原先的貸款損失之間是否有直接因果關係，如果有，那麼是否負賠償的義務以及賠償的數額多少。
庭審過程證實，國土局除了重複已經敗訴的行政訴訟案中的理由外，無法為其行政行為的合法性找到事實和法律上的依據。但是，國土局仍然堅持認為，導致原告損失的直接原因是百勝公司資不抵債，以及百勝公司因“破產財產不足以支付破產費用”而被法院裁定終結破產程序，使得財務公司的權利無法實現。同時，國土局還提出，百勝公司故意隱瞞財產已被抵押的事實，即使存在重複抵押行為，其責任也應由百勝公司自己承擔。