繼1986年“一號文件”之後，1987年確定了深化農村改革的三項目標。但是杜老依然心存隱憂：“理論上揭示不等於實際上解決問題。中國農業的進一步改革，受製於城市國有經濟改革和政治體製改革。當時我們認識到，中國的農村改革，一切‘便宜’的方法已經用盡，如果不觸動深層結構，就很難再前進一步。正是因此，農村改革一係列一號文件的曆史使命告一段落。至今，中國農村改革並未終結，必須從全局改革中尋找前進道路。”
“現在，我把這個願望移交給諸位。”
曆史的鏡頭拉到了2008年，中共十七屆三中全會作出的《中共中央關於推進農村改革發展若幹重大問題的決定》（以下簡稱《決定》），再次拉開中國農村土地製度改革的大幕：將土地承包製從長期不變改為長久不變，允許農民以多種形式流轉土地承包經營權。很多人看到了此間蘊涵的能量，認為它是解放農村生產力的又一次巨大推動，它的突破性不亞於當年杜潤生主持草擬的“一號文件。”
值得一提的是，杜老看到進入90年代後中國城鄉差距逐漸拉大的事實，多次建議國家增加對農業的財政支持，並給農民完全的國民待遇，賦予農民長期並有法律保障的土地使用權、收益權、轉讓權和處置權，與此相聯係，提倡依照憲法規定，重視保護農民土地財產權利，整頓土地市場，規範國家征地、企業用地，防止來自任何方麵的侵犯。杜老在這方麵的推動和呼籲，為十七屆三中全會通過《決定》起到了積極的作用。
至今，杜老依然念念不忘的是農民，“中國最大的問題是農民問題，農民最大的問題是土地問題。關於農村土地使用權流轉，當前最重要的是培育農地流轉市場。保障農民土地承包權的流轉權益不被基層政府侵害。”杜老一再強調：“土地使用權流轉要有序。”
杜潤生一生桃李滿天下，所帶的學生現在大都已經成為國之棟梁，如王岐山、林毅夫、周其仁等，周其仁曾經這樣評價他的恩師杜潤生：他擁有厚實的農村、農民和多方麵的知識，但一輩子注重調查研究，對新情況、新問題永遠抱有強烈的求知欲望。
一個他關心了20餘年的問題再次盤梗在他心裏：一個是讓農民享有國民待遇，一個是農民要有自己的組織。“全世界農民都有自己的組織——農民協會。中國的工人、婦女、青年也都有自己的協會，農民卻沒有。”杜老一直心有所牽。農民協會以前有，後來取消了，80年代中期，杜潤生曾經向鄧小平同誌建議恢複農民協會。小平同誌說，成立一個農民協會的意見可以考慮，這樣吧，我們看三年，真的需要即可籌辦。結果三年到了，因為其他事情，就顧不得考慮這個問題了。
如今，已然95歲高領的杜老聽力嚴重衰退，世界在他耳畔清寂一片，但思想的汪洋，從未停止奔淌，那股滔滔熱流仍然激越，有力。在《決定》通過不久，他顫巍巍的身影出現在主席台上，高聲講道：“如今，農民已經有了經營土地的自主權，加上市場交易自由，接下來就是政治上的民主權利要跟上。”
這位做了一輩子農民代言人的老人，如今最牽掛的依然是農民的國民待遇與遙遙無期的“農民協會”。90歲生日時，他說：“現在，我把這個願望移交給諸位。”95歲，他的願望依然沒有實現。
（原載《中華兒女》2008年第12期）