在這一段時期，正如杜自己所說：“雖然離開了農村工作，但情不自禁，依舊關懷著農民、農村和農業問題。”他讀了許多書，在對馬克思主義的認識上有了新的飛躍——他認為，一方麵，如果僅靠將農民的土地財產充公去形成“聯合體”，則難以生長主體意識和民主意識，難以擺脫依附與被依附的關係。另一方麵，被依附的隊長、社長也容易變成特殊於群眾利益的權力壟斷者，出現像前蘇聯在社會主義製度下農村所發生的消極現象。因此中國的農村需要另找出路。
杜潤生再次回到農口工作是1979年——“文化大革命”重創在老人的身上，他被開除黨籍，掃地出門，暫住在一個破舊的小房子裏時時接受審查。當陰霾散去，農村工作需要他時，他第一時間站到了工作崗位上，國家新成立了國家農業委員會，杜潤生因為有農村工作經驗，被任命為副主任。
雖然身心都遭受重創，平反後的杜老隻是感慨浪費了十年時間，他隻爭朝夕地工作，爭取為黨多作一份貢獻。曾經遭遇的苦難歲月，從不曾提。
“一號文件”誕生始末
“一號文件”的出台奠定了中國農村土地包產到戶的基礎，杜潤生是這個政策的起草者也是重要的推手。杜潤生的曆史再一次開始濃墨重彩。1980年，剛重返農口工作的杜潤生，開始著手製定新一輪土地製度改革的相關政策。
從大鍋飯到包產到戶，中間阻力重重，雖然杜潤生提出“貧困地區試行包產到戶”的建議得到時任副總理姚依林的同意，雖然小崗村18戶農民的創舉得到鄧小平同誌的讚揚，但在隨後的中央省市區第一書記座談會上，杜潤生起草的“隻要群眾要求就允許包產到戶”的政策建議還是遭到了大多數人的反對。意見嚴重分歧使得會議無法繼續，杜潤生在胡耀邦、萬裏的支持下巧妙地加了如下一段話：集體經濟是我國農業向現代化前進的不可動搖的基礎；但過去人民公社脫離人民的做法必須改革。由此，形成了著名的75號文件。
“75號文件是一份承前啟後的文件。它肯定了包產到戶是一種為群眾樂於接受的責任製，承認群眾自由選擇的權利，不能自上而下用一個模式強迫群眾。”杜老說：“在1982年第一個一號文件出台之前，我們主要做了一件事，就是推進農民自發的創造——包產到戶‘合法化’。”杜潤生組織了17個聯合調查組，分赴15個省調查包產到戶。
一生致力於農村土地政策研究的杜潤生一貫堅持實踐調查為主，即便是到了古稀之年，依然乘著顛簸的吉普車南下北上。
據當年參加起草文件的原江蘇省政協秘書長吳鎔回憶，在起草文件過程中，常常為一字一句，爭得麵紅耳赤，為了解決對“雇工”的討論問題，杜潤生為此專門派紀登奎赴東歐考察。林子力等理論組同誌跑了江蘇等幾個省。
在75號文件的基礎上，杜潤生與其所領導的研究室曆時一年調查討論後，在1982年，在中央的支持下，起草了一錘定音的“一號文件”（即《全國農村工作會議紀要》），正式肯定了土地的家庭承包經營製度，結束了對包產到戶長達20多年的爭論。
“這個文件的核心，是第一次以中央的名義取消了包產到戶的禁區，尊重群眾的選擇，並宣布長期不變。文件的另一要點是尊重群眾的選擇，不同地區，不同條件，允許群眾自由選擇。”杜老回憶說：“這個文件報送給中央，鄧小平看後說‘完全同意’。陳雲看後叫秘書打來電話說，這是個好文件，可以得到幹部和群眾的擁護。”
此後五年，每年的中央“一號文件”都是談農業問題。杜潤生年初布置調查題目，秋季總結、醞釀、探討，冬天起草，次年年初發出。杜潤生提出的包產到戶政策得到了有力落實。
在1982年至1986年五個中央“一號文件”中陸續提出“農林牧副漁全麵發展，農工商綜合經營”的方針，改革統購統銷製度，發展兼業農，興辦鄉鎮企業，吸收農村閑置勞力一億多人農外就業，形成我國一項民營經濟新增量，促進自給農業向商品農業轉化，以養育更多人口去發展工業、服務業，並向工業社會過渡的相關政策方針等。有人稱杜潤生為黨內的改革派，有人稱他為經濟學家。但他一直在強調，自己的思想從來是在農民的自發行為、地方的選擇和曆史經驗的教育下逐步形成和變化的，絕非先知先覺的“一貫正確”。