邵維正沒有就此躺在已有的功勞簿上怡然自得，又開始了新的探索，相繼提出了一係列重要理論觀點，出版和發表了大量有關黨史研究的文章和專著。
建黨70周年前夕，邵維正撰寫了30餘萬字的《中國共產黨創建史》。此書全麵分析了中國共產黨創建的曆史背景和社會基礎，詳實闡釋了我們黨創立的艱難曆程、重大意義和深遠影響，成為認識中國共產黨揚帆啟航那段珍貴曆史的可靠依據，被中共中央黨史研究室指定為黨史研究必讀書目。
江澤民同誌提出“三個代表”重要思想之後，邵維正又開始研究“三個代表”的時代背景和重大意義，敏銳地意識到這一重要思想是我們黨對馬克思主義理論認識的新覺醒。為此，他通宵達旦，廢寢忘食，係統研讀了有關文件、書籍，做了大量的讀書筆記，把“三個代表”重要思想與馬克思、恩格斯、列寧、毛澤東和鄧小平關於世界觀、曆史觀、認識論等理論融會貫通，在《人民日報》、《解放軍報》等刊物上發表10多篇重要文章，探討了“近現代中國兩個80年的比較”、“三代領導核心的理論貢獻”等新課題，為學習研究“三個代表”重要思想提供了重要的理論參考。他在《近現代中國兩個80年比較研究》一文中創造性地以中國共產黨的創建為中心、把前後兩個80年的不同境遇、不同曆史命運進行對比，得出堅持中國共產黨的領導是中國曆史發展必然的重要結論，說理生動，讀來令人信服。“兩個80年”的觀點，被吸收到江澤民在紀念建黨80周年大會的重要講話裏。
建黨90周年時，邵維正領銜主編了近80萬字的《中國共產黨90年創新實錄》，以黨史為主線，緊緊圍繞革命、改造和建設三大主題，全景式展現了中國共產黨90年的創新曆程，首次係統梳理出中國共產黨“首創農村革命根據地”、“首次建立抗日民族統一戰線”等26個方麵的創新。
近年來，邵維正的身體狀況總是出現問題，特別是又做了心髒“搭橋”手術。同事們都勸他，歲月不饒人，以後院外的活動，能推就推吧，別硬撐著，身體更要緊。但他卻微笑著說：“我隻有站在講台上才能體味到人生的快樂，隻要講起課來我就能忘卻身體的病痛。”
2011年4月，75歲高齡的邵維正退休了。他把掛著將星的軍裝收進衣櫥，穿著便裝繼續查檔案、搞研究、作報告、帶學生，忠誠地堅守在黨的理論陣地上。
感言：
政治上的堅定來源於理論上的清醒。邵維正以對黨的無限忠誠，矢誌耕耘在黨的理論戰線，潛心研究黨的曆史，真情傳播黨的理論，高擎真理的火炬，釋放真理的光芒。他堅定的信仰，執著的追求，是我們每個共產黨員、革命軍人學習的一麵旗幟。