2.以強化農民權益保護、降低農民進城“門檻”為主線，加快土地征用製度和城鎮房地產製度的改革
土地征用製度改革的方向應該是：通過下列幾個方麵的改革，協調解決土地征用過程中土地增值收益在國家、農民和企業之間的科學分配問題，保護失地農民的合法權益，並維護社會的長期穩定。
第一，要嚴格區分公益性用地和經營性用地，按照略低於市價的原則顯著提高公益性用地的補償標準，讓市場機製成為經營性用地價格形成的基本依據；並逐步引入征地過程中利益相關者的聽證製度，確保被征地農民獲得的土地占用補償費能夠覆蓋其失業保障、基本養老保障、醫療保障和最低生活保障費用；確保被征地農民的正常收益不但不會減少，還會略有增加。
第二，要麵向經營性用地審批征用的全過程，強化社會監督和利益相關者的監督機製建設，提高土地征用市場的公開性和透明性。
第三，要完善土地占用審批管理製度，徹底摒棄土地占用審批權與土地占用費收益掛鉤的做法，從根本上打破批地越多，相關部門和地方收益就越多的怪圈。
第四，可在不同規模、不同類型的城市，開展農村土地直接進入城市土地一級市場的試點工作。
此外，可主要依靠政府投資或稅收優惠、企業公開競標等方式，加快城鎮廉租房建設，解決城市低收入群體和進城打工農民有房可住的問題。
3.以維護農民工權益為中心，加強對城鄉勞動力市場建設的支持和監管，加快城鄉勞動力市場的一體化進程
“十一五”期間，隨著農民進城“門檻”的降低和國有企業改革攻堅步伐的加快，城鄉就業競爭將有加劇之勢。因此，以農民工權益保護為重點，加強城鄉勞動力市場秩序建設和相關監管，是政府義不容辭的職責。要鼓勵地方政府積極開展城鄉勞動力平等就業的試點工作，引導和支持服務於勞動力市場的各類中介服務機構健康發展，支持農民工組織起來維護自身合法權益，盡快形成“城鄉通開，企業自主用人，勞動者自由擇業，中介機構優化服務，政府改善市場監管、維權和支持農民培訓”的勞動力市場體係。
4.進一步鞏固農村稅費改革和農村土地製度創新的成果，全麵深化糧食流通體製和農村金融體製改革
“十一五”期間，一方麵，要積極貫徹現有的深化農村稅費改革的思路，進一步鼓勵和支持有條件的省市加快取消農業稅的進程；另一方麵，要把完善相關配套改革，如加快清理鄉鎮負債、推進鄉鎮機構改革、加快建立比較完善的縣市公共財政體製等，作為鞏固農村稅費改革的重點。
在“十一五”期間，完善農村土地製度的重點應該是穩定現行政策和現有土地承包關係，依法保護農民對土地承包經營的各項權利，在自願、有序和合法的基礎上，促進農村土地有效流轉機製的形成，堅決打擊各種變相侵犯農民土地承包經營權益的行為。
當前，進一步深化糧食流通體製改革的條件已經全麵成熟，“十一五”期間，深化國有糧食流通企業改革應該取得突破性的進展，應該在放鬆市場準入限製的基礎上，基本形成糧食購銷市場多元主體平等競爭的格局，形成全國統一、開放、競爭、有序的糧食市場體係的框架。中央儲備糧的經營管理也應該打破壟斷，引入競爭機製，適度引入規範化的政府采購公共服務的方式。
在深化農村金融改革方麵，應通過立法途徑調整縣域農村金融的市場準入條件，督促商業銀行將其吸納存款的一定比例通過貸款方式支持農村發展；在適度放鬆民間金融市場準入的同時，加快建立農村金融的市場退出製度，謹慎積極地支持民間金融，特別是非正規金融的發展，加快郵政儲蓄製度的改革，逐步完善多種金融機構分工協作和平等競爭、充滿活力的農村金融體係，基本形成農村金融與農村發展良性互動的局麵。要通過深化農村金融改革，使農業發展銀行轉變為能夠整合大多數農村政策性金融業務的政策性銀行；繼續完善農戶小額信用貸款和聯保貸款製度，擴大其覆蓋麵和農戶受益麵；加快農村利率市場化進程；按照國務院2003年15號文件的精神，全麵深化農村信用社改革，也鼓勵地方政府和農村信用社因地製宜地探索其他改革形式。要把促進農村保險業的發展和農產品期貨市場的發展，作為深化農村金融改革的重要內容。
此外，加快財政體製、鄉鎮體製的改革，積極推進省管縣財政體製、取消鄉鎮財政，也是非常必要的。(二)按照“多予、少取、放活、協調”的原則，加大投入、整合資源、突出重點，促進農業和農村支持政策的體係化建設1.按照“多予、少取、放活、協調”的原則，進一步加大財政支農的力度，促進財政支農政策的體係化建設
鑒於當前“三農”問題成為國民經濟和社會發展中最為突出的薄弱環節，在工農差距、城鄉差距不斷擴大的背景下，應該按照“多予、少取、放活、協調”的原則，把增加對農業和農村的投入，實現財政支持向農業和農村傾斜，向中西部地區和糧食主產區傾斜，向支持農業產業化和農村教育、公共衛生等社會發展傾斜，向支持農業科技、農民培訓及農民進入市場的組織化程度傾斜，作為調整國民收入分配結構的重要方向，逐步建立財政支農資金穩定增長的內在機製。支持農業的目標，應該由單純追求高產進一步轉向同時滿足優質、高效、高產、生態和安全。通過調整國民收入分配格局，逐步帶動城鄉協調發展機製的形成。最近幾年陸續出台的“三補”政策“十一五”期間應該逐步認真落實，即增加補貼總量、擴大補貼範圍，改進補貼方式，並實現補貼向糧食主產區、種糧大戶等重點對象的適度集中。
在“十一五”時期，要主要依靠增量調整帶動存量調整，確保中央和省級政府的財政支農資金在財政支出中的比重，穩步提高大約3個百分點。要適應完善社會主義市場經濟體製的要求、確立公共財政體製的方向，遵循現代經濟社會發展的規律，重新調整財政支農(農業和農村)資金的分類，減少重複和交叉。借此，一方麵，逐步理順財政支農資金的管理體製，優化其運行機製；另一方麵，更好地為宏觀決策提供依據。“十一五”期間，應該逐步形成支持有重點、地區有差別、協調為主線的財政支農政策體係。