第二階段：1896年7月，梁啟超在上海與汪康年、黃遵憲等創辦《時務報》並擔任主筆。這年8月譚嗣同結束了北遊訪學，抵達南京候補，於是集中主要精力從事《仁學》一書的寫作。從這時起到1897年是譚梁交誼的第二階段。譚嗣同在撰寫《仁學》的過程中，“間月至上海”，與梁過從甚密，《仁學》每成一篇，“輒相商榷”，梁啟超在《仁學序》中說他們當時“每共居，則促膝對坐一榻中，往複上下，究天人之奧，或徹數日廢寢食，論不休。每十日不相見，同論事論學之書盈一篋”。
第三階段：共同參與湖南維新是譚梁交誼的第三階段。1897年10月，梁啟超應邀到湖南擔任時務學堂中文總教習。譚嗣同受熊希齡之托為爭取梁庭超赴湘作過努力。l898年2月中旬，譚嗣同也返回湖南，協助巡撫陳寶箴推行新政。梁啟超邀他和他的“二十年刎頸交”唐才常擔任時務學堂分教習。他們還共同發起南學會，創辦《湘報》，大力推進湖南維新運動。在時務學堂的教學中，他們共同舉起兩麵旗幟，“一是陸王派的修養論；一是借《公羊》、《孟子》發揮民權的政治論”（丁文江、趙豐田：《梁啟超年譜編》）。
第四階段：1898年春，梁啟超因患大病離湘赴滬就醫，痊愈後入京會試，協助康有為開保國會。百日維新期問，梁啟超和譚嗣同同被侍讀學士徐致靜所舉薦。梁奉詔以六品銜辦理譯書局事務，譚則以四品卿銜軍機章京參與新政。從8月21日譚嗣同進京到9月23日梁啟超出逃，這極不尋常的一個多月，是譚梁交誼的最後階段。梁啟超出逃日本的第二天，譚嗣同因袁世凱告密而被捕，幾天後，9月28日便與康廣仁、劉光第、林旭、楊深秀、楊銳一起殉難於北京宣武門外菜市口，史稱“戊戌六君子”。
梁啟超逃到日本不久，即在橫濱創辦《清議報》，以倡民權、衍哲理、明朝局、厲國恥為宗旨，是繼《時務報》之後影響深遠的維新報刊。
梁啟超在該報的創刊號上，就開始連載《戊戌政變記》，他以感情激越的文字記述和頌揚包括譚嗣同在內的維新派的活動，辟專篇介紹“湖南廣東情形”，稱湖南紳士譚嗣同、熊希齡等“專以提倡實學，喚起士論，完成地方自治政體為主義”。在這部影響深遠的著作中，梁啟超為戊戌六君子立傳，歌頌他們維新救亡舍身救國的精神，其中的《譚嗣同傳》更為人們所廣泛傳誦。該傳以五千餘字的篇幅全麵向世人介紹了譚嗣同的生平事跡、成長道路、思想變遷、主要著述、維新事跡及其奮鬥與獻身精神，成為後人研究譚嗣同的必讀文獻資料。也就是在《清議報》上，譚嗣同“衝決網羅”思想的代表著作《仁學》開始與世人見麵。《仁學》是譚嗣同一生最重要的著作，它以平等思想為武器批判君主專製，批判綱常倫理，宣傳反滿革命思想，梁啟超在《譚嗣同傳》稱“其學術宗旨，大端見於《仁學》一書”。譚嗣同生前隻刻印過《東海蹇冥氏三十以前舊學四種》和《興算學議》等著作，《仁學》寫成後僅示一二同誌，如唐才常、吳雁舟、宋恕等，影響極其有限；作者自署“華相眾生”，“亦題曰台灣人所著書”，人們也難知其為何許人也，以至於“烈士之烈，人人知之，烈士之學，則罕有知之者”。梁啟超從《清議報》第二冊起以連載的形式將其公開發表。梁啟超在《校刻瀏陽譚氏仁學序》中稱：“此中國為國流血第一烈士亡友瀏陽譚君之遺著也。”在《清議報》發行一百冊之時，梁啟超在長篇“祝辭”中，進一步指出：“其內容之重要者，則有譚瀏陽之《仁學》，以宗教之魂，哲學之髓，發揮公理，出乎天天，入乎人人，衝重重之網羅，造劫劫之慧果，其思想為吾人之所不能達，其言論為吾人所不敢言，實禹域未有之書，亦眾生無價之寶。此編之出現於世界，蓋本報為首焉。”在《清議報》每冊的卷末《詩文辭隨錄》中，“類皆以詩界革命之神魂，為斯道別辟新土”，梁啟超將譚嗣同的詩作三十多首分別在這一欄目中發表出來，擴大了譚氏的影響。
梁啟超對譚嗣同思想的弘揚不僅限於戊戌政變後的幾年，而且終其一生都堅持不渝。1920年，梁啟超在其名著《清代學術概論》中，專辟一節介紹譚嗣同的學術思想。他將譚嗣同衝決網羅的精神與牛頓提倡“打破偶像”的主張相提並論，認為“《仁學》欲將科學、哲學、宗教冶為一爐，而更使適於人生之用，真可謂極大膽、極遼遠之一種計劃”，“其駁雜幼稚之論甚多，固無庸諱，其盡脫舊思想之束縛，戛戛獨造，則前清一代，未有其比也”。
梁啟超對維新運動期間湖南推行的新政極盡褒揚之能事，他說：
時陳公寶箴為湖南巡撫，其子三立輔之，慨然以湖南開化為己任。丁酉六月，黃君遵憲適拜湖南按察使之命；八月，徐君仁鑄又來督湘學。湖南紳士某某等踔厲奮發，提倡桑梓，誌士漸集於湘楚。陳公父子與前任學政江君標，乃謀大集豪傑於湖南，並力經營，為諸省之倡。於是聘餘及某某等為學堂教習，召某某歸練兵。而君（指譚嗣同，下同）亦為陳公所敦促，即棄官歸，安置眷屬於其瀏陽之鄉，而獨留長沙，與群誌士辦新政。於是湖南倡辦之事，若內河小輪船也，商辦礦務也，湘粵鐵路也，時務學堂也，武備學堂也，保衛局也，南學會也，皆君所倡論擘畫者，而以南學會最為盛業。設會之意，將合南部諸省誌士，聯為一氣，相與講愛國之理，求救亡之法，而先從湖南一省辦起，蓋實兼學會與地方議會之規模焉。地方有事，公議而行，此議會之意也；每七天大集眾而講學，演說萬國大勢及政學原理，此學會之意也。於是君實為學長，任演說之事。每會集者千數百人，君慷慨論天下事，聞者無不感動。故湖南全省風氣大開，君之功居多。（梁啟超：《戊戌政變記·殉難六烈士傳》）
三、梁啟超對蔡鍔政治思想變化的影響
蔡鍔以領導雲南起義和護國運動而聞名於世，是中國近代史上帶有傳奇色彩的人物。然而，他作為梁啟超的學生，一生的思想受梁啟超的影響甚深，在政治上與梁啟超保持著千絲萬縷的聯係和相當廣泛的合作關係。從蔡鍔與梁啟超的關係來考察，可理清蔡鍔政治思想演變的曆程。
蔡鍔在1897年冬進入時務學堂頭班學習，與梁啟超建立了牢不可破的師生情誼和政治聯係。梁啟超任中文總教習，力主維新變法，以開通天下風氣為己任，試圖將時務學堂辦成為變法服務的速成政治學堂。據丁文江、趙豐田《梁啟超年譜編》，為了實現其政治理想，梁啟超“以《公羊》、《孟子》教”學生，宣講康有為的孔子改製之說和大同三世說，鼓吹維新變法，這對年輕的蔡鍔思想觸動甚大。而且，梁啟超等人采用教師批改學生劄記的教學方式，使學生思想為之一新。梁啟超自言：“時吾儕方醉心民權革命論，日夕以此相鼓吹，劄記及批語中蓋屢宣其微言”，學生“日日讀吾體裁怪特之報章，精神幾與之俱化”，“他們像得了一種新信仰，不獨自己受用，而且努力向外宣傳”。蔡鍔也正是在梁啟超的思想熏陶下不斷成長的。他“每月月考，皆居前列。英氣蓬勃，同學皆敬慕之。”亦深得梁啟超的賞識。蔡鍔由於從小飽讀四書五經，試圖走科舉取士的道路，因而帶有某些守舊傾向，但在梁啟超的幫助下，開始了他人生道路上具有真正意義的轉變，即從守舊意識向變法維新思想的轉變。蔡鍔開始鼓吹仿效西法，指出：“西法何？議院之製也。議院之製何？萬心之推也。”“混天下為一心，庶無虞格之矣。”