二十四日公布皇帝親試結果，24人罰停會試；14人文理不通，革去舉人；隻汪溥勳等74人準許參加會試。此案的審理一直延續到十月。
十一月二十八日順治帝在刑部奏折上諭批：方猶、錢開宗俱著即正法，妻子家產，籍沒入官。葉楚槐等18名同考官處絞刑，妻子家奴，籍沒入官。方章铖、吳兆騫等8名考生，俱著責40板，家產籍沒入官，父母妻子流徙寧古塔（今黑龍江省寧安縣）。
在這場科場獄案中，發生了吳兆騫交白卷一案。
吳兆騫為江南名士，號漢槎，江蘇吳江人。平日，大家都認為他的文章“驚才絕絕”，而這次皇帝親試，他卻交了一張白卷。於是眾議嘩然，有人說他是驚魂未定，所以提筆忘字；也有人說他是恃才傲物，故意賣弄。
其實，是吳兆騫看到當時如同刑場的景象，感慨萬端，把筆一扔，說：“焉有吳兆騫而以一舉人行賄的嗎？”這樣一來，觸怒了順治帝，在順治十五年八月，被發配到寧古塔充軍。臨行時，京中好友顧貞觀、徐乾學、吳梅村等人都來給他送行。吳梅村還作了一首長詩《悲歌贈吳季子》送他上路。這一去就是20多年，吳兆騫寫了許多悲憤慷慨的詩歌和感人淚下的書信，後來編成了《歸來草堂尺牘》和《秋笳集》。
在順治嚴懲科場舞弊案後，考場風氣有所好轉。但到了鹹豐八年（1858）戊午科順天府鄉試，發生了一起轟動朝野的科場案。
這件科場案是由順天府監考官員內哄引起的。謠言說貢院中出現了不祥的大頭鬼，鬧得人心惶惶。發榜以後，有人告發，在中試前十名中，有位旗下大爺平齡，因為喜好唱戲，曾經登台演出，所以“京師議論嘩然，謂優伶亦得中高魁矣。”因而禦史孟傳金上疏彈劾。這樣，事情就愈鬧愈大了。
順天府鄉試的考場設在京師的貢院。主考官是軍機大臣、內閣大學士柏，副考官為戶部尚書朱鳳標、左都禦史程庭桂等。
鹹豐皇帝於是派怡親王載坦、鄭親王端華、吏部尚書陳孚恩等查辦這件案子。凡有牽連的考官先都解職聽候查辦。
這些查辦大員們“與柏不相能，欲藉此事興大獄以樹威”。陳孚恩先找到監考的副都禦史程庭桂，拐彎抹角地提到科場的情況。程庭桂是個老實人，以為陳孚恩是無意中提到開後門遞條子的事，就老實說，這也不足為怪，光他收到的條子就不下100條。於是陳孚恩借去查看，將條子全都拿走。陳孚恩查的結果，發現程庭桂的次子程秀，陳孚恩自己的兒子陳景顏也都牽連在內。陳孚恩有後台，掩飾過去，而其他人等“因此案情節甚多，非革職逮問，不能徹究。”於是，柏和朱鳳標、程庭桂都被革職下獄。柏的門丁靳祥也被追捕歸案，死在獄中。
實際上，這件事柏本人並不大知情，也沒有納賄的實跡，“若僅失察之罪，不過褫職而止”。問題在於柏自登樞府，就與肅順一黨不和，因而此案中夾有私仇。雖然鹹豐皇帝也覺得柏老成宿望，有矜全之意。但肅順等力言“取士大典，關係至重，亟宜執法，以懲積習。”
這樣一來，鹹豐皇帝雖然心猶不忍，也沒有辦法。
鹹豐九年二月下諭：“情雖可原，法難寬宥，言念及此，不禁垂淚！”於是，柏和同考官浦安，中試舉人平齡、羅鴻澤，主事李鶴齡，程庭桂的長子程炳采等共7人，被綁到菜市口，準備開刀問斬。程庭桂發往軍台效力，朱鳳標革職，其餘受株連而褫、革、降、調的有數十人。
清代的慣例，凡是一品大員臨決之日，多加赦免，改斬為戍，因而柏也自以為到時候皇上一定會刀下留人，赦免死罪的，他打點行裝，準備聖諭一到，就起解登程。忽然看到刑部尚書趙光捧諭哭至，方知不免一死，歎息說：
“是必肅順弄權，吾其體乎！”程炳采也大哭說：“我為陳孚恩所紿，代弟到案，以至於此，陳孚恩諂媚權奸，吾在冥間當觀其結局也。”
清代因科舉案殺軍機大臣兼大學士，這還是開國以來第一次。所以當市人看到年邁花甲的柏中堂，望闕謝恩，引頸就戮的神情，也不禁為之流下了同情的淚水。
和尚道士自由出入天安門
清朝皇帝不但與西方傳教士交往過密，對佛僧和道士交往也一樣，甚至將他們延入皇宮禁地。其中順治皇帝對佛僧交往尤多。
順治皇帝結識的第一個高僧是憨璞聰（1610-1666）。憨璞聰名性聰，福建延平人，俗姓連，18歲削發，順治十三年（1656）五月，被京師城南海會寺請來做了住持。他善於攀附權貴，很快就使原來頹敝不堪的寺院刷新了麵目，以至於“禪眾川趨，宗風大振”。