九月十一日，至兔爾山河地方。十二日抵永平府，知府、副將率文武官員出迎，順治賜給他們食物，並對他們說：你們要安心，要愛護所屬軍民，使他們各得其所，又須嚴察你們的屬下，發現逃人，即行捕獲押解京師，窩逃者要置之重刑。同時，把嚴緝逃人的諭旨傳諭到山海關內外。
十三日，至王家店。十四日至豐潤縣，知縣率文武百官及士民出迎，順治帝又把緝捕逃人的諭旨強調一遍。
十五日駐梁家店。十六日駐薊州。十七日駐三河縣。十八日抵達通州。
在這裏，攝政王多爾袞早已率諸王貝勒貝子公及文武百官跪道迎候，並布置了行殿。
順治帝通過百官夾道歡迎的隊伍，登上行殿。在整齊的儀仗和莊嚴的禮樂伴奏下對天行三拜九叩頭禮，然後升禦座。
多爾袞等率諸王百官先至皇太後前行三拜九叩頭禮，然後向順治帝行三拜九叩頭禮，又與濟爾哈朗等護駕諸王行抱見禮。大家在明朝的土地上相見，自然是一番感慨和歡欣。
九月十九日下午，東來的車駕經過一番修整後，顯得格外整齊和精神抖擻。
順治帝在諸王貝勒及文武百官的簇擁下從正陽門進了北京城。
十月一日，清廷再舉登極大典，順治帝親詣南郊，祭告天地，然後在群臣的三呼萬歲中再次宣告即位。
1645年五月，清廷重建太和殿、中和殿。同時建成乾清宮。
1651年，清廷重修天安門竣工，順治皇帝改承天門為天安門。
從此，天安門進入了一個新的曆史時期。
從此，北京繼元、明兩朝之後，又一次成為我國統一的多民族國家的政治中心。
順治嚴懲科場案，天安門內交白卷
滿清統治者入主中原之後，為了籠絡人心，網羅知識分子，從順治三年丙戌開科取士，幾乎連年考試。但是，大大小小的科場案，也就隨之接踵而來。到了順治十四年發生了丁酉科場案。此案牽連之廣，影響之大，在清代200多年的曆史中，也是罕見的。
首先案發的是北闈（即順天府）科場案。考試官李振鄴、張我樸等公開貪贓受賄，京官三品以上的子弟無一不取，但也有人花了銀子沒有考上，於是投狀叫冤。
順治皇帝於十月二十七日下旨：“李振鄴、張我樸、蔡元禧、陸貽吉、項紹芬，舉人田耜、鄔作霖俱著立斬，家產籍沒，父母兄弟妻子俱徙尚陽堡。”
十一月十一日順治又諭禮部：“今順天鄉試，發榜之後，物議沸騰，同考官李振鄴等，中試舉人田耜等，賄賂關節，已經審實正法。其餘中試各卷，豈皆文理平通，盡無情弊？爾部即將順天鄉試中試舉人，速傳來京，候朕親行複試，不許遲延規避。”為了防止舞弊的發生，並檢查考生的實際水平，這次複試的時間和題目，全部由順治皇帝欽定。
順治十五年正月十七日，在太和門複試，士子們在八旗親兵的押送下進入考場，由順治皇帝親試。
二十五日宣布結果，革去蘇洪浚等8人的舉人，米漢雯等182名仍準會試。四月二十三日，順治皇帝在太和門親審其餘各犯，把應處死的25人痛加申斥以後，“俱從寬免死，各責四十大板，流徙尚陽堡。”
順治還特意強調：“自今以後，凡考官士子，須當恪遵功令，痛改積習，持廉秉公……如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”
僅僅過了半年，順治十四年十一月十四日，給事中陰應節參奏：“江南主考方猶等弊竇多端……物議沸騰。”由於順治帝處置“北闈”鄉試科場案的怒氣未消，聽到這個消息，更是火上加油，怒不可遏。立即下令：“方猶等經朕麵諭，尚敢如此，殊屬可惡，方猶、錢開宗並同考試官，俱著革職。”
順治下令派總督郎廷佐清查此案。
丁酉科江南鄉試，正主考是翰林院侍講方猶，副主考是翰林院檢討錢開宗。放榜以後，雖然得中的多是江南名士，但是中試的舉子，不少是賄賂考官而中的。這引起許多考生，特別是落第考生的不滿。
落第的士子們群集在貢院門前，有人還貼了一副對子：“孔方主試副錢神（指考官方猶和錢開宗），題義先分富與貧。”並且將門上“貢院”兩個大字的“貢”字中間加了一個“四”字。改成“？”字；“院”字用紙貼去“阝”旁，變成“完”字，“貢院”就變成了“賣完”。當時，江寧書坊城還刻了一部傳奇，叫《萬金記》，以“方”字去一點為“萬”，“錢”字去旁邊為“金”，指的就是兩位主考官。長洲尤西堂侗又作了一部傳奇名《鈞天樂》，也是講考試行賄買通關節之事。《鈞天樂》這本書一直流傳到京師，鬧得滿城風雨。
順治十五年二月庚戌，順治在中南海瀛台，親試該科江南中試的正副榜舉子。同上次親試情勢一樣，每個舉人都身帶刑具，由護軍營的軍校持刀監視，戒備森嚴。這次是吳珂鳴文列第一，當了解元。他的文章寫得確實不錯，其中“不為朝廷不甚愛惜之官，亦不受鄉黨無足輕重之譽”句，一時為世人所傳誦，都說他有宰相風度。據《池北偶談》雲，順治帝對吳珂鳴大加讚賞，特賜他進士及第。