所以，在這次談判中，英國人很少遇到困難和障礙。雙方商定：除了鴉片、茶和絲之外，其他商品進出口稅一律建立在值百抽五的從價基礎之上。至於鴉片，清朝政府談判代表承認了進口合法化的必要性，而且開玩笑地提出60兩白銀一箱，接著降到40兩白銀一箱，最後又改為每擔30兩銀子的稅率。茶葉仍保留舊稅則的稅，即每擔二兩五錢銀子，雖超過值百抽五，達到當時價值的15%！20%，但也不過每磅1便士，遠遠低於英國稅率，所以未變動。絲的舊關稅率為每擔10兩銀子，更遠在值百抽五之下，英國人絕對不讚成提高它的稅率。而凡是被認做是外國僑民消費品的商品，全都免稅，如外國紙煙、酒、香水、肥皂、麵粉、黃油、幹酪等都在此列。軍火、鹽、糧食、銅錢等絕對禁止貿易和出口。此外，還確定了秤碼丈尺，取消了銀兩傾熔費，規定北京不在外商活動範圍之內和外國進口貨、輸出外國的中國產品的內地稅抵代辦法。海關手續和征收的劃一製度將在所有的通商口岸實施。
還是在所謂的談判仍然進行之中時，英國全權大使額爾金為了調查巡視長江各口岸的實際情況提出要求乘兵艦去漢口。桂良等人以為這是一個機會，便請以暫緩公使駐京作為交換條件。他們照會額爾金說，《天津條約》雖然被稱做和平友好條約，但是卻為英國人恃兵威要挾而成。其中在公使駐京問題上，給予英國以選擇權，或者是留下一位代表常駐北京，或者是派遣一人隨時往來。因為清朝政府官員和滿洲貴族多不懂洋務，勢必會隨時都有發生衝突和誤解的可能。他們請求英國本著公正的原則，慷慨地放棄一項對中國大為不利的權利。桂良等人補充寫道：該條款隻出現在中英《天津條約》之中，而他們隻要求對該條款中的兩個“或”字作不拘泥於字義的解釋。同時保證，條約中的全部條款，一旦有任何一項受到破壞，當即聽由英國使節長期駐紮京師。
對於桂良等人在照會中提出的問題，額爾金認為這是在條約簽字的墨跡還沒有完全幹透的時候，清政府就想推翻條約的一個企圖，因此答複道：他隻有保持在天津所商定條約的完整性而別無選擇。桂良等人一口否認有任何推翻條約的意思，表示條約是會被忠實執行的。他們不過是要求額爾金向英國政府建議，請允許放棄選擇使節常駐北京的辦法。因為英國公使常駐北京，對於中國來說，害處很多，可能會使清政府在中國人民的心目中喪失威望；對於英國來說，也有許多不方便的地方，很難實現。所以希望通過雙方協商來解決，將來辦理各國事務改由上海商辦，通過欽派人員，有事可隨時代為陳請，往返迅速，比由北京發出更加便捷。至於第二年的互換《天津條約》，也沒有必要跑到北京那麼遠的地方去。
額爾金此時急於實現自己的沿長江而上之行，看一看將來對英國開放的究竟是怎樣的通商口岸，該選擇哪三個港口。所以，這次他表現得不像往常那樣嚴厲、粗暴，毫無商量餘地。經過一番思考之後，在給桂良等人的一封信中，他既強調堅持所有條約權利的全部字句，又許下了一個諾言：答應把桂良等人提出的建議轉告給英國政府，並保證至少在開始的時候要運用自己的影響使前往北京換約的英國官員安頓在上海或其他地方，同時還以個人的名義向英國政府提議：“如果在來年換約的時候，女王陛下的大使能在北京受適當的接待，並在所有其他的細節上，天津所議定的條約都能獲得全部實施，那麼就訓令女王陛下的駐中國代表在北京以外的其他地方選擇一駐紮地點，或按期訪問京師，或僅視公務上的需要隨時前往，這確乎是允當的。”額爾金的提議受到英國政府的批準。
對於額爾金的這番舉動，桂良等人受寵若驚，真是做夢也沒有想到。他們不僅完全相信額爾金所謂的承諾，而且作為特別酬謝，同意這位英國全權大使可以獲得沿長江而上，遊曆漢口的種種便利，並且還特意配備了一個中國官員伴隨遊曆，以便向沿岸各地方官府直接聯絡。在形式上舉行了三天談判，將一切談妥後，11月8日，英國全權大使額爾金簽署中英《通商章程善後條約》，作為《天津條約》的一部分。同一天，他便乘坐“狂怒號”巡洋艦，在“報應號”“驅逐號”“迎風號”“鴿號”等艦艇的護航下，離開了上海。12月6日在沒有航行圖的情況下，順利到達漢口。1859年1月1日，額爾金考察長江各口岸後返回上海。作為他這次航行的結果，鎮江、九江、漢口三城被選定為長江對外開放的通商口岸。鎮江立即開放，九江、漢口則要等到將太平天國起義軍鎮壓下去以後再開放。
額爾金返回上海以後，並沒有重溫他所許下的諾言。僅參加了在2月8日從廣州發動的一次軍事遠征，然後，他就於3月4日離開了香港，踏上了回國的航程。法國全權大使葛羅在4月8日離開澳門。而美國公使列衛廉早在1858年12月8日就離開了上海。至此迫使清政府簽訂《天津條約》的英、法、俄、美等國使節先後離華回國。
隨著春季的消逝，夏季的到來，守候在上海的清朝政府官員開始緊張起來，鹹豐皇帝反複命令他的大臣們一定要在上海等待英、法、美等國使節的到來，一切問題都在上海解決，不能再鬧到北京來了。桂良等人雖然得到了鹹豐皇帝阻止英國等國使節入京換約的諭旨，但是卻無法與英國使節交涉。額爾金一去不回頭使剛剛有了一點兒眉目的關於公使駐節北京以外地區的交涉不能繼續進行。俗話說孤掌難鳴，桂良等人就是等不來談判對手。他們哪裏知道自己已經中了人家的圈套，上了額爾金的當，受了額爾金的騙。鹹豐皇帝心裏一天比一天急，大臣們為了應付他常常湊在一起憋足勁兒想詞兒，甚至還從報紙上尋找英國使節的行蹤。可是外國使節真沉得住氣，就是不到上海來。桂良等人縱有千言萬語也沒有地方去講。隻是北京――上海間的諭旨、奏折陡然增加了不少，一邊是鹹豐皇帝命令千萬不要讓外國人到北京去，就在上海換約，一邊是壓根兒就沒有見到外國人的大臣們反反複複地說著那麼幾句話，向鹹豐皇帝表示著根本沒有把握是否能夠實現的決心。
在鹹豐皇帝看來，與列強簽訂《天津條約》，是非常時期所不得不采取的退兵之計，對於簽約及履行條約的義務和規定等都沒有認真細致地考慮過。可他對外國公使駐京和外國商人能夠在中國內地直接經商等條約規定極為痛恨，感到條約本身極大地損害了龍尊，所以竭力加以挽救，一心予以廢除。他雖然躲在紫禁城裏，沒見過洋人的麵，但是去年夏天英、法、俄、美四國使節及英法軍隊的那通折騰，使他知道了這些洋人不僅狡猾狂妄，而且還野蠻刁橫，動輒便稱兵犯順，總想把是非鬧到天子腳下來。所以，一念及此，他那堅決阻止外國人進京換約的態度也不能不有所改變。於是，在3月29日，他便諭令等候洋人的桂良等人，如果能夠盡力阻止英、法等國使節進京換約，當然最好。倘若英國人堅決不肯，一定要到北京來，那麼就同他們事先交待清楚，由海口進京時，所帶人員數量上不準超過10人，而且不得攜帶各種武器裝備。入北京城後，不得坐轎排隊，招搖過市。換約之後，立即回帆離開，不許在京久住。他自以為清政府這樣做，是一種大仁大義，不愁洋人不俯首聽命，而他正可以趁機因勢利導，如願以償。