清政府加緊“籌款”，地方官吏乘機搜刮，“對地方之利病，生民之休戚”，卻是“不遑顧問。”這樣，便加劇了“天災人禍”，據《光緒朝東華錄》的記載，甲午戰起和戰後的四五年間，全國各省幾乎普遍遭遇各種災害，造成嚴重的經濟危機。
廣大人民，主要是農民，在慘重的壓迫下被迫反抗，小規模的鬥爭已經不斷展開。
這些反抗，就“奏聞於朝”的來說，有山西姚步籠等百餘人的抗糧鬥爭；直隸永平、遵化破產農民的“結夥成群，專搶囤積，名曰分糧”；廣東歸善、永平、長樂交界，唐觀士等聚眾千餘，“以劫富濟貧為名，四出搶掠”；江蘇蘇州機匠以不堪苛捐壓迫，“聚眾滋事”，“毆官毀局”；廣西靈川縣知縣陳國華以“浮收激變”；四川以水旱迭乘，“饑民屯聚，與‘土匪’出掠”，“借饑為名，糾眾劫殺”；江蘇鬆江婁縣南鄉饑民百餘，憤平糶不均，毆擊鄉董，並及天主教堂。
各地秘密會黨也乘機起事，如哥老會劉芝草（劉吉六）於廣東石城起事，後由唐玉合率師潛赴灌陽，山東大刀會、四川餘棟臣等的反對外國侵略的鬥爭也已展開。
此外，西北回民起義，波及陝西、甘肅、新疆、青海、西康各省，西南藏族、彝民也有反抗鬥爭；台灣人民的反割台鬥爭更予日本侵略者以沉重打擊。
上述情況，正如康有為《公車上書》所說：“民日窮匱，乞丐遍地，群盜滿山，即無外釁，精華已竭，將有他變，伏莽遍於山澤，教民遍於腹省，各地會黨，發作待時，加以賄賂昏行，暴行於上，胥吏官差，蹙亂於下，亂機遍伏，即無強敵之逼，揭竿斬木，已可憂危。”
舊製度風雨飄搖
中國早在兩千年前就由地主階級建立了統一國家，在牢固的封建經濟基礎上形成完整、嚴密的封建政治體製，即封建官僚機構、專製主義的中央集權。在這種體製中，皇帝有至高無上的權力，在各地方分設官職以掌兵、刑、錢、穀等事，並依靠地主紳士作為全部封建統治的基礎。這就是地主階級建立的國家機器。皇權專製製度到了明清時期，已經發展到盡頭。這是因為明清時期是中國封建社會的後期：一方麵，掌握國家政權的地主階級已經沒落，其因循保守、愚昧腐朽的特性，發展到了極端；另一方麵，農民和其他社會力量要求改造社會，他們反封建的鬥爭日益尖銳。為維護其經濟基礎及上層建築，這個封建國家便日益加強其專製和鎮壓的職能。
明、清兩朝高度集中的皇權專製表現在皇帝“乾綱獨斷”、專製獨裁、權威無限，徹底掃除了封建社會中宰相製度的殘餘。明清以前的國家體製設有宰相，宰相擁有相當大的權力，在皇帝允許的範圍內可以勸諫、限製以至批評皇帝的某些作為。明清時期，為保證皇權的高度集中而取消了宰相，雖有內閣處理政務，但在內閣之上還設有一個皇帝的禦用機構。這個機構在清朝順治時為議政王大臣會議，康熙時為南書房，雍正時為軍機處。尤其是乾隆二年複設軍機處之後，該機構草擬詔書，下達聖諭，“軍國大計，罔不總攬。”如升革文武官員，審理重大案件，製定大曲禮節，查考兵馬錢糧等等。它本身沒有獨立性，絕對聽命於皇帝，實際上隻是皇帝的私人秘書處。軍機處權力的增強是皇權集中的表現。這時“內閣宰輔，劬存而已”，形同虛設，並不起什麼作用。
官僚機構是清朝極端皇權專製統治的組成部分。清王朝為了集權於皇帝，在政權機構上最突出的措施就是使機構繁雜。清朝中央行政機構設立六部。六部之中，吏部列在首位。名義上，吏部負責官吏的任免，但實際上任命大官的權力出自皇帝，吏部隻是辦理文官任免的手續而已。禮部掌管國家的典禮、學校、科舉，但在禮部之外，又設主管禮樂、賓宴、讚導的光祿寺、太常寺、鴻臚寺等。刑部管理全國刑法案件，但管理刑法的還有都察院、大理寺。在掌管論撰文史的翰林院之外，又設職權相似的詹事府。行政機構重重疊疊，職責不清，使一件事分派幾個機關辦理，互相牽製。為集權於皇帝，清朝在官員的職責安排上最主要的措施就是使一人兼數職，一職任數人，形成人無專職，事無專責的局麵。大小官員誰也不能獨立辦一件事，任何一件事也無法責成專人負責。中央六部長官的職權受很大的限製，他們無權向地方官直接發布命令，隻能奏請皇帝頒發詔諭。尚書和侍郎間如有爭執，均可單獨上奏，聽候皇帝決斷。地方上，總督和巡撫的職權也是互相製約的。總督是二省或三省的軍政長官。巡撫雖管一省的政務，但一般例兼都察院右副都禦史，且多兼兵部侍郎銜，也成為地方的軍政大員，可以直接上奏皇帝，並不受總督的節製。通過上述措施，皇帝掌握官僚機器的運轉，他的意誌就是法律，一切人，包括各級官吏，都匍匐在他的權威之下。
疊床架屋的各級官僚機構和充塞滿朝的冗官冗員必然造成因循守舊、腐敗昏庸的作風，這是官僚政治的顯著特點。“大臣任意因循，小臣效尤玩滯”，互相推諉，內外觀望，加上律例繁瑣，動則獲咎，於是形成往複呈谘，無人負責的局麵。貪汙、納賄是官僚政治的產物。各級官吏貪贓枉法，賄賂公行。更有甚者，莫過於使這種納賄形成製度。清初順治時，已有士人“納粟入監”，但不能得官。康熙時，為平“三藩”叛亂，開捐納以補充軍費，三年內捐納的知縣達500多人。後來逐漸形成“捐納”製度。外省文職可由監生捐至道員，武職可由武生捐至遊擊，各級官品均定有捐價。這是清朝腐敗政治的一大表現。有人說：“捐途多而吏治益壞，吏治壞而世變益亟，世變亟而度支益蹙，度支蹙而捐途益多，是以亂召亂之道。”進入近代社會以後，賣官鬻爵的製度經久不衰。道光以後有大捐和常捐之分，由虛銜進而實官，由知縣、知府進而僉道。這項製度一直延續到戊戌維新運動發生時仍然公行。