為了割斷光緒的母子情，慈禧故意很少傳話讓醇親王福晉進宮。偶爾一年半載進宮一次，卻又不能與光緒見麵，隻是遠遠站著，什麼話都不好說，無非在那裏站上刻把鍾便完了。
光緒天天要麵對的是那個不男不女的“親爸爸”慈禧。從光緒進宮起，慈禧就一再囑咐宮裏的太監和宮女，必須要教導光緒稱她“親爸爸”，這個稱呼後來便一直沿用著，直到光緒長大成人，還是稱呼慈禧為“親爸爸”。
失去母愛的光緒帝，常常默默靜坐不語。有時不肯念讀詩文，一坐就是幾個時辰。光緒平時也常鄭重其事地問陪侍太監王商和他的老師翁同“醇親王福晉究竟是上什麼地方去了？為什麼隔了這許多時候還不見她來看看我們？”對母親的思念，使光緒對慈禧有一種本能的排斥。
光緒與慈禧的矛盾，還與慈禧的心腹太監李蓮英有關。
李蓮英本是直隸河間府鄉間的一個潑皮無賴，後自閹入宮做了太監。他靠著一手梳妝技巧，深得慈禧太後的龐愛，由梳頭太監爬上總管太監的位置，成了慈禧太後身邊營私納賄、無惡不作的惡棍。
李蓮英是一個勢利刻薄的小人，在他眼裏，惟有西太後“老佛爺”一人才有絕對的權威。仗著太後的恩寵，根本沒把小皇帝載―放在眼裏，專門同小皇帝作對。
載―入宮不久，就同這個陰險狡詐的李蓮英結下了冤仇。當時載―才四五歲，小孩子往往以相貌辨人好壞。李蓮英麵相醜陋，又常在光緒帝麵前顯露出地痞無賴的種種醜態，令小皇帝十分厭惡。有一次，小載―一氣之下對李蓮英說道：“你這人究竟什麼緣故，會長得這樣醜啊！我見了你真有些害怕，快給我走出去！”光緒的童言無忌使李蓮英耿耿於懷，伺機報複。起初，李蓮英還隻是在慈禧麵前搬弄是非，說光緒的壞話。漸漸地越來越放肆，直接找光緒的麻煩。
有一年元宵節，按宮內慣例，元宵供神的糕點，尤其是那種元寶形狀的糕餅，賜給慈禧太後最關切的人，表示恩寵和祝福。光緒皇帝當然是慈禧太後最關心的第一人。可是李蓮英卻故意把糕餅搬到自己的私宅，分賜給別的太監食用了。光緒知道後非常憤怒，立即到慈寧宮向太後訴說。李蓮英被召來責問，他辯解說：“外麵就有許多重要事情找到奴才那裏來了。而且這些事情統統都是關係老佛爺的事情。萬歲爺大概也明白，奴才是一向伺候慣老佛爺的，這些事情都不能教別人代替，而奴才自己也不肯隨便讓這些事擱下來，因此奴才便忙著先幹這些事情，隻得暫時把萬歲爺的糕餅擱一會。”
李蓮英的辯說含著這樣一個意見：“隻要我手裏有別的事情要做，光緒的一切事是絕對不在我心上的。”
李蓮英這一說慈禧不僅平了氣，反而轉過話題，嘉獎了李蓮英幾句。
一直到光緒親政之前，李蓮英仍然要給光緒下馬威。
光緒十二年的冬至大禮圜丘是第二年“親政大典”的一次演習，也是光緒向朝廷重臣要員顯示新一朝皇帝智慧和權威的好機會。慈禧太後派李蓮英總管祭禮的一切事務，他把這次大禮視為捉弄皇帝的良機，故意找差錯要讓皇帝當眾出醜。
祭天這天，君臣會集天壇與祈年殿之間的圜丘。在石台上安放著“皇天上帝”的神牌，左右還豎放著皇帝列祖列宗的神牌作為配神，氣氛莊嚴肅穆。參加祭天的官員進入禮天門後，均須全神貫注，態度莊重，不能有任何雜念。本來每次主祭的皇帝都要穿特定的服飾，而這次由於太監的疏忽，光緒皇帝穿的卻是太和殿受朝拜時穿的長袍。典禮進行時，光緒帝第一次看見祭台上的神牌和各式祭品，頗覺新奇，不時以目光環視。這一微小的失敬舉動，被身旁的李蓮英察覺，他故意大聲嚷著：“萬歲爺不可太輕忽了，這是最莊重的地方，也是一件大禮，豈可隨便敷衍得的。而且今天是萬歲爺第一次離開了太後，獨自來主持這祀天大祀，尤其不能草率。現在萬歲爺已經不能算是個小孩子了。”
光緒當著眾人的麵遭李蓮英一頓訓斥，心中頓生一股怒火，但懾於慈禧的淫威，隻能忍氣吞聲。
單調苦惱的宮廷生活一天天熬過去，光緒也從幼年、少年進入青年時期，和任何一個年輕人一樣，年輕的皇帝也從內心對愛情充滿著渴望和幻想。但皇上自己的終身大事卻不能由他自己做主。慈禧又一次費盡心機，要用她所選定的後妃，在光緒親政前布下最後一道羅網。
光緒十四年十月初五（1888年11月8日），慈禧太後親自在體和殿為光緒選後，應召備選的三大臣家的秀女進入殿內依次排列共五人。列在首位的是那拉氏都統桂祥的女兒，也是慈禧的侄女；其次兩位是江西巡撫德馨的兩個女兒；最後的兩位是禮部右侍郎長敘的兩個女兒。
慈禧端坐上座，光緒帝在一旁侍立，榮壽固倫公主及福晉命婦立於太後身後。在太後等人的前麵，放著一張小條桌，上置鑲玉如意一柄、紅繡花荷包兩對，是為入選證物：選中為皇後，給玉如意；選中為妃子，給荷包。
太後手指著五位秀女對光緒說：“皇帝！這當中誰可以中選你可以自己決定，合意的就授以如意。”邊說邊把如意遞給光緒。光緒說：“此大事當由親爸爸做主，子臣不能自作主張。”但太後堅持要光緒自己選。光緒乃手持如意走到德馨女兒麵前正要將如意遞給她時，忽聽背後太後大聲喊道：“皇帝！”光緒回頭一看，見慈禧努嘴，暗示他應選排在首位的桂祥的女兒。光緒頓時陷入困惑不安，稍頃方遲疑而又勉強地依照慈禧旨意，折身將手執的如意顫巍巍地授給了慈禧的侄女。可是，居中高座的慈禧對此並不滿足，心中暗忖：如光緒已中意於德氏女，將其選了嬪妃，將來對桂祥的女兒不利，便匆匆命公主將條桌上的一雙荷包徑直授與了末列的長敘家兩位女子，她們便是後來的珍妃、瑾妃姐妹。