在中日戰爭中清朝統治集團內部在做出一些重大決策時發生了分歧，清廷重臣要員都在主戰與主和兩大問題上亮了相，有的還做了一番淋漓盡致的表現。就是一些原先附和主戰的樞臣也在關鍵時刻傾倒在主和派一邊。戰爭初期光緒帝調整了軍機處班子，把它變成為抗戰聯合陣線，在戰爭中發揮了指揮部和參謀部的積極作用。由於戰爭屢屢敗北，軍機處成員思想發生了動搖，在簽訂《馬關條約》的時候，中樞機構為頑固派所把持，成了貫徹慈禧太後避戰求和方針的策源地，光緒帝對中樞處於失控狀態。戰爭結束以後，整頓軍機處調整中樞班子是光緒帝反省過去，吸取教訓的重要課題。軍機大臣中對光緒帝抗戰部署幹擾最大，鬼點子最多的要算孫毓汶和徐用儀兩人，他們一唱一和，壓製主戰派，逼迫光緒帝，慈禧太後通過這兩個親信向李鴻章傳遞她的旨意，所以光緒帝在中日戰爭以後采取了不同的方法把他們驅逐出軍機處。光緒二十一年五月給孫毓汶“病假”一月，“以徐桐兼署兵部尚書”，先革去他兵權，後又“稱疾乞休”令他退出政治舞台，光緒二十五年孫毓汶怏怏死去，在中樞機構中拔去了一枚釘子。一個月以後，光緒帝又向徐用儀開刀，光緒二十一年六月乙酉，“諭內閣，吏部左侍郎徐用儀退出軍機處，並毋庸在各國事務衙門行走。”把他從重要崗位上撤了下來。在軍機大臣中還有恭親王奕訁斤和慶親王奕？，雖在後期倒向主和，秉慈禧太後旨意逼光緒帝簽約，然逐出頑固派悍將孫毓汶和徐用儀之後，這兩位滿洲親王留在中樞暫時亦無大的威脅，所以未作更易。光緒帝在驅逐異己的同時，“命禮部左侍郎錢應溥在軍機大臣行走”。錢應溥其人，長期入值軍機司務，筆下敏捷，“每承旨繕召，頃刻千言，曲當上意”，在中日戰爭時期他已任禮部左侍郎，“廷議主戰，應溥造膝敷陳，多人所不敢言。”光緒帝慧眼識才，把這樣一位有才氣而又能直言的廷臣不僅提拔任軍機大臣，而且“再遷工部尚書”加以重用，無疑增強了帝黨力量。總理各國事務衙門的地位越來越顯得重要，軍機處決策“總署”貫徹，在中日甲午戰爭時期為李鴻章及慈禧太後的親信所把持，光緒帝的親信成員幾乎無一人涉足。經過中日戰爭的反思，光緒帝為了加強對“總署”的控製，命“戶部尚書翁同禮部尚書李鴻藻在總理各國事務衙門行走”。讓兩位最忠於皇帝最得力的重臣進入“總署”，今後內政外交的各個脈絡君權皇命不致梗塞，光緒帝的諭旨可得以暢通。至於李鴻章，雖然光緒帝在中日戰爭中對他的兩次處分都被慈禧太後一次吹掉，戰後又作為清政府全權代表派往俄國，祝賀沙皇尼古拉二世加冕典禮，是時還秘密地同俄國簽訂了《中俄禦敵互相援助條約》又稱《中俄密約》。光緒帝在李鴻章身上飽含怨恨，非對他有所限製不可。李鴻章集軍、政、外交於一手，又有慈禧太後為後盾，故對他的權力限製，光緒帝采取十分慎重的處置辦法。光緒二十一年七月初八日（8月28日），“命李鴻章入閣辦事。調王文韶為直隸總督兼辦理通商事務北洋大臣。”王文韶在中日戰爭期間，他的立場基本上傾向主戰，在簽約關鍵時刻，態度也無突出表現，然王文韶其人頗有外交、理政之才能，故光緒帝以王代李，把李鴻章調離天津留京入閣，實際上是名升實降，一定程度上削去了他的部分軍權和外交之權，這一調動也為李鴻章同慈禧太後的直接聯絡提供了方便。為了削弱李鴻章的影響，光緒帝即著上諭王文韶整頓直隸地方。
直隸地方，積弊已深，凡吏治軍政一切事宜均應極力整頓，至外洋交涉事件，尤關緊要，如從前有辦理未協，欲行更改之處，務當悉心籌劃，不避嫌怨，因時變通……洗從前積習，方為不負委任，將此諭令知之。
這道諭旨，要王文韶“不避嫌怨”“洗從前積習”，很顯然是針對著李鴻章而發的，實際上是全盤否定了他任直隸總督、北洋大臣期內的“政績”，這不能不是對李鴻章的一個重大的打擊，某種意義上講，比過去對他兩次處分更為有力，為以後剪除李鴻章勢力埋下伏筆。
中日戰後，光緒帝猶如在一場惡夢中驚醒過來，從反省中得到有益的教訓；從反省中理順思路振作精神，充實了他的抱負，為後來的曆史舞台上演出的那幕有聲有色的維新變法活劇邁出了可貴的第一步。
“臥薪嚐膽”雪國恥
中日戰爭後，列強瓜分中國的黑雲密布在神州大地上空，中國人民麵臨著更沉重的災難。在1894年11月中日戰爭敗局初定的時候，資產階級革命派對祖國將遭宰割趨勢感到萬分憂慮。民主革命的先行者孫中山先生起草的《興中會宣言》中表達了他們的鬱鬱心情：
近之辱國喪師，翦藩壓境，堂堂華夏，不齒於鄰邦，文物冠棠，被輕於異族。方今強鄰環列，虎視鷹瞵，久垂涎於中華五金之富，物產之饒，蠶食鯨吞，已效尤於接踵，瓜分豆剖，災堪慮於目前。
中日戰爭以前，由於帝國主義的侵略和清朝的腐敗統治，中國封建社會已經千瘡百孔，民不聊生。然而，中國封建官僚和士大夫，昧於世界形勢，沉湎在中華大國、華夏聖朝的盲目自大的迷夢之中。就在中日戰爭初期，封建統治者還瞧不起日本這個東鄰島國，說什麼“倭不度德量力，敢與上國抗衡，實以螳臂擋車。以中國臨之，直如摧枯拉朽。”戰前一些帝國主義者對中國這個古老大帝國的虛弱程度也沒有完全看透，英國一直把中國看做英、俄之間在遠東的緩衝力量，甚至一度提議締結英中聯盟，以對抗俄國勢力的伸展。法國在中法戰爭前曾把中國視之為亞洲四強之一，同法、英、俄相為並列。一場中日戰爭把古老帝國的紙窗戳穿了，這個肥大巨人已經奄奄一息，完全暴露於世界。
中日戰爭以後如何看待亡國滅族的嚴重危機，在清統治集團內部有兩種截然不同的態度。
清朝最高統治權仍然控製在慈禧太後手中，她是近代中國封建社會黑暗勢力一個集中點，封建統治者的腐朽、昏庸、無能在她身上得到充分的體現，如果說她在控製政權初期自“祺祥”政變以後，尚有所作為，通過調整統治機製的辦法清王朝出現了“同治中興”局麵，那麼至中日戰爭前後，她完全成為清朝最落後、最反動勢力的總後台。在國家遭到帝國主義列強“瓜分豆剖”的苦難時期，在中華民族到了生死存亡的危險時刻，她為了維持其清朝太上皇的地位和窮奢極欲的享受之外，無所事事，置國家和民族的嚴重危機於不顧，仍然揮金如土，無視數萬萬兩白銀的巨額賠款和“國庫空虛，民力凋敝”的財政困境，“又將大興土木，修圓明園，以縱娛樂”。上行下效，慈禧太後窮奢極欲無度享受，朝廷一批腐朽透頂的王公大臣也隨之盡情揮霍，內廷、頤和園歌舞不絕，演戲如常，每逢內廷演戲，召王公大臣入座聽戲者時間以六小時為限，王公大臣之有煙癖者，癮發輒不自禁，內監乃得因為利，度其癮將發，即送茶一杯，放入“煙泡三枚”，“每茶索犒千金”，“計聽戲三日，而一人茶嚐乃至一萬八千金，都下謂第一闊煙茶也”。以慈禧太後為代表的清朝腐朽集團，甲午戰爭以後仍然處在醉生夢死，麻木不仁之中。