6月20日，光緒皇帝到頤和園就廢八股向太後請懿旨。太後讓光緒皇帝先回去，等她考慮兩天再說。光緒皇帝以為這一下完了，太後肯定不會同意。這真是上扼於太後，下扼於頑臣。但出乎他的意料之外，三日後，太後降旨，對廢八股之舉大加讚賞，同意廢除八股。
6月23日，光緒皇帝正式下詔宣布廢除八股。光緒皇帝在上諭中指出：“近來風尚日漓，文體日敝，試場獻藝，大都循題敷衍，於經義罕有發明，而譾陋空疏者，每獲濫竽充數。若不因時通變，何以勵實學而拔真才。”因此光緒皇帝宣布：“著自下科為始，鄉試、會試及生童歲科各試，向用四書文者，一律改試策論。”
康有為很早就反對八股考試，多次拒絕參加考試。甲午戰後，他更是公開地號召廢除八股，多次在上書中提到改變國家考試的內容，並在北京的士大夫中發動了一場反對八股的運動，廢除八股成為維新變法運動的一項重要內容。光緒皇帝宣布廢除八股，可以說是康有為和維新派的一個重大勝利。熱心新學的進步士人都歡欣鼓舞，他們可以不再將寶貴的光陰虛擲在毫無用處的八股文上，專心致力於學習於現實有用的實學，了解國外的政治、經濟情況。但是對於守舊者來講，卻激起了他們的極大憤怒，大批在八股製帖中浸淫了大半生並靠教八股過日子的守舊士人和正埋頭於八股中無法自拔的士人頓失所憑，於是他們對康有為非常痛恨，視他為勢不兩立的敵人，甚至準備請人行刺康有為。康有為的朋友很擔心他的安全，於晦若甚至建議康有為請幾個保鏢，平時深居簡出。但康有為一笑了之，不作任何防避。
其後，康有為又奏請進一步改革科舉製度，實行分科試士，經史各五科，規定四書人人須通，西學也須專精一門，從而將西學考試納入科舉考試之中，以推動士人去學習鑽研西學。另外，康有為還建議將優、拔、貢生的考試也改為策論，並請凡朝、殿試勿尚楷法。關於前一項建議，為部議所駁斥，而後一項建議則奉旨允行。
康有為關於教育改革還提出了在各省開高等學堂、各府開中學、各縣開小學，將善後款和各規費作為辦學經費，並請廢天下淫祠，以其房屋作為學校教室，以其租稅收入辦學校等建議。光緒皇帝對他的這些建議都予以支持。
光緒皇帝在明定國是詔中重點強調了發展新式教育，提出應首先舉辦京師大學堂，並令軍機處和總理衙門會同辦理。但因為這是新生事物，軍機大臣和總理衙門大臣既不懂，更不願辦理，於是就讓康有為來起草章程。但康有為正忙於為光緒皇帝召見作準備，便讓梁啟超代為起草。梁啟超參照英、美、日等國的大學教育製度，製定了京師大學堂章程，在康、梁等人看來甚是完備，其核心問題是將京師大學堂的大權歸之於總教習（教習即教師）。同時總理衙門章京張元濟也請康有為代為起草回覆皇上關於京師大學堂的奏折，康有為提出了四點建議，1.預籌巨款；2.撥給官舍；3.精選教習；4.選刻教材。關於教材，康有為提出應從中國的經史子集中和西書中選其精要，輯為一書，供學子閱讀，用力省而功效大。同時他還建議在各教習之上設立一總教習，總攬一切大權。
其時光緒皇帝派大學士孫家鼐為管學大臣，主持京師學堂的籌辦。孫氏早知康有為博學多才，他曾支持過康有為成立強學會和保國會，並曾對翰林院編修荊光典說：“今朝士忠肝赤膽，而心通時務者，惟康有為一人。如果皇上令我變法，我惟推舉康有為而已。”因而他辦京師大學堂，首先就想到了康有為，並前來拜訪，請康有為出任京師大學堂總教習，另請陳熾任總辦。李鴻章、廖壽桓、陳熾等也都力勸孫家鼐請康有為擔任總教習。但康有為顧慮到在京師大學堂中肄業的都是各部曹、翰林、道、府、州、縣等官，舊的習氣很重，而憑自己的年齡、才德，可能壓不住這些人，不好管理，如果教學無效，反遭致誹謗，因而堅決推辭不就。
當時孫家鼐、李鴻章等都還沒有見到梁啟超起草的京師大學堂章程，等章程呈上後，見章程中規定以教育大權屬總教習，而管學大臣反而無權時，孫家鼐頓時大怒，認為康有為想做總教習而專權，並借掌握選刻教材之機，推行孔子改製之學，於是怒而攻擊中傷康有為，其他守舊派官僚也趁機挑撥孫家鼐與康有為的關係，使孫家鼐對康有為更加不滿。康有為是傲氣十足的人，他不能接受孫家鼐對他的指控，他讓梁啟超轉告孫家鼐，發誓決不沾大學堂一差，以白其誌。維新派內部發生了一道裂痕。
在此期間，康有為全力以赴忙於趕寫有關各國變法的著作，以便提供給光緒皇帝進行變法參考。他先後編寫並進呈了《日本變政記》《法國變政考》《突厥守舊削弱記》《波蘭分滅記》《英國變政記》《德國變政記》《列國政要比較表》等書。這些書除了正文外，還有序文和按語，引語中國之事，斟酌損益，以供中國變法借鑒。
康有為在《法國變政考》中，描述了1789-1793年法國大革命的情況，特別著力描述了路易十六的處死和革命過程的各種慘狀，力求通過法國大革命來告誡光緒皇帝，清政府如果不能緩和社會矛盾，引起人民革命，其後果是非常可怕的。康有為一方麵高度肯定了法國大革命的曆史作用，同時也表露出對大革命所帶來的災難的恐懼。他寫道：“臣觀近世萬國行立憲之政，蓋由法國革命而來，跡其亂禍，雖無道而時勢所趨，民風所動，大波翻瀾，迥異大地，深可畏也。”康有為對路易十六予以較高評價，稱他“寬裕愛民，實為恭儉之君。”他分析路易之所以失敗，是因為實行政治改革不堅決以致激民怒而成大戮，身首異處。從而告誡光緒皇帝不要步路易十六的後塵。如果光緒皇帝維新變法進行得不及時和不徹底，中國也會像法國一樣發生大革命。