光緒皇帝召見康有為後，對康有為的博學多才和觀察問題、分析問題的敏銳深刻也十分欽佩，認為康有為不但熟讀中國的聖賢經書，而且對各國的曆史和許多作家都很有研究，並且表現出非凡的才能，贏得了光緒皇帝對他的信任，光緒皇帝很想對他予以重用。但是光緒皇帝深知“西後和大臣忌康既甚”，而“上畏太後不容，下恐群臣猜忌”，若自己公開表示支持和決意破格提拔作為爭議人物的康有為，會帶來其他意想不到的後果，他希望大臣中有人能夠理解他的心意，代他說出。然而當光緒皇帝問及應授康有為何職時，剛毅搶先說道：“請皇上令康有為在總理衙門章京上行走（相當於總理衙門秘書之職）。”剛毅是太後的親信，在太後麵前十分走紅，而且大家都知道太後並不喜歡康有為，因而剛毅說了之後，各位大臣都表示沉默，光緒皇帝見無人再提出異議，隻好同意剛毅的建議。作為對康有為的補償，光緒皇帝在其後特許康有為可以專折奏事，他的奏折不必經過總理衙門代遞，直接呈送光緒皇帝。
康有為和他的弟子們對光緒皇帝召見抱有很大的希望，滿以為通過這次召見，光緒皇帝會授予康有為一個較為重要的職務，使他能夠參與新政的策劃和領導實際的變法工作。誰知很快任命康有為為總理衙門章京上行走的上諭就下來了，康有為心都涼了半截，十分失望，但他相信這不是光緒皇帝的本意，而是剛毅等守舊大臣欲辱屈他，但就此可見變法之無望，他變得消極悲觀，以至準備離開北京南下。梁啟超在一封信中寫道：“康先生從容度無所補救，亦將南下。”梁啟超等弟子對老師受到如此不公平的待遇也心懷不平。梁啟超說：“西王母主持於上，它事不能有望也。總署行走，可笑之至，決意即行矣。”“初時極欲大辦，今如此局麵，無望矣。科舉一變，則守舊之命脈已斷，我輩心願亦幾了矣。日間必出都。”
但康有為不能不接受這個職務，因為這是光緒皇帝任命的。他一想到光緒皇帝召見時，那雙充滿聰明智慧的黑眼睛望著自己，是那樣的真誠，表露出對自己的無限信任，他們好像已不是作為君臣而是作為朋友在進行推心置腹的交談。光緒皇帝破格召見康有為，使康有為感到“以主事專折奏事，尤為國朝曠典所無”。皇上的隆恩令康有為感激不盡，他盡管失望，但仍能體諒皇上的苦衷，他不能在皇上最需要幫助和支持的時候而離去，因而離去的念頭隻是一閃而過，他仍留了下來。梁啟超、麥孟華等弟子也都隨之而留下。
康有為被授予總理衙門章京上行走，按照慣例應入宮謝恩，但康有為考慮到朝中官員對他忌甚，一般中下級官員進入總署，要經過多年才能升任幫辦、總辦，而他卻因是奉旨當差，故可即派委為總辦提調。但康有為無意到總理衙門當差，為他所痛恨的各守舊大臣所支使，於是他隻呈遞了一道《謝恩折》。除對光緒皇帝的任命表示感謝外，康有為在這個奏折中再次提醒光緒皇帝必須趕快進行變法，並請求光緒皇帝大誓群臣，強化變法的決心；統籌全局，對變法進行全麵的規劃設計；開製度局，建立製定變法計劃和統籌實施變法的最高機關。另外，康有為還建議廢除八股，開孔教會，以衍聖公為會長，準許天下人人入會；並令天主教、耶穌教各立會長，議定教律，凡發生教案，一律按所議教律解決，國家不再參與。康有為還請求光緒允許沿海各口岸城市采用孔子紀年。此外建議光緒皇帝以所有之權行方今可為之事，舉本握要，天下移風，振作人心。最後，康有為以急迫的心情寫道，國勢危迫，不能按部就班地行事，隻有請光緒皇帝乾綱獨攬，速斷聖心，以救中國。
康有為將謝恩折交總理衙門代遞呈上，光緒皇帝說道：“何必代遞，此後康有為有折，可令其直遞來。”其後又令軍機大臣兼總理衙門大臣廖壽桓將康有為所著《日本變政考》《波蘭分滅記》《法國變政考》《德國變政考》《英國變政考》等書立即抄寫呈上。這樣康有為找到了一個不去總理衙門當差的最好理由，他麵告李鴻章、廖壽桓、張蔭桓等總理衙門大臣，奉皇上之旨，要日夜編書，不能到總署任職，李鴻章等人當即同意。
光緒皇帝對康有為的建議都十分讚賞，但是自從翁同（離去後，他在朝廷中日益孤獨，王公大臣、文武官員甚至太監都不支持光緒皇帝的變法新政，他的四周都是慈禧太後的密探眼線，他找不到人傾訴自己的想法，也不敢輕易對人談自己的想法。由於得到太後許可，同意進行變法，因而他既想把握住機會，趁機進行一番變革，同時也不敢步子行得太快，以免遭到太後和守舊大臣的反對。所以盡管光緒皇帝認為康有為的主張很好，但是他更多的是從可行性和可操作性兩個方麵考慮問題，不能過多地采納康有為的建議。
在光緒皇帝召見康有為時，他們已就八股是中國教育落後、民智不開的病源，因而應該盡快將其廢除取得共識。召見後，康有為即將早已擬好的關於廢除八股的奏折請宋伯魯呈上。6月17日，光緒皇帝即命總理衙門草擬廢除八股的諭旨。消息傳出，京城嘩然，擁護維新變法者，則喜形於色，拍手稱慶；而頑固守舊者則呼天籲地，痛心疾首，堅持反對。守舊派的代表人物剛毅則公開跳出來反對，要求光緒皇帝先將此事交部議。
光緒皇帝說：“若下部議，彼等必駁我矣。”
剛毅又說：“此事重大，行之數百年，不可馬上變廢了。請皇上三思。”其口氣咄咄逼人。“汝欲阻撓我？”光緒皇帝氣憤地厲聲喝道。
剛毅見光緒皇帝發怒，心中不禁生虛，乃不敢言。但他仍不甘心，於是抬出慈禧太後作為擋箭牌，說：“此事重大，請皇上請懿旨。”
光緒皇帝對自己名義上的母親有一種近乎病態的恐懼，當一聽到剛毅說到太後時，他就不作聲了，好一會才嘟囔地說：“我知道去請示。”