慈禧太後說：“皇上近日任性亂為，要緊處，汝等當阻之。”
剛毅答道：“皇上天性，無人敢攔。”剛毅伏地痛哭，言奴才婉諫，屢遭斥責。
慈禧太後又問：“難道他自己一人籌劃，也不商之你等？”
榮祿答道：“一切隻有翁同（能承皇上意旨。”
剛毅用嘶啞的哭聲向慈禧太後請求說：“太後如再不出麵阻止皇上，大清的江山就完了。”
慈禧太後冷笑一聲說：“到時候我自有辦法，你等不必著急，且回去做你們該做的事。”
在光緒宣布明定國是的前一天，慈禧太後一方麵對明定國是詔書表示讚成，另一方麵又以光緒皇帝的名義任命自己的親信榮祿為大學士，管理戶部，剛毅改任兵部尚書協辦大學士，崇禮則任刑部尚書，從而將政府的幾個要害部門都控製在自己手裏。
明定國是詔書下後，榮祿曾指使楊崇伊等人參劾康有為，誣蔑康有為“辯言亂政，私立保國會，白日聚集千人，舉國駭然。”但光緒皇帝對此置之不理，反而下詔召見康有為，這無疑是對包括慈禧太後在內的守舊勢力的一種挑戰，這更加引起了慈禧太後的警惕，於是與榮祿等人加緊了密謀活動，並精心策劃了一個阻撓和破壞變法的周密計劃。
6月15日慈禧太後利用自己的家長地位和多年來對光緒皇帝的積威，連下三道諭旨，強迫光緒皇帝以自己的名義宣布。
首先，慈禧太後以翁同（“漸露攬權狂悖”，斷難勝任樞機之任為罪名，堅決要求將翁同（革去一切職務，驅逐出京，開缺回籍。翁同（之職由直隸總督王文韶代替，而任命榮祿擔任直隸總督，統帥北洋三軍。
翁同（不僅全力支持變法維新，並且“籌劃新政，僅其一人”，“一切隻有翁同（能承皇上意旨”，他是光緒帝最可信賴的近臣，而且還是溝通維新派與皇帝之間的中心人物，“保薦康有為，才堪大用，為滿朝忌而惡之。”現在慈禧太後將翁同（“開缺回籍”，等於斬斷光緒帝的一隻得力助手。其時，雖然有翰林院侍讀學士徐致靖和禦史宋伯魯等人積極支持光緒帝變法，但他們俱是微職文臣，起不到參與決策的重大作用。這樣，光緒帝就處在“上扼於西後，下扼於頑臣”的孤立地位。慈禧太後這一“清君側”，是頑固派有計劃地扼殺維新運動的第一個信號，對維新派是個重大的打擊。光緒帝也深感西太後這一著的棘手，所以當他接到“懿旨”時，“驚魂萬裏，涕淚千行，竟日不食”，為之悲痛欲極。
同時，慈禧太後還向維新運動布下了秋後算賬的羅網。
一是從光緒帝手中攬去對重要官員的賞賜和授任大權。在處分翁同（的同一諭旨中又諭：
嗣後在廷臣工，仰蒙……皇太後賞項及補授文武一品、暨滿漢侍郎均著於具折後恭詣皇太後前謝恩。各省將軍都統督撫等官，亦一體具奏謝。
二是把親信王文韶調入軍機處，安插在光緒帝身邊，以填補翁同（的空缺，以便進一步控製軍權。諭：“命直隸總督王文韶迅速入覲，以大學士榮祿暫署直隸總督。”五月初五日又命王文韶在軍機大臣上行走，並在總理各國事務衙門行走，實授榮祿為直隸總督兼充北洋通商大臣。
三是安排光緒帝於當年秋恭奉太後巡幸榮祿控製的天津閱操，實際上向維新派發出警告，皇帝的命運仍掌握在她手中。
慈禧太後采取這一係列措施，很明顯的是向光緒帝和維新派人士布下天羅地網，“俟到時候”便可把他們一網打盡。
新舊鬥法
西太後的陰謀活動，光緒帝心裏自然是很明白的，可是帝後之間的矛盾已經是由暗爭發展為明鬥，不是你死就是我活。光緒帝在變法道路上的步伐決不能停滯下來，隻有頂著慈禧太後掀起的陣陣惡浪，披荊斬棘，勇往直前，才能在變法運動中把權力從西太後手中“變”過來，否則權失位廢的日子必將降臨。為此，光緒帝加快變法步子，改革措施傾盆潑出，同慈禧太後針鋒相對，頗有“不成功便成仁”的氣魄。
光緒帝發出的變法諭旨像針一般地刺痛著頑固派的神經脈絡，他們則以消極的或公開的方式進行抵製。所以有的改革措施光緒帝沒有交“該部議奏”或“著該王大臣議奏”，而盡量運用手中的權力，直接發下，形成事實。可是關於政治體製的改革方案，因為牽涉麵廣，影響深遠，故不得不交樞臣議奏。最突出的是關於設製度局一案，維新派與頑固派白刃相見，展開了激烈的爭鬥。
設製度局本是康有為的建議，是一項根本性的體製改革。在中央設製度局等於朝廷另設中樞，可以安插維新派人士入值其中，或主持分局，成為推行新政的指揮部，這樣，被頑固派把持的軍機處、總理事務衙門等部可甩在一邊而放開手腳推行變法。光緒帝對設製度局極為重視，在頒布明定國是詔以前就開始醞釀籌劃。由於此事觸動各級官吏的切身權勢，同時也不能過於刺激慈禧太後，所以光緒帝持慎重的態度，蓋知西後之相忌，故欲藉眾議以行之……飭下總理衙門議行。光緒帝企圖通過“眾議”來推行這一重大的改革措施，向慈禧太後施加壓力，以順利設置製度局。翁同（也想開製度局，並且主張康有為入值其中，同光緒帝的考慮完全合拍。康有為關於設製度局的建議，在京師已廣為傳播，禦史楊深秀、宋伯魯、王鵬運及翰林院侍讀學士徐致靖等人都對開製度局深表讚同，並奏請光緒帝禦乾門以誓群臣，造成置製度局的聲勢。然而這次光緒帝責令樞臣眾議大失所望。樞臣以事關創製為由，對“眾議”旨令采取了敷衍搪塞的態度。頑固派敏捷地感到一旦製度局設立，他們的權勢就會轉移到維新派手中，因而用消極態度進行抵製。光緒帝對樞臣敷衍性的“會議”極為氣憤，責以“無得浮詞搪塞，倘仍敷衍塞責，定必嚴辦。”迫於光緒帝一再催促，於六月十四日（8月1日）主持總理事務衙門的慈禧太後親信奕？等人聯名上奏，對設製度局和十二分局同原來的六部職掌套在一起，以所謂“成憲召垂，法製大備”的理由，提出了“不必另開製度局”的否定意見。此時朝廷上下流言紛紜，說什麼開製度局是“盡廢內閣六部及督撫藩臬司道矣。”軍機大臣認為“開製度局是廢我軍機也。”王文韶唆使頑固派說：“上意已定，必從康言，我全駁之，則明發上諭，我等無權矣，不如略敷衍而行之。”用狡猾的手法敷衍抵製。一時開設製度局成了清統治集團中頑固派和守舊官吏攻擊的主要目標，光緒帝在非常孤立的情況下也不便強令開設，隻好擱置一邊。到六月十五日（8月2日），光緒帝親自主持的變法運動已成一定的聲勢，頑固派害怕光緒帝運用有利形勢，強令設置製度局，那位一貫在緊要關頭出鬼點子的禮親王世鐸，又冒出來糾集了一些頑固分子上奏折“修正”康有為設製度局和十二分局的建議，提出了一個所謂的“變通辦法”，抽去製度局和十二分局的核心，塞進王文韶與樞臣達成的“定議”，使康有為開製度局建議的本意麵目全非。