徐桐等人以為隻要“杖八十……降三級調用”就可混蒙過去，不料光緒帝不肯草草收場，他朱批說：“禮部尚書懷塔布等，竟敢首先抗違”，“若不予以嚴懲，無以儆戒將來。”凡參與壓製的官員“均著即行革職。至該部主事王照，不畏強禦，勇猛可嘉，著賞給三品頂戴，以四品京堂候補外，用昭激勵。”禮部是頑固派勢力對抗變法運動的橋頭堡，光緒帝抓住戰機，猛烈轟擊，頑固堡壘終於被攻破，兩位尚書連同他們的一夥爪牙左右侍郎等人一窩端，“均行革職”。這一事件光緒帝處理得幹淨利落，他的政治鬥爭藝術在維新變法的實踐中得到鍛煉和提高。光緒帝拿禮部頑固勢力開刀的另一目的是為了鼓勵“士民”上書言事，撐維新派人士的腰杆子，所以他表彰王照“不畏強禦，勇猛可嘉”，並賞給“三品頂戴”。這一震撼朝廷上下的斷然處置，煞了頑固派的威風，長了維新派的誌氣，“維新者無不稱快。”
光緒帝把頂住頑固派對抗變法的逆流與推進變法同步進行。在捅禮部馬蜂窩之舉的前兩天，七月十四日（8月30日）發出上諭，將在中央的“閑曹”詹事府、通政司、光祿寺等衙門“著即行裁撤”，還裁撤了地方督撫同城以及“事務甚簡”的糧道、鹽道。並嚴正警告“內外諸臣……不準藉口體製攸關，多方阻格。”對中央和地方“閑曹”的裁撤，是光緒帝推進政治體製改革的一次嚐試。清朝的衙門和官缺的設置是載入《會典》的“祖製”的，決不能輕易改變，而今光緒帝發諭旨裁撤這些衙門，雖然對整個官僚體製來說是微不足道的，但這一舉動意味著向“祖製”挑戰，其深刻的影響力是不能低估的，所以康有為稱頌光緒帝這一果斷決策是“變政勇決”的行動。
權衡新舊
在維新和守舊的衝突日益尖銳的形勢下，張之洞於5月發表了他所撰的《勸學篇》一書。據他說，寫這本書的目的，是鑒於“士大夫頑固益深”，而近來又“邪說遂張”，所以“乃著《勸學篇》上下卷以辟之。大抵會通中西，權衡新舊。”他這裏所說的“邪說”主要是指康有為、梁啟超所宣傳的“孔子改製”和“民權”學說，所以辜鴻銘說張之洞寫《勸學篇》的目的是為了“絕康梁以謝天下”，表示他所主張的變法與康梁的變法宗旨是不同的。
《勸學篇》全書共24章，分“內篇”9章和“外篇”15章，“內篇務本以正人心，外篇務通以開風氣。”《勸學篇》核心內容是提出了“中體西用”的文化模式。張之洞將《勸學篇》“二十四篇之義，括之以五知”：
一、知恥。
恥不如日本，恥不如土耳其，恥不如暹羅（按：今泰國），恥不如古巴。
二、知懼。
懼為印度，懼為越南、緬甸、朝鮮，俱為埃及，懼為波蘭。
三、知變。不變其習不能變法，不變其法不能變器。
四、知要。
中學考古非要，致用為要。西學亦有別，西藝非要，西政為要。
五、知本。在海外不忘國，見異俗而不忘親，多智巧不忘聖。
張之洞從世界大勢和中國危局出發，提出“不變其習不能變法，不變其法不能變器”。“西藝非要，西政為要”，表明他不僅認識到變法的重要性和迫切性，而且主張仿效“西政”，進行製度性的改革，與60年代洋務大吏“中國文武製度事事遠出於西人之上”的觀念相比，已經有了較大的進步，開始承認西洋“文武製度”也值得中國仿效。
《勸學篇》具體提出了設學校、改學製、派遊學、譯西書、閱報刊、變法製、變科舉、興實業、修鐵路、練新軍等等方麵的變法構想。張之洞主張仿效的西政，主要是指西方國家的一些具體製度，並不包括國體與政體這樣的根本製度。《勸學篇？變法》提出的變法原則是：“夫不可變者，倫紀也，非法製也；聖道也，非器械也；心術也，非工藝也。”一句話，就是在不改變清王朝的統治地位、堅持中國傳統倫理道德前提下，學習和仿效西藝、西政，以實現中國的富強。
《勸學篇》一發表，立刻得到了清廷的重視。光緒披覽後，認為“持論平正通達，於學術人心，大有裨益”，諭令各省“廣為刊布，實力勸導，以重名教，而杜危言。”《勸學篇》借助朝廷的力量，很快刊行全國，據估計，該書先後印行了200萬冊。
張之洞作為一種新舊勢力嚴重衝突的平衡力量，表現出“權衡新舊”的姿態，他既堅決捍衛綱常名教，又竭力倡導新學新政。不過在不同的人眼裏，《勸學篇》衛道與開新的側重點是不同的。在編《翼教叢編》詆毀康、梁的蘇輿看來，《勸學篇》強調重心在“衛道”，稱“勸學數篇，挽瀾作柱”，對康、梁的學說就“辭而避之”，“專以明教正學為義。”而在當時的洋人看來，張之洞強調重心卻在“開新”。美國傳教士丁韙良便認為《勸學篇》的旨趣是“蓋謂日人之所以致強者，實因棄東學西，中國亦不可不改弦更張。”張之洞“權衡新舊”的姿態還使他得到了京內外一些官員的推崇，希望他入京主持大計。
在甲午戰爭失敗之際，張之洞就曾因不為朝廷重用，無法施展其才幹而發出過感歎。譚嗣同曾轉述過張之洞當時的一番議論：
無怪乎合肥（按：指李鴻章）之得誌也！遍觀中外大小臣工，學問非不好，品行非不好，即心術亦未必都不好，然問以大小炮數百種，後膛精槍亦數百種，形式若何，運用若何，某宜水，某宜陸，某利攻，某利守，某利山林，某利平地，其左右前後之炮界何在，昂度低度若何，平線若何，拋物線若何，速率若何，熱度若何，遠近擊力若何，以及水雷旱雷炮台地營一切攻守之具，無一人能知，且並其名亦不能辨，又況西人政事法度之美備，有十倍精於此者。某國當興，某國當拒，某國善良，某國凶狡，吾之聯之而備之者，其道何在，宜更無一人知之矣。稍知之者，惟一合肥。國家不用之而誰用乎？
按張之洞的看法，由於清朝官員中懂得洋務者寥寥無幾，才使得朝廷不得不倚重李鴻章，大有“世無英雄，遂使豎子成名”之感慨。言下之意，他自己比起李鴻章來說，不僅精通洋務，而且知道“西人政事法度之美備”，十倍精於軍事技術，頗有胸懷大誌而不得朝廷重用的遺憾。