其中，最張揚的當屬康、梁等維新派及帝黨殘餘勢力。他們斷然否定清廷發布所謂光緒病重消息，康有為信誓旦旦地作證，“一直到9月20日他離開北京前，光緒的健康情況都很好，所謂患吐血病等等，純粹是反對變法的旗人們造的謠”，目的是“預為篡弑，藉此以掩中外之口。”如果光緒遭到不測，那也是後黨幹的，“聖體不安，聞係因和飯服食玻璃粉所致。”康、梁黨人流亡異邦，雖然對載―命運極其擔憂，到底力不能及，隻有求助於列強“出麵幹涉”。
廢帝陰謀在統治集團內部也引起相當大的震動。兩江總督劉坤一首先出來發難。征醫詔頒發後，劉坤一旋即致電朝廷“皇上聖躬欠安，莫名企念”，表示對光緒健康的殷殷關切。當廢帝傳聞日盛時，他又徑電總署：“經權之說須慎，中外之口宜防。現在謠諑紛騰，人情危懼，強鄰環視，難免借起兵端，伏願我皇太後、我皇上慈教相孚，尊親共戴，護持宗社，維係民心。”還擺出一副冒死直諫的模樣聲明“坤一受恩深重，圖報無由，當此事機危迫之際，不敢顧忌諱，而甘緘默，謹披瀝具陳。”劉坤一感到，他遙居江寧，孤掌難鳴，需朝中有力人物的聲援方能奏效，而當時“朝局之樞紐全在榮相”，所以決意特別做榮祿的工作。榮祿，是協助慈禧發動戊戌政變的最關鍵人物。政變後，入軍機處，統武衛軍，晉大學士，但亦從這時起，其心態有了某種微妙變化，從帝黨的反對者一變而為光緒帝位的保護人。之所以出現這種變化，是因為戊戌政變後的榮祿已是一人之下，萬人之上，而這時的載―，徒享帝號，對榮祿已不再有多大威脅，但若廢棄，另立新帝，勢必引入新的權力集團，影響其既得利益。於是，“祿以諫阻廢立”，與劉坤一等“益相親”，二人內外相繼，演了一出雙簧。適慈禧曾就廢帝征求榮祿意見，榮祿不好當麵反駁，便別有用心地建議慈禧先征求劉坤一等地方大僚的意見，結果自在榮祿的預料之中，劉坤一以“君臣之義至重，中外之口難防”回複，榮祿又持坤一複電往見慈禧，使慈禧“懼而止”。
清廷的異動還引起列強關注。當時，英、日與俄、法各為兩大對立集團。戊戌政變被認為含有俄國背景。所以，英國對政變後的清廷，特別是對被認為有親英傾向的光緒的命運尤其注意。戊戌政變剛一發生，英國駐上海總領事白利南就致電英國外交大臣：“清宮政變已發生，光緒死了，西太後當政，新黨被打倒了。”接著，駐滬各國領事造訪了鐵路電報督辦盛宣懷，打探光緒近況。英領事當眾聲稱“最毒不過婦人心”，威嚇如有廢帝之舉，“中國必紛亂，各國不能默爾”，英國可以在一周內從印度調兵30萬來華。英國在華辦的報紙也以光緒為熱門話題，連篇累牘地發表言論。10月1日，《字林西報》發表“光緒帝”的專題文章，認為清廷的征醫舉措“完全是虛構的”，建議各國公使應該“提出一個不可抗拒的要求，覲見光緒一次”，以確證光緒的生死。6日，該報對各國一直沒有采取決斷行動來澄清事實感到惱火，它以嚴厲口氣質問：“難道世界各國沒有駐在北京的使節嗎……這些人都是被派遣到中國皇帝的宮廷中充當代表的，而不是被派遣到一個竊據中國宮廷的僭篡攝政那裏的，因此，明了他們奉使的對象究竟是否還生存，就當是一件無上重要的事情。”
在此情況下，列強開始訴諸正式外交行動。日本首相大隈電代理駐華公使林權助，指示他“勸告”中國政府，不要對光緒采取“過激的處置。”英國駐華公使竇納樂則以“半官方的身份通知總理衙門……假如光緒帝在這場政局變化之際死去，將在西洋各國之間產生非常不利於中國的後果。”外交恫嚇複伴之以軍事威脅。9月22日，英國艦隊從威海衛駛往天津大沽；10月9日，英、俄先派兵入京開進各自使館，中國政府向三國交涉撤兵未成；13日，清政府密令直隸總督榮祿，遇洋兵登陸，隨時阻止。武裝衝突迫在眉睫，清政府又突然軟了下來。15日，總理衙門大臣奕？等人約見竇納樂，通報“光緒的健康大為增進，且常和西太後一同聽政”，竇納樂並不相信這個通報，提出要親自“派一位外國醫生為光緒看病。並簽署一份光緒的健康證明書。”這是一項強硬而非分的要求，竇“預料他們不會執行。”但第二天，總署知會同意其建議。清政府態度的迅速改變，跟總署的首要人物慶親王奕？有直接關係。從當時撲朔迷離的跡象看，奕？對廢帝亦持反對態度。唐文治的《茹經堂文集》曰：“戊戌政變後，太後廢立之意已決，賴慶邸爭之而止。”稍後，劉坤一曾向榮祿發電祝賀：“仰見兩宮慈孝相孚，始終無間，我公與禮邸、慶邸從中調護，永保安全。”這裏講了清朝中樞反對廢立最重要的三個人：榮祿、奕？和首席軍機大臣禮親王世鐸。
18日淩晨，在竇納樂安排下，法國醫生戴瑟維在意大利使館翻譯馬？維西埃爾陪同下進宮為光緒看病，看視結果，“皇帝是有了微恙”，卻“沒有立刻的危險”。診斷書在總理衙門和外交使團間傳閱。竇納樂看後認為，這有利於“各國意見”，而不利於“慈禧及其黨羽。”果然，這個診斷結果很快就被劉坤一等所利用，劉就此詰難朝廷：“天下皆知聖躬康複，而醫案照常通傳外間，轉滋疑義，上海各洋報館持有護符，騰其筆舌，尤無忌憚，欲禁不能”，隻有“停止此項醫案，明降諭旨，聲明病已痊愈”，才能“以息眾喙而釋群疑”。這是釜底抽薪之計，聲明光緒身體很好，使慈禧廢帝無從借口。廢帝與反廢帝兩派勢力處於暫時膠著。
戊戌年間的廢帝謀劃招致各方反對，己亥（1899）年，慈禧采取了一係列措施預作防範。針對輿論鼓噪，1899年1月9日，清廷再發諭旨，重申“朕躬違和”，“現行升殿一切筵宴，均著停止”，“各國公使請覲賀年”的要求也被回絕。光緒脈案仍“按五日一權鈔發各省督撫閱看。”從1月28日開始，慈禧秘密在宮中挑選立儲之人，連日召見溥字輩幼童十餘人，反映其意向想從溥字輩中選儲。經過挑選，慈禧屬意於端郡王載漪次子溥雋。