第二期進攻：6月29日至7月16日，共19天。這次再攻使館，其由頭是西摩所率領的八國聯軍在廊坊受阻，退回天津邊緣，又遭聶士成的武衛軍痛擊，傷亡達300多人。信息傳至北京，慈禧大受鼓舞，她再次產生了打敗帝國主義及其一切走狗的鬥誌。
第二期停攻：7月17日至28日，共11天。這次停止攻擊，顯而易見的原因是天津失守。此時，西方各國守衛使館的士兵，傷亡已達150多人，占其衛兵總數的三分之一。但天津――北京門戶的失守，顯然嚇壞了慈禧，她急急忙忙，開始研究如何能夠與西方講和的事情了。
第三期進攻：7月29日至8月2日，共5天。這時，慈禧本已氣餒，但忽然好像來了救星，把她這個本已癟了的氣球又給吹圓了。李秉衡――前任山東巡撫，現任長江巡閱使，20年前，曾經領導福建軍民打敗過法國侵略軍――來到北京，自告奮勇，願為前敵，率領義和團截住八國聯軍，與其決一死戰。慈禧大為振奮，於是圍攻使館之戰再起。
第三期停攻：8月3日至4日，僅兩天。這次停攻，直接原因不明。此前一日，朝廷接受了李鴻章的建議：護送使館人員到天津，允許各國大使通電本國政府，並命令各督撫保護各地洋商教士教民。可能，停攻，是要向各國表示朝廷對李鴻章建議的重視和采納。
第四期進攻：8月5日至8月13日，共9天。此前一天，4日，八國聯軍（實為七國聯軍）開始從天津出發，向北京進軍。李秉衡率義和團在北京誓師，決與聯軍死戰。這次進攻使館，顯然是與敵決戰的一部分。
最後的停攻：8月14日。原因很簡單，八國聯軍已經打入北京，使館解圍。
毫無疑問，在對使館56天的打打停停中，上述事實是真實的和顯而易見的，當然值得重視。曆史從來都是根據真實而顯而易見的事實寫成的。然而，凡是顯而易見的事實，必是貧乏的事實。這同樣也是曆史的真理。
於是，人們開始尋找，那些同樣真實卻不貧乏，又能深刻洞悉決策者內心世界的事實又在哪裏呢？
8月15日，八國聯軍攻進北京的第二天，慈禧帶著光緒皇帝和不多的幾個大臣倉皇出逃，並在路上進行了一次次的反思。這些反思，被許多史家認為是虛偽的。這不錯。一個力圖保住自己性命的最高決策者，其反思，是竭力為自己的錯誤及愚蠢進行辯護的。但對曆史人物來說，這樣的辯護又是難得的，是其內心世界的展現。曆史學的偉大就在於：它不僅能從真實中得到真理，而且從半真半假甚至是偽造的史料中，經過去偽存真的分析，同樣能得到真理，甚至是更重要的真理。
後來的慈禧，確實反思過她利用義和團進行反帝戰爭的虛妄：
當大亂子起來的時候，人人都說那些土匪是義民，怎樣的忠勇，怎樣的有紀律、有法術，描形畫態，千真萬確，教人不能不信。後來又說京外人心，怎樣的一夥兒向著他們；又說滿漢各軍，都已與他們打通一氣了，因此更不敢輕說剿辦。
後來接著攻打使館，攻打教堂，甚至燒了正陽門，殺的、搶的，我瞧著不像個事，心下早明白，他們是不中用、靠不住的。但那時他們勢頭也大了，人數也多了，宮內宮外，紛紛擾擾，滿眼看去，都是一起兒頭上包著紅布，進的進，出的出，也認不出誰是匪，誰不是匪了，一些也沒有考究。這時太監們連著護衛的兵士，卻真正同他們混在一起了。就是載瀾等一班人，也都學了他們的裝束，短衣窄袖，腰裏束上紅布，氣勢洶洶，呼呼跳跳，好像狂醉一般，全改了平日間的樣子。
載瀅有一次居然同我抬杠，險些兒把禦案都掀翻過來。
這時我一個人，已作不得十分主意，所以鬧到如此田地。我若不是多方委曲，一麵稍稍的遷就他們，穩住了眾心，一方又大膽地製住他們，使他們對著我還有幾分瞻顧；那時紙老虎穿破了，更不知道還鬧出什麼大亂子，連皇帝都擔著很大的危險。
慈禧對她當時心態的描畫，基本是真實的。水可載舟，亦可覆舟，帝王古訓，時刻在心。隻是有時昏了頭，便隻想到其載舟的功效，忘了其可能覆舟的危險。這時，水不再是水，而變成下山的老虎，其勢不可阻擋。義和團進京前，她還不相信這樣的危險，認為對義和團的負麵效應，不值得驚怪，所謂“一紙嚴詔即可消弭”，就是其極為自信的表示。
但她終於發現，義和團搞破壞的本事比他們打仗的本事大多了。她是哪一天發現這一“真理”的，很難考證確實。但她身邊有一小太監，總想在太後麵前討好，每當聽到槍聲，便向太後道喜，說：“又殺了一個洋鬼子！”太後起初還很歡喜，但很快就聽煩了，說：“這幾天，光聽槍炮的聲音，足教殺盡洋人多次了，然而總沒有那一回事！”許多事情，開始的時候很棒，但很快就後悔不迭。進攻使館的事情就是如此。
關於義和團究竟已經鬧成了什麼樣子，慈禧也提供了一條很有趣的史料：
他們一會子甚至說宮裏也有二毛子，須要查驗。
我問：“怎樣查驗？”
他們說：“如係二毛子，隻須當額上拍了一下，便有十字紋發現。”
這些宮監、婦女們，了不得的惶恐，哭哭啼啼，求我做主。
但我也犯不著向拳匪去講人情；我想阻止他們又不對，萬一阻止不了，那更不得下台。
因此，我教他們盡管拍去，果然拍出十字來，也是命數，這何須怕得。如若胡亂枉屈人，那神佛也有公道，難道就聽憑教下徒弟們冤殺無辜不成？
後來出去查驗，也是模糊了事，並沒有查出什麼人。
他們心中明白，得了麵子，也就算大家對付過去，還了我的麵子。
你想這樣胡鬧，還講什麼上下規矩麼？
看來，革命革到自己頭上的滋味，自己也很難忍受。但最重要的問題是，慈禧是在什麼時候“幡然醒悟”，從過去的相信義和團神術變為不得不忍受義和團的動亂的？這個時間表極為重要。它將解釋同一事件發生過程的不同認知邏輯。
八國聯軍攻入北京後，慈禧雖然“倉皇出逃”，但並沒有忘記及時把一切不利於自己的“證據”，放一把火，悉數銷毀。因此，進攻使館期間的所有上諭、慈禧與地方大臣們的通信，在紫禁城的檔案庫中，忽然全沒了。但她似乎忘記了，紫禁城內的“證據”可以銷毀，她已經寄出的電報、上諭卻還在別人的手裏。
有兩份慈禧親自秘密發出的電諭居然就這樣保留了下來。一份是發給李鴻章的。此時的李鴻章，大清朝最熟悉外交事務的大臣，早已被她趕到了南方，擔任了兩廣總督。但戰事一起，她便連發上諭，希望李鴻章回到北京，以他的經驗，來與洋鬼子進行外交周旋。但李鴻章的要求是先停戰。否則，他來了也沒用。可能，李鴻章給慈禧的奏折中，話裏話外的，指責慈禧太後相信了義和團的邪術，所以才把局麵弄得如此不可收拾。於是，6月26日，才有了慈禧給李鴻章如下密電（譯文）：
我真是沒辦法：這次義和團的起事，在幾個月的時間裏，北京城到處蔓延，已是無處沒有義和團啦。他們的人數之多，不下十數萬，自兵民以至王公府第，處處皆是，同聲與洋教為仇，勢不兩立。在這種情況下，你說我該怎麼辦呢？如剿殺義和團，一下子就會禍起肘腋，生靈塗炭呀！因此，我隻能因勢利導，先使用他們，慢慢地，再試圖挽救大局。你在奏折中說這是相信了義和團的邪術，企圖靠這邪術來保衛國家，看起來，你似乎並沒體諒朝廷在這種局勢下的萬不得已的苦衷呀！