就因為這封信，毓賢被稱為水晶般純潔的理想主義者。但曆史將會證明，有時候，一個身居高位者的信仰和理想主義，比最庸俗的現實主義政治家和最瘋狂的恐怖主義者，帶來更多的災難，造成更多的流血。這種具有真誠的信仰、真誠得如癡似醉的人物出於最高尚的意圖，一心改造世界，改善世界。但往往正是這樣的人物，一手促成了他們自己也覺得可憎可厭的屠殺和苦難。曆史學家以驚異的眼光注視著這樣的矛盾景象：這種人懷著一種迷信的、忘我的愛，忠於朝廷，同時，殃及萬民。
接到毓賢的密信後，載漪、剛毅歎為義士，儼然倚若長城。而毓賢果然不負上望，在山西大幹了一場。
他命令太原的鑄造工人精製鋼刀數百柄，分別賜給義和團員的子弟，刀環上都刻有“毓”字，呼喚這些孩子們到官署來，站好隊，像皇帝曉諭大臣一樣，諄諄地教誨他們：“你們要仇殺洋教，要所有的人都一條心，千萬不要辜負我的教誨呀！”
忽然，一個兒童團員嚷道：“我要錢！”又一個竄出了隊列，坐地上哇哇大哭，也嚷著：“我餓了！”周圍官員麵上大驚，心裏竊笑，一齊把眼光掃向毓賢：“如此胡鬧，看你怎麼辦？”
毓賢不驚不躁，呼喚下人，“給他們拿吃的”，並且，“賞錢！”
他對周圍的官員說：“這些兒童團，都還天真未鑿。但我們要培養他們具有忠勇之氣。這要慢慢來，現在不宜拿禮節上的事情來要求他們呀。”
然而，後麵發生的事情他卻沒有想到。
他賞賜了兒童團，把這些手裏拿著糕餅、兜裏揣著銀錢的孩子們送出署衙，忽然發現，那隊伍大大地擴充了。那是山西的無業遊民們，他們拍著巴掌，跟在兒童團的後麵，一個個豔羨垂涎。動亂時代，就是挑擔負販者，終朝勞動，也難獲一飽，於是都推擔而起，四處宣揚：“為什麼不參加義和團呢？走啊，去參加呀！參加了義和團可以馬上富貴啦！”
於是撫署門前，愈集愈眾，人們紛紛要求加入義和團，實際上是紛紛來要飯吃。終於應接不暇，毓賢也覺得煩死了。
請神容易送神難。義和團自稱自己是神仙，但卻是要吃飯花錢的神仙。毓賢的如意算盤是，花幾個小錢，做一個樣子，就能把山西的義和團組織成偉大的反洋部隊。但他忽然發現，那“幾個小錢”簡直就是個“無底洞”。而且，要他把自己的家產拿出來組織義和團，不啻是抽他的血，割他的肉。於是，他命令各州各縣分給義和團錢米，至於他自己，“不複直接供應矣”。拿別人的錢，那是別人的血，別人的肉，自己不疼。
然而，抽誰的血誰叫，割誰的肉誰疼。州官縣令雖敢怒不敢言，但想方設法應付義和團的辦法總是有的。終至於“毅然不與”，導致義和團沒打洋人，先圍府署，縱團滋擾，洶洶不休，最後要火廬殺人。
如此引火燒身，不是辦法。毓賢苦思冥想，忽生一計。
一天，毓賢“請義和團大師兄入署”。據說綠輿朱蓋，尊若貴賓。那大師兄亦居之不疑，入署後，與毓賢大人分庭抗禮。
茶過一巡，毓賢忽然離開寶座，向義和團大師兄長揖就教：“義和團者，乃殺洋教而救黎民也。未救民而先擾官，必非長久之計。總要有個長治久安的辦法呀！”
此時，朝廷還沒有向各國宣戰，義和團也還是非法組織。但毓賢的舉動，卻使山西的義和團明白了他的意思。
那位大師兄於是說：“那好吧，我看這麼辦：以後我們專門進攻有洋人的地方。得到洋教士的家產和教堂財產後，拿出十分之三賞給立下首功的人，十分之三平均分配各兄弟，剩下的十分之四嘛，那就是由我掌握的公款了。這個辦法實行以後，您所謂的獎勵義和團，也就是許以我們‘便宜行事’就行了。但您要通令各地方官，我們的行動，不許加以幹預。這樣一來，我們的餉項充足，此所謂‘取鬼子不義之財，供同胞倡義之費’，一舉兩得。從此，我們就用不著麻煩您來撫恤我們義和團啦！”
毓賢一聽，大喜，稱讚說：“這個辦法有理。果然天誕奇才，安內攘外，保佐大清，此國家之福也！”
很快便是6月。義和團在直隸起事，並向北京進發。最初，總署（外交部）未能領會中央精神，也無從得知宮廷內部的政治陰謀，仍然按照國際法慣例，請求朝廷保護各國使館，保護教士教民，以免召來外國幹涉。對此，中央模棱兩可，而總署主外交，不得不次次請旨，要求保護教民。於是朝廷同意向各省發出廷寄。
在清朝，中央各部給地方發出的指示，稱為廷寄。
廷寄到了山西，毓賢看後，立刻擲之於地。他說：“這肯定是漢奸做的事情！老佛爺肯定不同意這樣做。而且端王、剛毅先前也不同意和鬼子講和。他們怎麼會這樣的先後矛盾呢？！”
果然，第二天，載漪和剛毅的密函便到了山西，要求毓賢不必理睬總署的廷寄，“你的任務是庇護義和團，痛除洋賊！”
毓賢為自己的政治判斷洋洋得意，對家人說：“怎麼樣？還是我對！他媽的，我差點讓那些漢奸誤了我的前途！”遂命官兵和義和團大焚教堂，殺教士。史載，太原此舉為全國各省首倡。
太原屠城開始了。
先是放火。
義和團高舉火炬，向著洋教堂進發。所有的教堂都被焚燒了，煙焰滿城。毓賢登高觀之，歎曰：“天意也！”
他身邊的營官怕火勢殃及百姓，請求施救。毓賢大怒，斥道：“你是個什麼東西！居然敢違抗天意嗎？！”
天意也須人為。庚子年間，義和團焚殺之慘，實推山西為最。這原因很簡單，在別的省份，燒殺搶掠，大都是義和團自主行動，力小而弱，惟山西則巡撫毓賢親自指揮，其力厚而強。
那天是7月9日，太原所有的教堂、醫院、育嬰堂被焚燒後，洋人和中國的教民逃出，要求保護。毓賢答應了。他要求所有的教士、教民，齊集一處，然後，下令關閉城門，禁止教士出入，所有的道路上行走的人，都要遭到搜身，隻要有佩戴十字架的，一律逮捕。估計再無漏網之魚，便命令把所有的教士，無論老幼，齊集鐵路公所，以兵圍守。毓賢告訴他們：這是為了保護他們的生命，很快就會把他們護送到北京去。眾人都歡呼起來。
忽然，數千士兵衝入鐵路公所，把教士驅趕著，來到撫署。隻見毓賢自坐堂皇，厲聲問案，盡數教士惑眾之罪，命即日行刑。
那天，毓賢親自處決了44名外國人，包括婦女和兒童，梟首懸城門示眾。曆史記載：在山西，被殺人數總和為：外國人130名、中國教民2000多名。山西外國人喪生數目在各省份中最高。
有一些太原屠殺的鏡頭被目擊者記載了下來。
太原大教堂中，有一個英國教士，為毓賢誘擒後居然逃出。他求救於民眾，一邊大聲哭嚎，一邊訴說：“過去，山西省遭了大饑荒，赤地千裏，我拿出我的家產五六萬元，救活了好幾千你們中國的老百姓。我對你們山西，不能說沒有功勞呀！我救活了你們幾千中國人，難道就換不來我的一條命嗎？！”
當時，周圍有許多被他救助過的普通老百姓，聞之無不泣下。但左右都是義和團，正在高呼“殺洋人”的口號，鼓興若狂。因此，無一人站出來為那位洋教士說話。所有的人都怕禍害及己。最後，眼睜睜看著那教士被義和團亂刀砍死。
無獨有偶。還有一個英國婦女，懷抱嬰兒逃出，被士兵追及。她跪在道路上泣說“我是個醫生，所做之事，無非治病救人。被我救治的中國人，每年都有數百人。我請求你們，免我母子一死吧！”話音剛落，一個士兵挺長槍擊之，並把那母子推到火中。烈焰騰起，那嬰兒在烈焰中一聲哭嚎，立刻無聲，那婦女奮身複出，被士兵再推入火中，終與她的孩子一同化為灰燼。