本來，李秉衡到北京，也是承擔著促使朝廷和談的使命的。他的職務是巡閱長江大臣，駐在南京。北京事變後，他接到“赴京晉見”的諭旨。兩江總督劉坤一不失時機，請他到北京後，敦促太後與西方和談。李秉衡答應了，並在主和的南方督撫奏折上簽上了他的名字。
然而，到北京不到兩天，他便改變了他的初衷。他看到，北京權力的天平，早就倒向主戰的載漪一邊，而載漪也不失時機地拉攏李秉衡，讓他投入自己的懷抱。李秉衡感覺到了權力的溫暖，立刻變了嘴臉，公開放棄了信仰。
當慈禧召見他時，詢問他的政治態度，他堅定地回答：“戰之！義和團是可以信賴的。”慈禧拿出了有他署名的奏折，問他何以出爾反爾。他眼睛都沒眨一下便說：“這是張之洞擅自盜用臣的名字。臣從來不是他們一夥的！”
如此恬不知恥的背叛，並非李秉衡一個官員的秉性。這幾乎是一切專製條件下官員的特征。他們叛離自己的信仰的時候，從來不是小心翼翼、慢慢吞吞、難為情地、悄悄地離開。不是這樣的。他們是在青天白日，冷笑著，以一種觸目驚心的自信，直截了當地投向昨天的敵人，並且立即學會了敵人的語言和論據。他們眼裏隻有一條：永遠和最高權力保持一致。他們的背叛，由於變化疾速，透露著一種讓人震駭的膽氣。說什麼要有良心，這話是欺騙老百姓的。老百姓們於世俗之見沾染太深，總覺得有些事情是好的，有些事情是壞的。但官員們可不這樣看待事物。他們不需要這些無聊的善惡之念、是非之分。他們在決定當官之前，已經徹底抹殺了良心。
說起來，李秉衡雖然缺少信仰，但至少還有膽氣。他跟著載漪成為破壞和談的政治力量，但當北京城破之前，他以生命為北京擋了最後一擊。
7月26日，朝廷下旨：命李秉衡幫辦武衛軍事務。
8月7日，聞聯軍攻占蔡村，逼近北京，李秉衡請求率領義和團出戰迎敵。《庚子國變記》載（譯文）：
那一天，李秉衡在北京誓師。他請出三千義和團民跟從他出戰，親自向義和團的頭領叩拜。義和團們手中拿的兵器有：引魂幡、混天旗、雷火扇、陰陽瓶、九連套、如意鉤、火牌、飛劍。稱之為“八寶”。
那天，所有的義和團幾乎都來了，聚在那裏的有數十萬人。李秉衡稱之為國家“勁旅”。
誓師之後，這支義和團部隊浩浩蕩蕩向蔡村進發。然而，這支數十萬人的義和團部隊，沒有任何史料可以證明他們與西方聯軍進行了戰鬥。所謂交戰，《庚子國變記》中隻有一句話：“聞炮聲，一軍皆潰。”此後還有句話：“拳匪殺平民無數而歸”。他們殺到北京城外去搶劫老百姓去了。
他們當然也有被殺的，那既然不是戰鬥，而又死人無數，那麼隻有一種解釋：在這場戰爭中，戰死少，屠殺多。
屠殺者自然是西方聯軍。據聯軍記錄，那所謂的戰場，實在是屠殺場：
到處全是死馬和死人，層層疊疊，顛倒縱橫，駭人心魄。死人死馬把那條路填得和曠野一樣高，和路邊一般平，正像一升量得滿滿的粟米。上層是一堆屍體，底下是一條血河。血一直流到北京城邊，在護城河裏積成了一個大血泊。那屠殺便是由這樣的密度造成的。舉一個例子，一個將軍把他的佩劍交給一個殺人不眨眼的士兵，那士兵受了劍，立刻殺了311個俘虜。
李秉衡沒有被屠殺。像總督裕祿一樣，他是自殺的，“飲藥而死”。但他的死事尚不如裕祿。沒有一口現成的棺材在他的死地等待他。他死後屍骨無存。
8月8日，西方聯軍抵達蔡村。日軍第一個到達。這時，北京一使館密使偷出京城，帶來一封書信：
目前，北京使館內，除德國公使外，各國公使們總算還活著。隻是如今糧食將盡，被困者生命危在旦夕，況且敵人的攻擊一天比一天激烈，因此急切盼望援救軍早一天到來。
日軍統帥福島少將立刻向其他聯軍報告了北京公使館情況，並提出請求，改變預定的作戰方案，迅速向北京進軍。各國軍官同意日軍的請求。福島少將立即寫好回信交與密使先行帶回：
日本及其他聯軍於8月5日將北倉附近敵人清除，6日占領楊村。日、英、美、俄聯軍於當天從楊村出發，北進途中於午後8點20分在南蔡村接到來信，得知北京詳情，萬幸的是大多數公使及以下人員安恙，正急盼聯軍解救於苦難之中。我師團長以下群情激奮。如果聯軍進展順利，那麼9日可以到達碼頭，11日到張家灣，最晚12日抵達通州，比預定進攻北京的時間14日提前兩天。
（8月8日於蔡村北34公裏磚廠福島少將）
12日，聯軍準時到達通州城外。一路上有零星的戰鬥，但幾乎沒有嚴重的阻力。這使西方聯軍感到奇怪：通州，北京城外最後的屏障，從這裏到北京外城，隻剩下不到20公裏。
40年前的1860年，英法聯軍在中國官員們打出的停戰旗幟下進入此城。巴夏理爵士和其他6個人被送了進去。但中國士兵緊緊包圍了他們，把他們用繩子捆起來，扔到大車裏，繼而尖叫著把他們從大石頭鋪的大路上運到北京，投進監獄。這一事件的後果是：英法聯軍攻入北京，並火燒圓明園以示報複。
但這一次，中國方麵沒有采取這種誘敵深入的戰術，隻在通州城外，發現了一個可怖的情景：一根木杆上，懸著4顆中國人的頭顱。聯軍猜測：那可能是落到義和團手中的中國基督徒。
這時，8月12日淩晨3點30分，日軍前衛部隊來到城門前，其他部隊亦成戰鬥隊形散開。然而，未遇任何抵抗，隻有城門緊緊關閉著。
一個工兵連用炸藥炸開了城門，4點30分，全部聯軍開進了通州城。
通州城內，大部分居民都已將門閂上。幾小時後，日本兵帶頭破門而入，其他聯軍士兵立刻仿效。到下午，大街小巷均遭破壞，黃昏時分，死亡的中國人已是橫屍遍地。一個中國青年，跛著腳走路，神情遲鈍，徘徊在街頭乞食，忽然發現地上一件新衣，是清兵丟棄的，於是將衣服拾起高興地穿上，在大街走。他被日本士兵抓住，遭一頓痛打，手腳捆綁，被拋到一個路口。過了幾小時之後，他死了。
酷烈的太陽光下，到處都是迅速腐化的馬的屍體，正在蠕動的大量蛆蟲，燃燒的房屋，遠處街上的居民――幾乎所有人――見到洋人走近，無不四散驚逃。沿路處處可見靠牆上吊、血跡斑斑和身首異處的屍體，還有玉皇大帝的神像。一條斜街上，大部分房屋都被毀壞，一條可愛的小狗，站在一所被焚毀房屋的台階上，顯得哀傷而又不安，不停地朝四處張望，顯然正在等待下落不明的主人。
一個西方記者騎馬來到這條街上時，看見了這隻小狗。他下馬，從衣袋裏掏出幾塊餅幹，想方設法喂它，但它不吃。又誘它喝水，它還是不理睬。“這可憐的小動物看上去餓極了，也很悲痛。但它堅決拒絕離開它的家。我真想把它帶在我身旁。再也找不到這般可愛忠實的小狗了。”
那天，這位隨軍記者向美軍統帥蓋斯裏將軍建議：“今天晚上點一個巨大的篝火，讓北京城裏的人們看到，心中發生恐懼。”
他對將軍說：“這樣一來，我想明天早晨，你們就不需要打什麼仗。”
將軍回答說：“啊，你知道，我們不願激起45000萬中國人的反抗。”