7月22日，袁世凱發布了一個千餘言的公報，宣布“討伐令”，誣李烈鈞等“勾煽叛兵，僭竊土地，擅行宣布獨立，破壞民國之統一，擾害地方之治安”，並言稱：“湖口、徐州等處暴徒倡亂，政府為整肅紀綱，維持國本起見，不得不以兵力勘定，迭經先後布告。本大總統躬承國民付托之重，值此變出非常，蕩平內亂，責無旁貸，耿耿此心，當為我國民所共諒，各友邦所悉知”。當袁向南方大舉用兵之時，孫中山致電袁世凱，對他的種種借口給予有力的揭露，電文說：“文於去年北上，與公握手言歡，聞公諄諄以人民國家為念，以一日在職為苦。文謂國民屬望於公，不僅在臨時政府而已，十年以內，大總統非公莫屬，此言非弟與公言之，且對國民言之……何圖宋案發生以來，證據宣布，愕然出諸意外，不料公言與行違至於如此，既憤且懣；而公更違法借款，以作戰費，無故調兵，以建戰禍，異己既去，兵釁仍挑，以致東南民軍，荷戈而起，眾口一辭，集於公之一身……為公仆者，受國民反對，猶當引退，況於國民以死相拚！殺一無辜以得天下，猶不可為，況流天下之血，以從一己之欲！公今日舍辭職外，決無他策；昔日為任天下之重而來，今日為息天下之禍而去，出處光明，於公何憾……若公必欲殘民以逞，善言不入，文不忍東南人民久困兵革，必以前此反對君主專製之決心，反對公之一人，義無反顧”。同時向北京參議院、眾議院、國務院各省都督、民政長、各軍、師、旅長等發出通電：“……大勢至此，全國流血之禍係於袁氏之一身，聞袁氏決以兵力相待，是無論勝敗，而生民塗炭，必不可免……諸公維持民國，為人民所攸賴，當此人民絕續之際，望以民命為重，以國危為急，同向袁氏勸以早日辭職，以息戰禍！倘袁氏執拗不聽，必欲犧牲國家人民，以成一己之業，想諸公亦必不容此禍魁！文於此時，亦惟有從國民之後，義不返顧。”當時，袁世凱借款到手，便更加氣勢洶洶，戰事已不可免。
“二次革命”從江西開始。7月12日拂曉北洋軍步兵第二十四團團長張敬堯率軍向贛軍發動攻擊，贛軍以一連應戰，一舉獲勝，俘虜北洋軍百餘人，槍支百餘枝。贛軍雖然旗開得勝，但北洋軍增援後，大舉猛攻，相持十餘日，湖口要塞司令陳建訓被袁收買，於7月24日晚令炮兵反擊贛軍，贛軍前後受敵，不得已遂放棄湖口，李烈鈞雖戮力抵抗，但要塞已失，江西已無險可守，8月18日南昌也失陷了。
江西和南京是北洋軍進攻的兩個主要目標。7月15日，黃興據南京組織革命軍宣布獨立，進兵淮北，但由於馮國璋、張勳同時進攻南京，戰爭開始時黃興就信心不足。7月26日，黃興發表聲明說：“我軍餉糈械彈均缺，或當不免一敗。雖我方有各省響應，同具決心，可破全國，非袁世凱所能抵禦；然興以此實不徒無益，而且有害。我如奮鬥到底，將使大好河山遭受破壞，即獲勝利，全國亦將糜爛，且有被列強瓜分之虞”。加之戰鬥較為激烈艱苦，戰事失利，黃興於7月29日，即乘日輪離寧赴滬，轉赴日本。原任江蘇都督程德全返回南京，宣布效忠於袁世凱。10日後，國民黨員何海鳴發動兵變，再次宣布獨立，奮力抵禦袁軍。8月2日，報紙上發表了袁世凱的通令，要求各地傳訊國民黨幹事人員，並限於三日內表明態度，否則以法相待。9月1日，南京被張勳、馮國璋等軍攻陷，“各軍入城後，大肆劫掠，商民之家，無一能免，甚有連劫三、五次者。”由於討袁軍在軍事上的失利，原來宣布獨立的各省又相繼宣布取消獨立，隨著南昌失守和南京被袁軍攻占，江西、南京的反袁戰爭至此告終。“二次革命”也最後失敗了。
“二次革命”是民國成立後以孫中山為首的資產階級民主革命派為挽救資產階級民主共和製度進行的第一次南北戰爭。袁世凱在戰爭中獲得了勝利，消滅了國民黨僅有的一些地方實力。其更大的惡果是使北洋軍的勢力伸張到長江流域，除了廣西、貴州、雲南、四川外，其他各省都成了北洋軍或其附屬軍的征服地。桂、黔、滇、川四省之所以未被北洋軍侵入，一來是這四省都督不屬國民黨係，而更主要的不過是鞭長莫及等待適當時機罷了。地盤的擴大，刺激了北洋軍的大舉擴充，北洋軍的番號越來越多了。
這次戰爭是在突起中突落，從7月12日湖口起事到9月1日南京失陷，前後不到兩個月。因為這次戰爭的主要地區是江西和南京，所以曆史上又稱它為“贛寧之役”。
“二次革命”失敗的原因，有些著作分析是由於善後借款“成立之功”，蓋一則因此籌出重大之軍費；二則得借五國政府之外援，有以致之也。這固然是原因之一，但是，主要是因為國民黨本身存在著嚴重的弱點。這時的國民黨已經拋棄了過去的革命方略和革命綱領；以妥協乞好於敵人，成為官僚政客進行政治投機的集團，因此造成內部渙散，意誌不統一，這樣使自己從群眾中孤立出來，完全喪失了可靠而有力的支持，成為一種政治點綴品。因之，一遇事情發生，便求告無門：在國會鬥爭中，受壓於袁世凱反革命勢力支持的進步黨；在討袁戰爭中，主要靠單純的軍事行動，而沒有群眾運動的支持和配合，再加上內部步調不一，指揮失當，結果隻有失敗一途。孫中山在致黃興的函件中指出“二次革命”失敗的原因是：“癸醜（二年）之役，文主之最力，所以失敗者，非袁氏兵力之強，實同黨人心之渙散。”孫中山的分析是觸及到了問題的症結的。
“二次革命”失敗後，袁世凱的反革命逆流更為高漲。孫中山被迫流亡日本，繼續策劃反袁鬥爭。
第二節 袁世凱賣國激民憤，大獨裁暴行遭天譴
日本獲得五路承築權後，如同把一束吸血管插在滿蒙心髒，暢所欲為地吮吸著中國的資源。
至此，袁世凱獲得在列強卵翼下的“合法”地位。
中國曆史上第一次正式的“民主”選舉竟是這樣一次荒唐絕倫的奇觀。