藥品監督管理貫徹“嚴格準入、科學監管、依法查處、轄區責任”的監管方針，“消費放心、用藥安全”的良好環境得到進一步鞏固。啟動實施了對本市生產的基本藥物進行全品種電子監管。建立華北五省（區、市）藥品監督稽查執法聯防協作區。實施“百萬家庭安全用藥行動計劃”。開展對非法買賣含麻黃堿類複方製劑行為的專項整治。加強對“黑診所、黑藥店”的治理，全市治理覆蓋率達到100％。探索藥品、醫療器械、保健食品廣告監測綜合監管模式。開展非藥品冒充藥品和“網絡售藥”專項整治行動。偵破“北京普益堂中醫藥研究院製售假藥案”等一批大案要案。落實藥品再注冊工作，啟動了醫療機構製劑再注冊和標準整頓工作。開展急救、冷僻藥品儲備工作。
中醫藥工作深入開展公立中醫醫院特色回歸年建設。加強大型醫院的中醫藥服務，在全市68家二級及以上公立綜合醫院設置中醫臨床科室和中藥房。基層醫療衛生服務機構提供中醫服務的工作得到進一步完善。在二級以上中醫醫院恢複中醫兒科的工作得到落實。以北京中醫醫院為試點，推廣中醫適宜技術的應用，啟動“小膏藥”等中藥傳統製劑。開展首都軍地共建綜合醫院中醫藥工作示範單位創建活動。加強中醫藥繼承、創新和人才隊伍建設，深入落實“51510科技工程”，深入開展“薪火傳承3＋3工程”，加強中醫藥人才梯隊建設。推廣“產學研用”一體化中藥科技創新模式，加快“金花清感”新藥的研發，啟動“十病十方”中藥研發項目。經國家中醫藥管理局批準，東城區正式成為國家中醫藥發展綜合改革試驗區。擴大首都中醫藥對外交流與合作，舉辦首屆北京中醫藥國際論壇。開展一係列中醫藥文化宣傳推廣活動。
衛生科教、人才和人事工作進一步加強實驗室生物安全管理，組織實驗室生物安全市級師資培訓班，對全市各相關單位的實驗室生物安全管理骨幹近200人進行了強化培訓。首發基金資助各類項目447項，資助總金額達6114.86萬元。製訂市屬醫療衛生科研院所公益性科技發展規劃。加強重點學科建設，啟動“北京市朝陽區艾滋病和病毒性肝炎等重大傳染病綜合防治示範區建設研究”國家重大專項研究項目。
培養基層衛生人員。全年有128名在基層衛生機構全科醫生崗位上工作的人員參加了全科醫生轉崗培訓，完成基層衛生人員在崗培訓9412人，社區衛生人員崗位培訓4550人，鄉村醫生培訓4862人，124名區縣級醫院的專業骨幹在三級醫院接受培訓。進一步完善住院醫師規範化培訓製度。建立屬地化管理和統一培訓模式。成立北京市畢業後醫學教育委員會，整合以北京大學、協和醫學院和首都醫科大學等為代表的多種培訓體係（軍隊係統也參與培訓工作）。實現“應培盡培”的階段目標。2010年，本市所有新分配的1300名醫學本科及以上畢業生均參加了住院醫師規範化培訓。全市住院醫師規範化培訓基地達235個，在培住院醫師總數3300人。加強全科醫師規範化培訓，對在培的全科住院醫師進行了2期集中理論知識培訓，共培訓學員210人，新招收全科規範化培訓住院醫師65人。