自聯合艦隊司令部的主要幹部在從帛琉向菲律賓轉移途中殉職（見後述）之後，直到5月初任命新司令長官豐田副武大將以前，臨時由蘇臘巴亞的西南方麵艦隊司令長官高須四郎中將擔任聯合艦隊的指揮。
這時，在馬裏亞納、加羅林方麵，第1航空艦隊正在一心努力完成作戰準備。而中部太平洋艦隊正在指揮第4艦隊、第14航空艦隊（以第22、第26航空戰隊為基幹）及陸軍31軍加強中部太平洋方麵的防備。澳北方麵的防務，由西南方麵艦隊承擔。3月1日編成的第1機動艦隊的主力在新加坡及林加方麵，其部分兵力正在國內努力訓練和準備下一步作戰。
另方麵，看來敵軍正在迅速加強美基羅等前進根據地，由此判斷，敵軍企圖在不久的將來要發動大規模的攻勢。在這種情況下，日本海軍首先要解決的問題是：殲滅敵軍反攻的核心、以航空母艦為基幹的敵機動部隊，為此，早就在窺伺有利的時機。
大本營海軍部早在3月份就起草了一個設想在敵軍來攻之前，在前進根據地美基羅先發製人地奇襲敵機動部隊主力的“雄”作戰計劃，已在與聯合艦隊司令部聯係。它的要點是，以我第1機動艦隊及基地航空部隊的大部分飛機約1千架和潛艇部隊，於5月上旬或中旬，由國內的東麵出擊，主要是由小笠原、南鳥島及威克島方麵向美基羅進攻。但這項計劃由於3月末聯合艦隊首腦部遇難，不得不停止實行。
5月初禦前圖上模擬演習時，軍令部總長說明的敵情判斷大致如下：
敵軍對日的主要作戰，是由太平洋中部及東南方麵向菲律賓的進攻戰。敵軍可能企圖通過這次進攻戰，突破我防禦線，誘殲我艦隊；並進一步策劃以中國本土為根據地，直接空襲我國本土，切斷我國本土與南方資源地區之間的交通要道，借此斷絕我戰鬥力來源，奪回南方重要地區。
為此，敵軍將密切從太平洋中部方麵進行的進攻戰與從東南方麵進行的進攻戰這兩方麵的聯係。從所羅門方麵開始進攻的哈爾澤麾下的南太平洋作戰部隊，己與從澳洲、新幾內亞方麵進攻的麥克阿瑟麾下的軍隊彙合。在最近的查亞普拉進攻戰中，斯普爾安斯麾下的太平洋中部作戰部隊似乎也參加了。
隨著敵軍在新幾內亞北岸擴充地盤，我方在特魯克、美列溫、帛琉等地的空軍基地就成了敵軍補給上的障礙。因此敵軍加緊以大型飛機進行連續攻擊或反複以機動部隊進行空襲，企圖進行一場攻占這些要地或使這些地區陷於癱瘓的作戰。
當戰線指向菲律賓時，估計敵軍將不借付出一些犧牲也要奪取攻防上最重要的作戰地區西加羅林，特別是帛琉與雅浦。因此，3月末敵機動部隊對該地區進行的空襲，在企圖攻擊我艦隊的同時，也可能有強行偵察的意思。
敵軍對馬裏亞納及小笠原南部地區的作戰，可能是企圖以切斷我馬紹爾、東加羅林方麵的補給路線或直接空襲日本本土乃至誘殲我艦隊為目的。但攻占這兩個地區，要付出很大犧牲，而且攻占以後又不易固守，因此可能企圖在首先削弱我基地航空兵力之後，再行進攻。
敵軍為了配合完成上述主要作戰，或乘主要作戰的間隙，對東北、印度洋、澳北等方麵進行輔助作戰。
此外，在進行以上各項作戰的同時，敵軍將愈益加強以潛艇和飛機進行的交通破壞戰；還可能企圖進行由中國或前進基地出動的空襲戰和以機動部隊進行的直接空襲日本本土的作戰。
大本營尤其是海軍部認為，現在日本海軍因過去的消耗戰，戰鬥力逐步下降，造成敵我戰鬥力相差懸殊。在這種情況下，想阻止敵軍反擊、一舉打開戰局的唯一辦法是，迅速整備並集中使用決戰兵力，尋求與敵進攻部隊進行一次大決戰，特別是殲滅敵機動部隊。自4月上旬以來，同陸軍合作，著手準備研究這一計劃。
陸海軍兩統帥部於4月末製定出這一計劃，於5月2日上午9點半開始，約經兩個半小時，在宮中大本營，在大元帥陛下親臨之下，進行了禦前研究。島田、東條兩總長為統裁官，主要負責向天皇說明。出席人員有兩次長、兩作戰部長及兩作戰科長。其他兩作戰科的主管人員在旁等候。兩總長向天皇說明之後，後宮參謀次長向海軍部質問下列事項：
一、敵軍如果企圖在5月下旬以前或以後，攻占比阿島方麵或美列溫方麵時，是否進行決戰？
二、敵軍向馬裏亞納、西加羅林、新幾內亞三個正麵全麵進攻時，如何指導決戰？
三、為了進行主要決戰，海軍方麵對於陸軍的作戰特別要求的事項是什麼？
接著伊藤軍令部次長向陸軍部質問下列事項：
一、按照本作戰指導方針作戰時，對特魯克、馬裏亞納、薩雷臘灣、烏頭半島等地區的地麵防務的自信程度如何？
二、在進行這次決戰期間，在緬甸、安達曼、尼科巴及千島等方麵的地麵防務的自信程度如何？
三、陸軍航空兵力的運用和直接編入海軍指揮下進行作戰的航空兵力的實力如何？
四、對迅速加強主要作戰的正麵太平洋中部、菲律賓島、澳北方麵的防務，尤其對航空作戰準備的估計如何？
在上述質問和回答中，對參謀次長質問的第一項，海軍方麵回答說：“即使敵軍來攻比阿、美列溫方麵，也不進行決戰”；對軍令部次長質問的第一項，陸軍方麵回答的大意是“確保馬裏亞納有信心。對特魯克諸島至少能做到不使為敵軍所利用。對確保新幾內亞西部，如今沒有信心”。這些都是對以後有影響的具有重大意義的回答。
5月3日，大本營以大海指第373號向新聯合艦隊司令長官豐田副武大將下達“聯合艦隊應遵循的當前作戰方針”即關於“阿”號作戰的命令。其內容如下：