程序正義核心實際上就是如何對司法機關限權和對被告人、犯罪嫌疑人擴權，以實現“控辯平衡”的問題，具體講，在偵查階段，控方有拘留、逮捕權，辯方則應享有法律幫助權，充分保證提供法律幫助的律師的會見權，了解案情權，提出意見權，甚至調查權，充分重視犯罪嫌疑人、被告人的辯解，反對自證其罪，淡化被告人供述等言詞證據在刑事訴訟中的作用。審查起訴階段，控方庭前單方證據公示製度及賦予辯護律師的調查取證權。在審判階段，充分保證被告人的辯護權，充分重視辯方的證據，法官應作到平等對待和平等傾聽，適用無罪推定及非法證據排除規則等，實現控辯平衡。
我國刑事訴訟製度發展到今天，客觀地說，已經向前邁進了一大步，相對完善的刑事訴訟製度的建立既有深刻法治原因，又有廣大法律工作者的努力，但目前的刑事訴訟製度與世界潮流相比，與發達國家相比，與我國現階段“以人為本”的要求相比，立法上還存在一定差距，執法上還有較大距離，因此，完善我國刑事訴訟製度首先做到程序正義，是我們必須重視的問題。
三、我國刑事訴訟的缺陷
從人權的觀點出發，從程序正義的要求看，修改後的刑事訴訟法還存在許多缺陷和不足，其核心是一些程序正義要求的原則未建立或不完善、不明確，控辯失衡問題沒有很好的解決，被告人、犯罪嫌疑人僅有的程序性權利執行的也不盡如人意，主要表現在：
（一）無罪推定
而修改後的刑事訴訟法雖在任務和基本原則中規定：“未經人民法院審判，任何人都不得確定有罪”，確立了無罪推定製度，但在個別條款中仍然有“有罪推定”的烙印，如《刑事訴訟法》第128條：“犯罪嫌疑人不講真實姓名、住址，身份不明的，偵查期限自查清身份之日起計算”等。
（二）沉默權
沉默權又可稱為不被強迫自證其罪的權利，它既是無罪推定的重要內容，又是被告人在刑事訴訟中依法享有的一項獨立的訴訟權利。但我國《刑事訴訟法》並沒有賦予被告人以沉默權，而是在第93條明確規定：“犯罪嫌疑人對偵查人員提問，應如實回答”，將被告人供述規定為法律義務，被告人的口供仍然是據以定罪或者得到其他證據的重要線索。
（三）非法證據排除規則
我國《刑事訴訟法》及最高人民法院司法解釋將非法取得的言詞證據排除在外，規定對被告人供述不但應包括以刑訊逼供的方法取得的，還包括以威脅、引誘、欺騙等方法取得的被告人供述，同時《最高人民法院關於執行〈中華人民共和國刑事訴訟法〉若幹問題的解釋》第61條規定，以上述方法取得的證人證言和被害人陳述也不能作為定罪根據。而對以上述言詞證據為線索而取得的其他證據即所謂“毒樹之果”和非法搜查、扣押取得的實物證據沒有做出規定。因此，我國刑事訴訟實際上是一種有限適用“非法證據排隊規則”，而不是真正的“非法證據排除規則”。
（四）辯護權