寶六年（1258年）八月，文天祥服喪期已滿，有人勸他上書宰相求官，但他卻毫不在意地說：“著什麼急呢！”吉州知州有心替他向朝廷提出申請，也被他婉言謝絕了。這兩年來，隨著對朝廷內部認識的深刻，文天祥已經不熱心出來做官了。當時，理宗在朝廷中重用的是董宋臣和丁大全兩人。董宋臣是理宗的內侍宦官，最善於討好獻媚。為了供理宗享樂，他不惜花費重金在宮中修造芙蓉閣、香蘭亭，招進舞女倡優，因而很受寵愛。丁大全則靠巴結董宋臣爬上去，當上了參政知事右丞相兼樞密使。他大權獨攬，不顧國家安危，為圖私利，幹盡了壞事。人稱丁大全有四罪：絕言路、壞人才、竭民力、誤邊防。由於朝廷仍是壞人當道，好人自然倍受排擠，因而，朝政更敗壞了。
開慶元年（1259年）正月，弟弟文璧要赴京應試，於是文天祥就陪他走水路，取道長江，一起來到臨安。五月，文璧殿試中了進士，文天祥也由朝廷授承事郎、簽書寧海軍節度判官廳公事。三年前，文天祥中進士後因父喪沒有行門謝禮，因而這次要補行之後才能赴任，就這樣又拖延了一些時候。
就在這個時候，國家形勢緊急起來。
一年前，蒙古軍就開始南進了，他們兵分三路，從不同方向推進，準備時機成熟後，給南宋以毀滅性打擊。而丁大全為了粉飾太平，既不如實向理宗皇帝報告軍情，也不積極準備禦敵。等到理宗突然發現蒙古軍要渡長江攻打鄂州（今武昌）時，一下子慌了手腳，朝廷裏一片混亂。
膽小如鼠的宦官董宋臣，極力勸理宗皇帝遷都四明（今寧波），以避開蒙軍的進攻。他振振有辭地說：
“四明靠海，如果蒙軍逼近，可以乘海船逃走。當年金兀術渡江時，宋高宗就是由臨安到四明，乘海船才保住性命的。”
要不要遷都，理宗一時拿不定注意，他讓大臣們計議。
軍器大監何子舉對吳潛提出：“若上行幸，則京師百萬生靈，何所依賴？”
禦史朱貔孫也說：“鑾輿一動，則三邊之將士瓦解，而四方之盜賊蜂起，必不可。”
據說，理宗曾就遷都問題征詢吳潛的意見，他問吳潛：“蒙古兵日益迫近，計當如何？”
“隻得遷都暫避。”吳潛直率地回答。
“卿家如何？”理宗又問。
“臣當守此禦敵。”吳潛認為皇帝是國家的象征，隻要皇帝安全，國家一時有難，還是有希望的。自己身為宰相，守土有責，當然不能離開京師。
想不到這句話竟引起了理宗的疑心，他毫不留情地反問：“卿家想做張邦昌嗎？”
張邦昌比秦檜更加聲名狼藉，在南宋是人人唾罵的漢奸。理宗的猜忌，吳潛覺得這不僅是對他的不信任，而且也是極大的侮辱，他再不願說話了。
這時朝廷中籠罩著失敗、逃跑的氣氛，南宋處於極端危急的境地。遷都消息一傳出，臨安城裏頓時鬧得風聲鶴唳，達官貴人都收拾行裝，準備逃往別處，一般百姓惶惶不可終日。
在這個緊急關頭，文天祥覺得不能不挺身而出。他預料到自己職卑言輕，皇帝未必能采納自己的意見，但骨鯁在喉，不吐不快。他還沒有就任，不能用職銜向皇帝上書，便以“敕賜進士及第”的身份，寫了那篇著名的《己未上皇帝書》。
在這篇奏章中，文天祥揭露了董宋臣的罪行，指出遷都之議是小人誤國，此議如果實行，“六師一動，變生無方”，“京師為血為肉者，今已不可勝計矣！”他認為董宋臣惡貫滿盈，不把他處斬，舉國上下的怨怒無法消解；中書的政令不得施行；敢於直言的賢才就有所顧忌，不敢出來任事；敵人的氣焰不會被打下去；將士的忠義之心不能激發起來，國家的禍患就沒有平息的日子。
這些慷慨激昂的議論，不隻是發自文天祥的肺腑，也是朝野許多正直之士的公論。當然，即使立即處斬董宋臣，矛盾也不能得到解決，局勢也不會立即好轉，但他希望理宗通過對董宋臣的處置作為開端，表示有悔悟的心跡，從而刷新政治，激勵人心，挽救宋朝的危亡。他特別對理宗提出忠諫：
“方今國勢危疑，人心杌隉。陛下為中國王，則當守中國；為百姓父母，則當衛百姓。且夫三江五湖之險，尚無恙也；六軍百將之雄，非小弱也。陛下臥薪以勵其勤，斫案以奮其勇，天意悔禍，人心敵愾，寇逆死且在旦夕。”
這段話很尖銳，很有氣魄，卻也是實事求是，符合實際情況的。
“三江五湖之險，尚無恙也”，這種看法不是沒有道理的。蒙古崛起以後，成吉思汗率大軍二十萬進入中亞，滅亡花剌子模，越過高加索山進入頓河流域草原地區，所向披靡。窩闊台繼任大汗後，東征高麗，南滅金國，又派大軍遠征歐洲，在他們所占領的地方先後建立了窩闊台、察哈台、欽察、伊兒四個汗國。但是蒙古和南宋的戰爭已進行了25年，雖然蒙古兵也曾飲馬長江，侵入南方，但東南半壁江山並未淪喪，四川許多地方和京湖一帶都還在進行抵抗，說明了滅亡南宋並不容易。這裏一個重要原因是中國西部、南部山巒重疊，河湖布列，不利於騎兵的縱橫馳騁。特別是南方需要水戰，蒙古兵和北方兵都不習慣，力量較難施展。如果宋軍據險抵抗，蒙古兵不一定能占到便宜。