後來昭宗察知三帥犯闕，由崔昭緯暗中慫恿，乃決意易相，再起孔緯同平章事，張浚為諸道租庸使，李克用聞浚複任事，因抗表固爭，有“浚朝為相，臣夕至闕”等語。昭宗遣使慰諭，謂未嚐相浚。克用乃申表王行瑜李茂貞韓建稱兵犯闕，戕害大臣，願率蕃漢兵南下，為國討賊，一麵移檄三鎮，指斥罪狀，王行瑜等統皆驚惶，克用長驅至絳州，刺史王瑤閉城守禦，相持十日，竟被克用攻破，斬瑤示威。複進兵河中，王珂迎謁道旁，克用也不暇入城，即趨同州，王行約棄城遁走。行約弟行實，時為左軍指揮使，奏稱同華已沒，沙陀將至，請車駕轉幸州。樞密使駱全，卻請昭宗往鳳翔，昭宗道：“克用尚駐軍河中，就使到來，朕自有法對付，卿等但各撫本軍，勿使搖動為是。”兩人怏怏退出。全卻去聯結右軍指揮使李繼鵬，謀卻上趨鳳翔。繼鵬本姓閻名，因拜茂貞為假父，所以易姓改名。駱李等正在安排，事為中尉劉景宣所聞，告諸王行實。行實也欲劫上往州，孔緯麵折景宣，謂車駕不應輕離宮闕。到了傍晚，繼鵬又連請出幸，昭宗不從。哪知王行實竟召入行約，引左軍攻右軍，兩下相殺，鼓噪震地。輦轂下如此橫行，尚得謂有法紀麼？昭宗聞亂，亟登奉天樓，傳諭禁止，且命捧日都頭李筠，率部軍侍衛樓前。繼鵬竟召鳳翔兵攻筠，矢拂禦衣，射中樓桷。左右扶昭宗下樓，繼鵬複縱火焚宮門，煙焰蔽天，闔宮鼎沸。先是有鹽州六都兵屯駐京師，為左右兩軍所憚，昭宗急令入衛，兩軍方才退走。昭宗至李筠營避亂，護蹕都頭李居實率眾繼至，昭宗稍稍放心。未幾，複有謠言傳入，說是行瑜茂貞，將入都來迎車駕。昭宗又恐他脅迫，乃命筠居實兩都兵自衛，徑出啟夏門，道過南山，寄宿莎城鎮。士民追從車駕，約數十萬人，及至穀口，三成中喝死一成，夜間複遭盜劫，哭聲遍野；百官多扈從不及，唯戶部尚書薛王知柔先至，昭宗命權知中書事及置頓使。既而崔昭緯等皆至莎城，昭宗乃複移蹕石門鎮。
李克用聞昭宗出奔，遣判官王瑰趨問起居，一麵督兵攻華州。韓建登城呼克用道：“仆與公未嚐失禮，何為見攻？”克用應聲道：“公為人臣，逼逐天子，公為有禮，何人為無禮呢？”說罷，即麾兵進攻。建亦極力拒守，彼此相持不下。適內侍郗延昱，齎詔至克用軍，略言岐二鎮，有劫駕消息，請即過援。克用乃釋華州圍，移駐渭橋。昭宗複遣供奉官張承業，詣克用營，克用留使監軍，遂遣部將李存貞為先鋒，又令史儼統三千騎士，詣石門扈駕，再命李存信李存審令同保大節度使李思存，即拓跋思恭弟。往梨園寨攻王行瑜，擒住敵將王令陶等，械送行在。李茂貞聞風知懼，召還李繼鵬，把他斬首，傳示石門，奉表謝罪，且遣使向克用求和。昭宗亦遣延王戒丕，玄宗子玢之後。往諭克用，令且赦茂貞，專討行瑜。克用受命，遣子存勖還報行在。存勖年僅十一，狀貌魁梧，昭宗歎為奇兒，用手撫頂道：“兒方為國棟梁，他日宜盡忠我家。”存勖拜謝而還。昭宗即命克用為寧四麵行營都招討使，保大節度使李思存為北麵招討使，定難節度使李思諫為東麵招討使，彰義節度使張鐳為西麵招討使，共討行瑜。
克用複表請還京，並願撥騎兵三千，駐守三橋，防蔽京師。昭宗始啟蹕回都，到了京城，但見宮闕被焚，尚未完葺，沒奈何寓居尚書省，百官隨駕往來，流離顛沛，亦多半無袍笏仆馬，麵目憔悴，形色蒼涼。亂世君臣，大率如是。宰相孔緯，在途中感冒風寒，即致病死；崔昭緯罷為右仆射，再貶為梧州司馬；徐彥若本出鎮鳳翔，因不得任，還為禦史大夫，仍進授同平章事；戶部侍郎王搏，亦得入相；崔胤已免複起；京兆尹孫，也受命為戶部侍郎，一同輔政。相臣四人，一個兒也不少，可惜都未能稱職。王摶較孚物望，但碩果僅存，何足濟事。昭宗專任克用，進命為行營都統，授昭義節度使；李罕之為檢校侍中，充行營副都統。且特把後宮中的魏國夫人陳氏，賜與克用。不怕做元緒公麼？陳氏才色雙全，竟畀克用享受，當然感恩圖報，願盡死力。於是與寧兵交戰數次，無不奏捷，再令李罕之李存信等，急攻梨園，堵絕糧道。城中無糧可食，自然潰散。罕之等縱兵邀擊，殺獲萬餘人，擒住行瑜子知進，及大將李元福。克用複親往督攻，王行約行實等遁去。行瑜率精騎五千，退守龍泉寨，且飛使至鳳翔告急，李茂貞發兵五千名往援，遇著沙陀將士，好似風卷殘雲，頃刻四散。行瑜複棄寨入州，克用追至城下，行瑜登城號哭，顧語克用道：“行瑜無罪，脅迫乘輿，皆茂貞繼鵬所為，請公移兵責問鳳翔，行瑜願束身歸朝。”你是首先發難，為何諉過他人？克用答道：“王尚父何謙恭乃爾？仆受詔討三賊臣，公實與列，若欲束身歸朝，仆卻不敢擅允哩。”答語頗妙。行瑜知不可免，涕泣下城，越宿，挈族出走。克用得入州，封府庫，撫居民，禁兵四掠，人大悅。行瑜走至慶州境，為部下所殺，傳首京師，寧告平。