隨著近代曆史科學的誕生和發展，在史料學方麵也發生了深刻的變化。一是史料的采用範圍不斷擴大。以中國史研究來說，舉凡甲骨金文、簡牘帛書、官府檔案，契約文書、墓誌石刻、譜牒家乘、出土文物，乃至田野調查、圖像史料、口述曆史等等，都包括在史料搜集與利用的範圍之內。二是對第一手資料的重視。史學作為一種科學研究，實證性的論證是它的基礎。而要進行科學實證，就不能不重視第一手資料的搜集和利用。在史學研究中，雖然什麼資料都可以用，但不可否認，資料本身的性質是有所不同的，其中有一手資料與二手資料、原始資料與晚出資料、直接資料與間接資料之分。所以研究之中最重要的是搜集那些證據確鑿的原始資料，用第一手資料說話，才能使立論符合實際，得以成立，才能做到科學論證，具有說服力。而文書檔案，由於它是在古代社會公私各種活動中直接產生的原始文本或文字記錄，故具有原始性、憑證性和文物性質。所謂原始性，即是與一般著述編撰不同，文書檔案並非後來加工創作出來的，而是在社會活動中直接產生的最初文本與文字資料。所謂憑證性，即這些在社會活動中產生的原始文本，如契約、合同、分書、婚約等，本是一種書證，在法律上乃具證據之効用。所謂文物性質，則指文書檔案雖屬文字資料，但作為曆史活動中直接產生的文本原件，亦構成曆史事件本身物質資料之組成部分，許多文書原本自其形成之日起就是唯一的，故亦具文物性質。總之，第一手資料正是文書檔案的基本屬性。因而在近代以來的曆史科學研究中，文書檔案史料占有十分重要的地位，其開發利用越來越受到重視，這是必然的。
文書檔案可為史學研究提供典型的個案資料。在已麵世的明清地方文書檔案中，發現有較為完整的明代黃冊底籍，記載了包括幾個自然村在內、長達數十年的丁口與土地資料。有彙集一個家族若幹世代分家析產的鬮書彙錄。有曆時數十年至百年、數量達幾百件至千件的歸戶性文書。有某個商號長達若幹年的完整的商業經營賬簿。有關於某個案件的齊全的訴訟案卷，又有集中於一人的長達數十年的信函書劄等等。這種具體的鮮活而完整的個案資料，在一般的典籍文獻中很難找到。而史學研究中典型個案分析的價值和意義，並不僅僅在於它提供了一個例證。抽象論說源自於具體事例，宏觀概括離不開個案分析。那些研究中的真知灼見，理論上的創新發現，常常蘊涵在具體個案的考察之中。
文書檔案應該說是一個相當廣泛的概念。從史料學來說，它包含有多種史料，涉及史學研究的很多方麵。一方麵，文書檔案的種類極為繁多，十分龐雜。以交易類文書來說，即有土地買賣契約、典當文約、對換文約、租佃契約、借貸字據、投主文書、賣身文書等等。又如簿冊文書，則有置產簿、收租簿、祭祀簿、合同簿、分家簿、會書會簿以及各種商業賬簿等等。另一方麵，即使一種文書所涉及的內容也常常是多方麵的。如土地買賣文契，既有資產積累、土地流動、田土價格等經濟方麵內容，也有契約訂立、交易程序、簽押證人等法製方麵內容，還有找價添價等地方民事習慣內容等等。又如宗族文書，既有宗族結構、人口生育等社會史方麵內容，又有族產經營、財產繼承等經濟史方麵內容，也有宗族糾紛、訴訟案件等法製史方麵內容等等。總之，明清地方文書檔案包含的內容極為廣泛，內涵十分豐富，涉及土地關係、賦役征調、民間借貸、經濟人口、農村市場、宗族社會、家庭婚姻、財產繼承、司法訴訟、識字教育、醫療衛生、會社組織、諸神信仰、風俗習慣等諸多領域，為經濟史、社會史、法製史、教育史、文化史以及地方基層社會的綜合考察提供了多種素材。
如果我們再考察一下20世紀以來文書檔案的發掘與史學研究實際發展的關係，則更可明了文書檔案的研究價值。首先可以看到，文書檔案史料的運用促進了不少學科領域研究的發展。早在20世紀三四十年代，我國著名的老一輩史學家、中國社會經濟史學的開拓者之一傅衣淩先生，就開始注重民間契約文書等資料的搜集，運用這類資料，寫出論著，並倡導把這一方法應用到社會經濟史學的研究中去。他說。“誰都知道社會經濟史的研究，應注重民間記錄的搜集。所以近代史家對於素為人所不道的商店賬簿、民間契約等等都珍重地保存、利用，供為研究的素材。在外國且有許多的專門學者，埋首於此項資料的搜集和整理，完成其名貴的著作，而在我國則方正開始萌芽。本書對於此點也特加注意，其所引用的資料，大部分即從福建的地方誌、寺廟誌以及作者於民國二十八年夏間在永安黃曆鄉所發現的數百紙民間文約類輯而成，皆為外間所不經見的東西，這一個史料搜集法，為推進中國社會經濟史的研究，似乎尚值提倡。”在傅先生的倡導之下，其後多有學者注重文書檔案等史料的搜集和運用，中國社會經濟史學研究長足發展，成為中外矚目的學派。在日本史學界也有同樣事例。日本著名中國史研究家仁井田陞教授於20世紀30年代寫出《唐宋法律文書研究》，其後又著《中國法製史研究》等係列論著，注重民間契約文書與基層社會史料的運用，開拓了中國法製史研究的新領域，成為中國法製史研究的奠基之作。20世紀90年代以來，中外學者法製史的研究十分興盛，參與學者之眾多，取得成果之豐碩，前所未有。其得益於大量明清文書檔案訴訟案卷的公布與利用，也是十分明顯的。如果沒有文書檔案訴訟資料，那種缺乏實例個案的法製史研究，恐怕是蒼白無力的。社會史方麵的研究也是如此。對於重視基層社會、倡導自下而上地闡釋曆史的社會史研究來說，鮮活而具體入微的文書檔案，更是絕好的史料。尤其值得一提的是，文書檔案資料的重大發現促成了新學科的誕生。20世紀初，國學大師王國維曾有這樣的總結。“古來新學問起，大都由於新發見。”這裏暫且不說敦煌文書的發現對敦煌學形成的重大作用和意義，以明清地方文書檔案而言，正是由於20世紀50年代以後徽州文書的大量麵世及其研究，而促進了徽學學科的形成和研究的發展。雖然不能把徽州文書與徽學二者等同起來，但徽州文書在徽學形成中所起的重要作用是有目共睹的。回顧20世紀以來的學術發展史不難發現，史料發掘與史學研究，二者實為一種相輔相成的關係。新史觀的確立，理論上的革新，開拓了史料發掘的新視野。而新史料的重大發現則促進了新學問的誕生。徽州文書的重大發現促進了徽學學科的誕生是一個典型例子。