地球以它的沃土、空氣、陽光、水和其他各種豐富資源造就了生命，帶給人類的繁衍生息，萬物生機，而人類對於大地的恩賜卻缺少給予和保護。人類生產、生活常給地球的回報是：每天地球表土損失6480萬噸，100多平方公裏的土地變成沙漠，每天向空氣排放二氧化碳1750萬噸，致使臭氧層遭破壞，日益威脅著人類的健康，僅占地球水源6%的淡水已遠不能滿足人類的需要，水質汙染情況日趨惡化，每天47000公頃森林被破壞，地球上每天有100～300個物種遭滅絕。由於工業和旅遊帶來的汙染，昔日藍色的多瑙河已快成為垃圾河，曾是鳥類天堂的多瑙河三角洲已成為曆史。因此環境保護關係到人類的興衰存亡。
在治理已經被汙染的環境中，微生物是一支生力軍。近年來，廣泛應用活性汙泥法、生物膜法、生物氧化塘法，就是利用微生物對許多環境有害物質的吞噬作用，使環境得到淨化。用微生物處理對環境有害的廢物也是行之有效的，如向地下水道投放一些能夠分解油脂、蛋白質和纖維素的細菌，可以有效地將排入水道的生活廢物分解掉，對於固體廢棄物，可以采用好氧法和厭氧法，借助微生物的代謝作用，使廢物無害化。生物工程技術的發展，使微生物在環境汙染的防治中得到越來越廣泛的應用，使微生物越來越多地發揮其對環境的淨化作用。