兒童生長發育期間，新陳代謝比較旺盛，血液循環時間短，吸收排泄快，抵抗力弱，對藥物反應敏感，用藥不當會產生不良反應。
（1）長期使用糖皮質激素（如潑尼鬆），或免疫抑製藥（如環磷酰胺），能導致骨骼生長延緩；長期服用糖皮質激素如地塞米鬆，可引起消化道潰瘍。早產兒長期應用四環素能使骨骼生長停滯。
（2）四環素、糖皮質激素、維生素A等藥物可增加腦壓或引起腦水腫，糖皮質激素還可以影響兒童對鈣質的代謝，產生手足抽搐。鏈黴素、卡那黴素、慶大黴素、多黏菌素等可致使聽力減退，引起藥物性耳聾。過量服用氯黴素、四環素、金黴素、新生黴素、氯丙嗪、異煙肼等，可導致中毒性肝炎。長期服用氯黴素還可引起小兒再生障礙性貧血。
（3）磺胺類藥物服用過多可引起血小板減少等。
（4）阿司匹林能夠引起兒童非常嚴重的雷耶綜合征，造成兒童肝髒和大腦疾病，因此絕不能給12歲以下的兒童服用阿司匹林，除非有醫生的特殊指導。