左宗棠也沒有想到，在曾國藩的麾下，他晉升能如此迅速。
太平軍被趕出江西後，卻在浙江勢如破竹。鹹豐十一年九月，浙江全省幾乎全部被太平軍占領。鹹豐十一年十月十八日，朝廷命曾國藩督辦江蘇、安徽、江西、浙江四省軍事。
曾國藩用人，抱定立人、達人之原則，絕不因自己用著順手就把這個人壓在自己手下不使其升遷。他早就想為左宗棠謀得更大的發展空間。浙江失陷，給了他這個機會。他決定將浙江軍務全盤交給左宗棠，讓他從此獨當一麵。十一月十六日，曾國藩在複左宗棠的信中寫道：昨奉廷寄諭旨，謬以鄙人兼辦浙江軍務。位太高，權太重，虛望太隆，才智太短，殆無不顛蹶之理。即日當具折請辭，而推閣下督辦浙江軍務。
他說到做到，當月二十五日，他上《懇辭節製浙省各官及軍務等折》，說明了自己的想法：“以臣遙製浙軍……不若以左宗棠專辦浙省……其才實可獨當一麵。”左宗棠聞訊大喜。這麼多年來，他一直盼著有離開曾國藩羽翼、自己開辟乾坤大展拳腳的一天。他率領軍隊，興衝衝地準備起程。這時曾國藩卻給他寄來信件，命他按兵不動。原來此時太平軍已經把浙江巡撫王有齡圍困在杭州，王有齡凶多吉少。如果左宗棠馬上出兵救援，萬一失敗，左氏得承擔救援不力之責。如果救援成功，把王有齡救出來，那麼浙江巡撫還是要由王有齡來做，左宗棠如何安置？因此直到十一月底，得知浙江巡撫王有齡在圍困中自縊而死，曾國藩才密奏清廷，請以左宗棠為浙江巡撫，同時命令左宗棠迅速入浙。曾國藩心機權術之深，可見一斑。
十二月二十四日，清政府任命左宗棠為浙江巡撫，從此，當過多年“假巡撫”的左宗棠成了真巡撫，正式步入大員係列。在投奔曾國藩之初，左宗棠所期望不過是“以小營官自效”，孰料“進步”速度如此之快。這當然全是曾國藩提攜之效。曾國藩好事做到底，不但把駐紮在贛浙邊界的湘軍統歸左宗棠節製，而且慷慨地給了他向皇帝的專奏權和征收厘金權。
入浙是左宗棠一直以來的夢想。早在楚軍出湘之始，左就注意到浙江這個最富之地。曾國藩這次超額滿足了他的夢想，令他快慰不已。而曾國藩在入浙時機上的選擇，更讓他看到曾國藩為他考慮的細致周到。此時的左宗棠，對曾國藩發自內心地尊重感激，和曾國藩交往中，變得畢恭畢敬，“修敬先達之禮”，“每事必請教而後行”，稱“滌帥與我，情意郛洽之至”。這是雙方合作中最情投意合的一段。
獲得了更大平台的左宗棠的才幹更揮灑無餘，他竭盡平生才力，專注於浙江軍事。同治二年（1863）三月，清廷超擢他為閩浙總督。
左宗棠擔任巡撫，已經屬於破格超升。而僅僅一年之時間，就又擢升總督，居然與曾國藩平起平坐，分庭抗禮了。他在家書中說：“近奉衝聖寄諭，吾與滌公均平列。”。這一年多時間，左宗棠並無特殊建樹，何以如此輕鬆取得與曾國藩平列的地位呢？這道聖旨的背後隱藏著大清朝廷極為深刻的用心。原來，曾國藩此時權傾天下，擁兵過廣，已經令清廷不放心了。他們怕曾國藩尾大不掉。使左氏與曾分庭抗禮，就是為了分裂湘軍，牽製“兵權過重”的曾國藩，達到分湘係集團而治之的目的。
而之所以起用左宗棠來牽製曾國藩，是因為清廷敏銳地發現，左宗棠與自己的恩主曾國藩之間出現了矛盾。